1）蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的獲得

考慮到不同二級結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)折疊與不同氨基酸屬性相關，所以在研究mRNA序列對蛋白質(zhì)折疊的影響時，首先需要獲得蛋白質(zhì)序列中不同的二級結(jié)構(gòu)片段。預測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的方法和軟件很多，由于HNN只是根據(jù)片段的局部信息來預測其二級結(jié)構(gòu)的，所以我們選擇HNN在線軟件來獲得文章中的α螺旋和β折疊片段。HNN是在Qian和Sejnowski［43］所提出的較權(quán)威的預測方法的基礎上進行改進的一種方法，它的網(wǎng)址是http：//npsa-pbil. ibcp.fr/cgi-bin/npsa＿automat.pl。因為對于α螺旋來講，它一圈的平均長度為3.6個堿基，所以我們選擇α螺旋和β折疊片段的最小長度均為4個堿基，忽略掉小于4個堿基的片段。

2）蛋白質(zhì)折疊速率實驗值的獲得

在研究蛋白質(zhì)編碼序列對其折疊速率的影響以及研究蛋白質(zhì)折疊速率與其編碼序列中同義密碼子使用之間相關性的問題中，首先需要已知各蛋白質(zhì)折疊速率的實驗值，我們所研究的蛋白質(zhì)的折疊速率的實驗值取自蛋白質(zhì)折疊速率研究的相關實驗工作。

3）蛋白質(zhì)折疊速率理論值的計算

對未知折疊速率的氨基酸片段的相關研究中，需要計算氨基酸片段的折疊速率。我們計算中采用的是Gromiha提供的折疊速率預測模型［22］。

4）蛋白質(zhì)編碼序列的獲得

蛋白質(zhì)序列取自PDB庫，蛋白質(zhì)相對應的編碼序列取自EMBL庫，兩個數(shù)據(jù)庫均有各自的命名方式，在PDB庫中沒有提供與EMBL庫的交叉引用。因此，我們只能通過其他提供交叉引用的數(shù)據(jù)庫來建立PDB庫和EMBL庫之間的聯(lián)系。具體做法如下：首先在PDB庫中找到蛋白質(zhì)的“structure summary page”；第二，通過它們的“外部連接項”找到該蛋白質(zhì)在“OCA Browser”中的位置；第三，通過OCA的序列起源信息找到該蛋白質(zhì)在SWISS-PROT中的位置；最后，利用SWISS-PROT庫提供的與EMBL的交叉引用找到該蛋白質(zhì)的編碼序列。