總的說來，區(qū)內(nèi)從印支運動褶皺成山以來，一直在不斷活動著，地殼運動時強時弱。主要的大活動期為古新世—早始新世晚期間的喜馬拉雅運動Ⅰ期，古近紀(jì)早—晚期、新近紀(jì)間的喜馬拉雅運動Ⅱ期及以后的新構(gòu)造運動。該區(qū)新生代地殼運動的活動主要是小規(guī)模的斷裂和整體抬升。地殼運動寧靜期是盆地的主要沉積期。

與構(gòu)造活動期對應(yīng)，新生代盆地的發(fā)育大致可劃分為4個階段:①古新世時受晚期燕山運動的影響，原有盆地的范圍因區(qū)域構(gòu)造運動使地殼伸展拉張而明顯擴大，并產(chǎn)生了不少新盆地，其中的一些盆地可能彼此連通，發(fā)育了大套褐紅色粗細不等的碎屑巖、不純的泥質(zhì)巖;②始新世為盆地穩(wěn)定下沉期，該期地殼運動及沉積環(huán)境相對穩(wěn)定，沉積了艷、暗色調(diào)相間以細粒為主的地層;③漸新世明顯抬升期，沉積了數(shù)百米厚的灰棕色碎屑巖;④上新世盆地消亡期，強烈的第Ⅳ期喜馬拉雅地殼運動使秦嶺明顯的抬升，遭受剝蝕夷平;到中新世晚期才又開始接受沉積，原有的盆地已縮小并被分割成小而分散的小盆地，沉積了成巖作用較差的泥巖及砂礫巖;新近紀(jì)后紅色盆地消失，主要受地形影響，在不同的地貌位置發(fā)育不同類型的第四系。

1．始新世盆地的穩(wěn)定沉積

晚白堊世至古近紀(jì)，河南省地質(zhì)構(gòu)造表現(xiàn)為東西向分異顯著，東部活動強烈，西部相對比較穩(wěn)定，從而改變了南北匯聚為主的構(gòu)造運動形式。由于太平洋板塊向西俯沖及河南省深部構(gòu)造格局背景，華北地區(qū)沿沈陽—渤中—利津乃至河南省北部，產(chǎn)生強大的張應(yīng)力，形成一系列正斷裂。河南省北北東向深斷裂系就是在強大的拉張作用下形成的，由于拉張作用的影響，使北西西向斷裂重新活動，進而與北北東向斷裂聯(lián)合，控制河南省新生代沉積盆地的發(fā)生和發(fā)展。

2．漸新世盆地的逐步抬升

漸新世的沉積反映了秦嶺東段在始新世后期明顯抬升，剝蝕快，堆積也快，風(fēng)化剝蝕產(chǎn)物隨水沖進盆地，形成了較厚的洪積-沖積相地層。這些地層仍然受主斷裂的控制，和其下伏地層有著相同的產(chǎn)狀，并沿盆地長軸呈帶狀分布。總體上看，秦嶺東段漸新世時的氣候也應(yīng)是比較溫?zé)岬?，氣溫可能比始新世的要高，而雨量相?dāng)充沛。

3．中新世的塊體抬升及盆地消亡

上述漸新世沉積后，發(fā)生了強烈的地殼運動——晚期喜馬拉雅運動，它使整個秦嶺東段已形成的地層受到擠壓、抬升。漸新統(tǒng)及其以下的地層產(chǎn)生不同程度的變形。一般說來，上白堊統(tǒng)及新生界都只呈現(xiàn)寬緩的褶皺，或僅為單斜層(向主斷層所在一邊傾斜)，直到中新世晚期，原來的盆地已基本不復(fù)存在，而是縮小或分隔成一些小的水盆。

值得注意的是，本區(qū)的上中新統(tǒng)除巖性特征外，其產(chǎn)狀和分布都與盆地中較之要老的地層不同。它們分布零星，厚度都不太大，除在邊坡地帶的外，產(chǎn)狀都是水平的。喜馬拉雅運動在秦嶺是劇烈而明顯的，它的作用在許多方面造成深刻的影響，使古近系、新近系能夠被很好地劃分開。

這些古近系的零星分布和水平產(chǎn)狀已顯示出本區(qū)晚新生代地層的發(fā)育和分布不受或越來越少受老構(gòu)造格局的控制，而受地形變化的影響越來越多。

至此，以整個盆地形式下沉接受沉積的歷史基本結(jié)束，秦嶺山脈仍繼續(xù)整體上升，原來的這些山間盆地內(nèi)的地形產(chǎn)生分化，逐步出現(xiàn)現(xiàn)代大、中型河流的雛形。