腸道菌群能參與蛋白質(zhì)的合成。腸道細(xì)菌能降解氨基酸產(chǎn)生的氨，后者被腸黏膜吸收再循環(huán)，被人體利用合成新的氨基酸。在新幾內(nèi)亞，人們主要以甜薯為食，食物中缺少蛋白質(zhì)，他們腸道中的某些恒定菌群能把甜薯中充足的氮素固定下來(lái)，為合成人體必需的氨基酸提供原料。

腸道菌群最重要的作用是參與維生素的合成。維生素被稱為身體的潤(rùn)滑油。維生素不足，人體的各種功能都會(huì)受影響。通過(guò)對(duì)腸道菌群的研究已證實(shí)，雙歧桿菌能夠合成足夠量的維生素B1、核黃素、維生素B6、維生素B12、葉酸、泛酸、煙酸等B族維生素和維生素K。

在某些因素引起腸道菌群失調(diào)的情況下，細(xì)菌維生素合成作用下降，會(huì)出現(xiàn)維生素缺乏的癥狀。特別是維生素K不存在于人的自然食物中，只能依靠腸道菌群的合成。新生兒由于缺乏腸道菌群，體內(nèi)維生素K含量少，影響肝內(nèi)凝血酶原的合成，很容易發(fā)生出血傾向，因而新生兒腦出血的發(fā)病率較高。當(dāng)維生素B12不足時(shí)，人體不能有效利用葉酸，使紅細(xì)胞合成障礙，引起巨幼細(xì)胞性貧血。維生素B12還可以保護(hù)神經(jīng)系統(tǒng)，缺乏時(shí)出現(xiàn)神經(jīng)退化。

另外，腸道菌群還可以促進(jìn)某些物質(zhì)的吸收。雙歧桿菌、乳酸菌等其他厭氧菌分泌酸性物質(zhì)，使局部環(huán)境酸化，有利于鐵、鈣、維生素D被腸黏膜細(xì)胞吸收。實(shí)驗(yàn)證實(shí)，在無(wú)菌條件下飼養(yǎng)的動(dòng)物，腸內(nèi)無(wú)菌群，對(duì)鐵、鈣、維生素D的吸收較差，因而易發(fā)生缺鐵性貧血、佝僂病。