哺乳動(dòng)物雙雜交能夠有效地用于檢測(cè)蛋白質(zhì)之間體內(nèi)條件下的相互作用，檢測(cè)系統(tǒng)相對(duì)酵母雙雜交較為簡(jiǎn)便，而且還有獨(dú)有的優(yōu)勢(shì)。酵母雙雜交系統(tǒng)中會(huì)因?yàn)榈鞍踪|(zhì)錯(cuò)誤折疊而影響哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)的相互作用，而哺乳動(dòng)物雙雜交可有效地避免這種錯(cuò)誤折疊的發(fā)生，并且提供哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)翻譯后修飾以及外源性刺激條件。在運(yùn)用傳統(tǒng)的酵母、大腸埃希菌等雙雜交系統(tǒng)研究蛋白質(zhì)相互作用遇到困難時(shí)，哺乳動(dòng)物雙雜交為研究者提供了方便而有效的檢測(cè)方案。

哺乳動(dòng)物雙雜交系統(tǒng)與大家熟知的酵母雙雜交系統(tǒng)的工作原理是相同的，都是根據(jù)真核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄激活因子包含結(jié)合結(jié)構(gòu)域和影響轉(zhuǎn)錄的功能結(jié)構(gòu)域兩部分：DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域特異（DBD：DNA-binding domain）地結(jié)合到啟動(dòng)子區(qū)的順式作用元件，激活結(jié)構(gòu)域（TAD：transcriptional activation domain）募集RNA聚合酶Ⅱ后啟動(dòng)DNA結(jié)合位點(diǎn)下游的報(bào)告基因轉(zhuǎn)錄。自然狀態(tài)下成功的起始轉(zhuǎn)錄需要轉(zhuǎn)錄因子同時(shí)具有兩個(gè)結(jié)構(gòu)域。當(dāng)兩個(gè)結(jié)構(gòu)域被分開表達(dá)時(shí)，只有當(dāng)激活結(jié)構(gòu)域和DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域重新結(jié)合后才能起始靶基因的轉(zhuǎn)錄。在雙雜交系統(tǒng)，這種結(jié)合是需要分別與兩個(gè)結(jié)構(gòu)域融合表達(dá)的蛋白質(zhì)有相互作用時(shí)，才能啟動(dòng)靶基因轉(zhuǎn)錄事件。在哺乳動(dòng)物雙雜交系統(tǒng)，使用的是來自酵母轉(zhuǎn)錄激活因子Gal4的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域和來自病毒的強(qiáng)轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域VP16，當(dāng)兩個(gè)分別與Gal4-DBD和VP16-TAD結(jié)構(gòu)域融合表達(dá)的蛋白質(zhì)之間有相互作用時(shí)，可激活啟動(dòng)子區(qū)含有Gal4順式作用元件的熒光素酶報(bào)告基因（Luc）表達(dá)，通過對(duì)熒光素酶活性的檢測(cè)可以來判斷蛋白質(zhì)間的相互作用。哺乳動(dòng)物雙雜交與酵母雙雜交系統(tǒng)的區(qū)別主要在于使用的是哺乳動(dòng)物轉(zhuǎn)染體系和哺乳動(dòng)物細(xì)胞系，能夠有效避免過表達(dá)蛋白錯(cuò)誤折疊的發(fā)生，并且提供哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)翻譯后修飾以及外源性刺激條件。