一臺(tái)精密的量子計(jì)算機(jī)
生命體的基礎(chǔ)是細(xì)胞,傳統(tǒng)認(rèn)為,細(xì)胞是生命與非生命之間的界限,單細(xì)胞是微生物,也構(gòu)成像植物、動(dòng)物、人等這樣的生命體。我們可以把細(xì)胞及細(xì)胞里面的各個(gè)功能單位,看做一個(gè)量子復(fù)合體,從本質(zhì)來(lái)講,細(xì)胞本身也確實(shí)是由各個(gè)量子單元組成的精密復(fù)合體。
像原子內(nèi)的電子場(chǎng)在不斷運(yùn)動(dòng)一樣,在活細(xì)胞中,細(xì)胞質(zhì)以各種不同的方式在流動(dòng)著,包括細(xì)胞質(zhì)環(huán)流、穿梭流動(dòng)和布朗運(yùn)動(dòng)等,下圖074為一種甲藻的細(xì)胞核居然也能夠自旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng)。
圖074 動(dòng)物細(xì)胞
細(xì)胞在分裂之前,細(xì)胞核中的染色體會(huì)被觀察到這種旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng),因此這種運(yùn)動(dòng)一般會(huì)被認(rèn)為與細(xì)胞分裂有關(guān),細(xì)胞質(zhì)運(yùn)動(dòng)是一種消耗能量的生命現(xiàn)象。細(xì)胞的生命活動(dòng)越旺盛,細(xì)胞質(zhì)流動(dòng)越快,反之,則越慢。細(xì)胞死亡后,其細(xì)胞質(zhì)的流動(dòng)也就停止了。
細(xì)胞構(gòu)成的生命體就是一個(gè)精密的信息網(wǎng)絡(luò)交換系統(tǒng),蛋白質(zhì),DNA與組蛋白,組成的核小體結(jié)構(gòu),核糖體具有在細(xì)胞體外的自裝性與活性。只是他們?cè)诩?xì)胞體內(nèi)更像是生命細(xì)胞的分工合作者。
圖075 美國(guó)加利福尼亞州勞倫斯·伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的Carolyn Larabell與同事在加拿大溫哥華市召開的美國(guó)科學(xué)促進(jìn)會(huì)年會(huì)上報(bào)告說(shuō),他們利用X射線成功拍攝了細(xì)胞。(圖片來(lái)源:Carolyn Larabell, Mark Le Gros, and Markko Myllys)
圖076
蛋白質(zhì)、DNA、RNA是生命的重要三要素:在生命體內(nèi),細(xì)胞是生命的基本單元。細(xì)胞的信息遺傳及活動(dòng)的流動(dòng)可以分為兩個(gè)部分:第一部分是存儲(chǔ)于基因DNA序列中的遺傳信息通過(guò)信使RNA轉(zhuǎn)錄和翻譯傳入蛋白質(zhì)的一級(jí)序列中。第二部分是氨基酸肽鏈經(jīng)過(guò)疏水塌縮、空間盤曲、側(cè)鏈聚集等折疊過(guò)程形成蛋白質(zhì)的天然構(gòu)象,同時(shí)獲得生物活性,從而將生命信息表達(dá)出來(lái),而蛋白質(zhì)作為生命信息的表達(dá)載體,它折疊所形成的特定空間結(jié)構(gòu)是其具有生物學(xué)功能的基礎(chǔ)。
基因的表達(dá)是在細(xì)胞中完成的,DNA分子、RNA分子、氨基酸分子、核糖體和線粒體等眾多的細(xì)胞器一道,合作完成遺傳信息的轉(zhuǎn)錄和翻譯。在組成蛋白質(zhì)的肽鏈合成后,肽鏈就從核糖體與mRNA的復(fù)合物上脫離,經(jīng)過(guò)一系列步驟,被運(yùn)送到各自的崗位,盤曲折疊成具有特定空間結(jié)構(gòu)和功能的蛋白質(zhì)分子,開始承擔(dān)細(xì)胞生命活動(dòng)的各項(xiàng)職責(zé)。DNA是基因的載體,是生命的后臺(tái)指揮者,蛋白質(zhì)相當(dāng)于活躍于生命前臺(tái)的演員,組成蛋白質(zhì)的氨基酸分子在細(xì)胞內(nèi)按照邏輯被其他分子有秩序的組裝,生命的外在一切性狀通過(guò)蛋白質(zhì)來(lái)表現(xiàn)。
隨著基因組研究不斷深入,蛋白組學(xué)研究逐漸展開,RNA的研究也取得了突破性的進(jìn)展,發(fā)現(xiàn)了許多新的RNA分子,人們逐漸認(rèn)識(shí)到DNA是攜帶遺傳信息分子,蛋白質(zhì)是執(zhí)行生物學(xué)功能分子,而RNA既是信息分子,又是功能分子,也是生命開始,進(jìn)化初始物質(zhì)。
對(duì)于生物學(xué)的探索,隨著新的技術(shù)手段及研究的不斷深入,科學(xué)工作者們?cè)絹?lái)越把目標(biāo)從分子生物學(xué)轉(zhuǎn)向了生物學(xué)的量子領(lǐng)域,這是一個(gè)進(jìn)步。而新研究也證明很多構(gòu)成生命細(xì)胞的大分子,比如蛋白質(zhì)、DNA等越來(lái)越體現(xiàn)其量子的特征。只有從量子角度來(lái)看,才能夠更好地理解細(xì)胞內(nèi)那些有機(jī)分子為什么能夠像螞蟻群體那樣展開分工,各自堅(jiān)守自己的崗位。
細(xì)胞中的酶是有機(jī)催化劑,酶可以在一秒鐘內(nèi)催化數(shù)百萬(wàn)個(gè)反應(yīng),一些酶的催化產(chǎn)物動(dòng)力學(xué)速率甚至高于分子擴(kuò)散速率,這種現(xiàn)象無(wú)法用目前公認(rèn)的理論來(lái)解釋。一種理論模型用量子理論的穿隧效應(yīng),即質(zhì)子或電子可以穿過(guò)激活能壘(就如同穿過(guò)隧道一般)。
蛋白質(zhì)折疊后在體外可以自發(fā)的進(jìn)行再折疊,實(shí)驗(yàn)證明,許多蛋白在體外可以進(jìn)行可逆的變性、復(fù)性、折疊。有人認(rèn)為蛋白質(zhì)可自發(fā)折疊成天然構(gòu)象過(guò)程是純粹的熱力學(xué)過(guò)程。
氫鍵在DNA和RNA中連接著互補(bǔ)編碼基因的堿基對(duì),構(gòu)成了各種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。傳統(tǒng)理論認(rèn)為,只有形成了氫鍵才能實(shí)現(xiàn)質(zhì)子遷移,在DNA和RNA中氫鍵網(wǎng)絡(luò)就像一種“質(zhì)子線”。而美國(guó)伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的先進(jìn)光源(ALS)最近發(fā)現(xiàn),在氫鍵被封鎖的情況下,在沒有氫鍵網(wǎng)絡(luò)的情況下,質(zhì)子也可能發(fā)生遷移,這意味著在RNA、DNA以及更廣泛的生物反應(yīng)中,存在另一種質(zhì)子遷移路線。這無(wú)疑為科學(xué)家研究蛋白質(zhì)折疊、“Pi堆疊”等生物過(guò)程提供了一條新思路。另外下面講到酶的超速催化反應(yīng)、基因信息的傳播等資料也會(huì)羅列出一條線索,這條線索就是在構(gòu)成生命的有機(jī)物內(nèi),它們之間不僅僅是外在的表觀反映,而且存在多分支直接的量子的邏輯。
以下為有機(jī)物及蛋白質(zhì)的衍射結(jié)構(gòu),表明有機(jī)物的排列,有其量子特征:
蛋白質(zhì)與組成生命有機(jī)分子的結(jié)構(gòu)說(shuō)明,在生命體基本細(xì)菌、細(xì)胞結(jié)構(gòu)中,深層領(lǐng)域還是以量子有秩序的排列為主,類似于分子與量子的結(jié)構(gòu)。從分子、量子的深層結(jié)構(gòu)聯(lián)系,思考生命問題,更具有啟發(fā)性,而生命包括意識(shí)更深層量子的具體表現(xiàn)。
圖077 多分子或者DNA空間圖(圖片來(lái)源:微圖網(wǎng))
圖078 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的三種顯示方式。左:顯示全部原子,并以原子類型標(biāo)色(碳原子為藍(lán)綠色,氧原子為紅色,氮原子為藍(lán)色);中:只顯示主鏈構(gòu)象,以二級(jí)結(jié)構(gòu)類型標(biāo)色;右:顯示“溶劑可及表面”,以殘基類型標(biāo)色。(圖片來(lái)源:維基百科,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),作者:Opabinia regalis,版權(quán)共享3.0)
圖079 蛋白質(zhì)的衍射結(jié)構(gòu)
圖080 計(jì)算機(jī)模擬的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)(圖片來(lái)源:壹圖網(wǎng))
亞顯微結(jié)構(gòu)又稱為超微結(jié)構(gòu),它們是能夠在電子顯微鏡下看到的直徑小于0.2微米的細(xì)微結(jié)構(gòu),亞顯微結(jié)構(gòu)有核膜、核糖體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體(未染色)、高爾基體、中心體等。
從本質(zhì)上說(shuō),所有的復(fù)雜細(xì)胞里都有線粒體,線粒體是細(xì)胞內(nèi)微小的細(xì)胞器,是生物氧化的場(chǎng)所,以ATP的形式生產(chǎn)我們幾乎所有的能量。它們就像活細(xì)胞里的微小生命“發(fā)電廠”,利用氧來(lái)燃燒食物,生產(chǎn)我們賴以生存的幾乎全部能量。線粒體非常微小,一粒沙里可以容納10億個(gè)。平均每個(gè)細(xì)胞里有300~400個(gè)線粒體,整個(gè)人體里有1億億個(gè)以上線粒體。
圖081
圖082 線粒體((圖片來(lái)源:維基百科,線粒體,公有版權(quán))
線粒體看上去像細(xì)菌,其實(shí)它們的前身就是自由生活的細(xì)菌,大約在20億年前適應(yīng)了寄生在大細(xì)胞里的生活,與細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)、DNA、RAN等合作,形成共生,共享細(xì)胞環(huán)境。至今它們還保留了基因組的一個(gè)碎片,作為曾經(jīng)獨(dú)立存在的印記。它們與宿主細(xì)胞之間糾結(jié)的關(guān)系織成了生命所有的經(jīng)緯,從能量、性和繁殖,到細(xì)胞自殺、衰老和死亡。
線粒體中保持了自己的部分基因,線粒體呼吸鏈中的某些蛋白質(zhì)或酶的編碼基因就在mtDNA(線粒體DNA)上。線粒體還能獨(dú)立合成一些蛋白質(zhì),因?yàn)榫€粒體有自己的rRNA、tRNA和核糖體可以表達(dá)自己的基因?,F(xiàn)在已知的線粒體基因組至少含有tRNA基因、rRNA基因、細(xì)胞色素氧化酶基因、ATP酶基因、細(xì)胞色素還原酶基因、一些抗藥性基因等。
在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)還有微絲和微管等結(jié)構(gòu),它們的主要機(jī)能不只是對(duì)細(xì)胞起骨架支持作用,以維持細(xì)胞的形狀,也參加細(xì)胞的運(yùn)動(dòng),如有絲分裂的紡錘絲以及纖毛、鞭毛的微管。此外,細(xì)胞質(zhì)內(nèi)還有各種內(nèi)含物,如糖原、脂類、色素等。
真核細(xì)胞中,肌動(dòng)蛋白在微絲結(jié)合蛋白的協(xié)同下,形成獨(dú)特的微絲性骨架結(jié)構(gòu),與細(xì)胞中許多重要的功能活動(dòng)有關(guān),如肌肉收縮、變形運(yùn)動(dòng)、胞質(zhì)分裂等。近年來(lái)發(fā)現(xiàn)微絲骨架網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)與細(xì)胞信號(hào)傳遞有關(guān)。
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