我們生活的自然環(huán)境中，到處充滿著微生物。腸道是與外界相通的器官，腸道內(nèi)不可避免地存在著許多微生物。這些定居于腸道內(nèi)的不同種類、不同數(shù)量的微生物群被統(tǒng)稱為腸道菌群。它們以各自的種類形成集團生存，就像密度不均的不同種類的田塊。

健康人腸內(nèi)的微生物群稱為腸道正常菌群，主要包括雙歧桿菌、乳酸菌、產(chǎn)氣莢膜桿菌、銅綠假單胞菌（綠膿桿菌）、類桿菌、糞鏈球菌、白色念珠菌、大腸桿菌等。一般情況下，它們對人體是有益無害的，能夠助消化吸收、防外來菌入侵、參與代謝、抗腫瘤，從而維持人體健康。

腸道菌群的研究起始于150年前。人們最先在嬰兒的糞便中分離出大腸桿菌，從此開始了人體腸道菌群的系統(tǒng)研究。隨著科學技術(shù)的發(fā)展及腸道菌群篩選法的建立和完善，人們在糞便中陸續(xù)分離出乳酸菌、雙歧桿菌、擬桿菌、真桿菌、鏈球菌等腸道微生物。研究證明，腸道內(nèi)存在著種類達數(shù)百種、總數(shù)巨大的細菌，僅結(jié)腸內(nèi)細菌量就多達1011～1012個。腸道菌群在健康人體中是相對穩(wěn)定的。

腸道菌群的這種穩(wěn)定性，是由于腸道菌群與人體環(huán)境之間處于相對的平衡狀態(tài)，腸道菌群內(nèi)各個菌屬之間也存在著動態(tài)的平衡。但是這種平衡可以被諸多因素改變，諸如生理、氣候、溫度、藥物、膳食、精神壓力、腸道內(nèi)菌群的相互作用、微生物代謝產(chǎn)物等。

當處于人體抵抗力下降、長期大量使用抗生素、高脂高蛋白飲食、焦慮煩躁、老齡化等狀態(tài)時，腸道菌群、人體與外界環(huán)境之間以及腸道菌群各成員之間的平衡被打破，菌群的種類與數(shù)量發(fā)生明顯的改變即為菌群失調(diào)。某些原來不致病的細菌就會失去控制，大量繁殖或離開原來定居的部位擴散到身體其他部位出現(xiàn)一系列臨床癥狀和體征，稱為菌群失調(diào)癥。這些引起疾病的微生物稱之為條件致病菌。例如，大腸桿菌進入呼吸道可引起咳嗽、咳痰，甚至肺炎。

可見，腸道菌群在維持健康和引起疾病方面具有雙向作用。因此，必須維持菌群之間的平衡，使其充分發(fā)揮有利于機體的作用，盡量避免其致病作用。