我國海洋生態(tài)系統(tǒng)復雜多樣，海洋生物物種、生態(tài)類群和群落結構豐富，同時也具有顯著的脆弱性，目前，我國的海域開發(fā)利用仍以海洋生態(tài)依賴型的產業(yè)為主，海洋管理尤其是對海洋生態(tài)系統(tǒng)的管理存在著較大的難度。從20世紀90年代末開始，基于生態(tài)系統(tǒng)的管理理念迅速被世界各海洋大國應用于海洋管理領域。相關國際組織、各海洋大國和海洋學術界都一致認為，協(xié)調海洋資源開發(fā)與保護、解決海洋生態(tài)危機必須改進現(xiàn)有海洋管理模式，應用基于生態(tài)系統(tǒng)的方法管理海洋?；诤Ｑ笊鷳B(tài)系統(tǒng)的海洋管理理念也在我國得到了實踐與應用。

20多年來，我國學者和海洋管理工作者對生態(tài)系統(tǒng)管理理論及其他海洋國家實施基于生態(tài)系統(tǒng)海洋綜合管理的實踐展開了研究，對我國開展基于生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的實踐提供了經驗，起到了極大的促進作用。主要表現(xiàn)在以下幾方面。

一是認識到實施基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的必要性與緊迫性。

海洋生態(tài)系統(tǒng)是國民經濟和社會發(fā)展的基礎，具有巨大的服務價值。但目前人類對海洋生態(tài)系統(tǒng)提供的物質和服務處于低價或無償?shù)乃魅‰A段，未納入成本計算并在國家GDP中予以反映。同時，我國的海洋生態(tài)系統(tǒng)相對封閉，較為脆弱，易受人類活動的破壞，在海洋經濟快速發(fā)展的背景下，必須找到一條與環(huán)境承載和資源高效全程利用相適應的可持續(xù)發(fā)展之路。因此，在我國亟須建立以生態(tài)系統(tǒng)為基礎的海洋綜合管理新模式，以生態(tài)系統(tǒng)保護與管理來解決發(fā)展中的環(huán)境與資源問題。

二是確立了實施基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的管理目標。①

根據(jù)我國海洋生態(tài)系統(tǒng)的特點及開發(fā)利用特征，我國海洋生態(tài)管理的總目標擬定為：積極推進《全國海洋經濟發(fā)展規(guī)劃綱要》，到2020年，以海洋生境保護與恢復為重點，建立起適應我國國情的海洋生態(tài)系統(tǒng)管理機制和法律法規(guī)、政策體系，形成實施海洋生態(tài)監(jiān)控管理協(xié)調和綜合的能力，有效遏制海洋生態(tài)系統(tǒng)惡化趨勢并使之向良性發(fā)展，保證海洋經濟發(fā)展規(guī)劃的有效實施和經濟目標的實現(xiàn)，維護我國的海洋生態(tài)安全和沿海地區(qū)生命財產的安全，保障沿海居民的身心健康，形成全面建設小康社會的基礎條件和發(fā)展格局。

三是提出了實施基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的主要內容。^[6]

在對我國海域按照生態(tài)系統(tǒng)進行劃分和總體布局的基礎上，通過實施系統(tǒng)化和區(qū)域化的海洋生態(tài)系統(tǒng)管理，綜合協(xié)調海洋開發(fā)與海洋生態(tài)保護，建立海洋開發(fā)利用的時空秩序和總量控制，強化海洋生態(tài)監(jiān)控區(qū)建設與管理，通過加強海洋執(zhí)法，積極推進海洋科技創(chuàng)新，廣泛開展國際合作等方式，建立科學合理的海洋開發(fā)利用秩序，并實施重點海域、典型海域的生態(tài)修復與整治，同時圍繞基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理目標，積極建立健全相關制度，完善相關體制機制，努力提升公眾意識。

四是初步具備了實施基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的基礎。

目前，我國已在廈門、大連、防城港、陽江、文昌等地開展了海岸帶綜合管理示范工作；在黃海開始實施大海洋生態(tài)系管理模式；在渤海實施跨區(qū)域的環(huán)境綜合整治，建立了環(huán)境伙伴關系的示范；在環(huán)渤海、長三角、珠三角等區(qū)域試圖通過區(qū)域聯(lián)動解決區(qū)域可持續(xù)發(fā)展問題；經國務院轉發(fā)的《全國海洋功能區(qū)劃》提出了我國重點海域主要功能開發(fā)利用的優(yōu)先順序；《全國海洋經濟發(fā)展規(guī)劃綱要》在我國沿海劃分了11個海洋綜合經濟區(qū)；在沿海省、自治區(qū)、直轄市建立了海洋生態(tài)監(jiān)控區(qū)的示范區(qū)和30余個海域使用管理示范區(qū)，推進了以科技轉化和產業(yè)化試驗為目的的工程中心和基地建設。