我國海域位于亞洲大陸東側的中緯度和低緯度帶，跨越熱帶、亞熱帶和溫帶三個氣候帶，除臺灣東岸瀕臨西太平洋外，其他海與大洋之間均有大陸邊緣的半島或群島斷續(xù)間隔，基本屬封閉性海區(qū)。近海環(huán)流、水團和溫度分布，形成我國海域具有區(qū)域性特征的生態(tài)系統(tǒng)，分別構成黃海、東海、南海北部和南沙四個大海洋生態(tài)系。我國海洋生態(tài)系統(tǒng)主要有以下幾個特點。

一是海洋生態(tài)系統(tǒng)和區(qū)系多樣性。黃海大海洋生態(tài)系，半封閉海，為暖溫帶生態(tài)系。生物以暖溫種為主，位于中國大陸和朝鮮半島之間，是多數(shù)漁業(yè)生物的越冬場和重要產(chǎn)卵場。東海西部，亞熱帶生態(tài)系，有長江、錢塘江和閩江等徑流入海，鹽度低，受暖流影響，溫度鹽度季節(jié)變化大，生物以暖水種占優(yōu)勢，且時空分布的變化很大。東海東部和南海南部為熱帶生態(tài)系，受黑潮暖流影響，呈現(xiàn)熱帶生物區(qū)系。南海，自海南島南岸以南，珊瑚成礁，生態(tài)系中物種多，暖水種占絕對優(yōu)勢，無任何冷水種。南海北部亞熱帶生態(tài)系，處于珠江等大河口，又鄰近南海外海，深海，生物區(qū)系以暖水種占絕對優(yōu)勢，暖溫種很少，無冷水種；造礁石珊瑚在本生態(tài)系出現(xiàn)，但未形成典型的珊瑚礁，體現(xiàn)出亞熱帶向熱帶生態(tài)系過渡的特點。

二是海洋生物多樣性。我國海域生態(tài)系復雜多樣，海洋生物物種、生態(tài)類群和群落結構均表現(xiàn)出豐富的多樣性特點。我國海域已記錄了20278種生物，約占世界的10%，隸屬于5個生物界、44個門。動物界記錄的種類最多（12794種），原核生物界最少（229種）。物種種類數(shù)分布從北向南遞增，渤海、黃海、東海和南海共有2500種漁業(yè)種類。

我國海洋生物物種具有明顯的海域特色，不僅有很多世界性海洋生物物種，而且還保存了許多在北半球其他海域早已滅絕的古老孑遺物種，特有屬、種很豐富。如在大陸沿岸淺水區(qū)還有一定數(shù)量的地方性特有種，有的分布于黃渤海和南海間的廣闊水域，有的僅見于黃渤海和東海淺水區(qū)，有的則見于南海北部、東海和黃海南部水域。

三是海洋生態(tài)系統(tǒng)十分脆弱。我國海域生態(tài)系統(tǒng)具有地區(qū)性和對大陸的依賴性等特征，極易受人類開發(fā)活動的干擾與破壞，比較脆弱。除臺灣東岸瀕臨西太平洋外，我國海洋生態(tài)區(qū)系及物種分布因大陸邊緣的島鏈而與大洋生態(tài)系統(tǒng)相對隔離，外部洄游性生物資源補充量少，海域生態(tài)系統(tǒng)具有明顯的地區(qū)性和封閉性特征。我國海域生態(tài)系統(tǒng)中，高營養(yǎng)級生物種群數(shù)量較少，魚類生產(chǎn)力不足世界平均水平的1/3，資源承載力十分有限。對海洋生物資源的過度開發(fā)利用，極易造成高營養(yǎng)種群缺失，導致原有生態(tài)系統(tǒng)結構失衡，并迅速向低質(zhì)種群演替，使生態(tài)系統(tǒng)的服務功能和可持續(xù)利用價值大大降低。

我國海域開發(fā)利用的基本特征是，海洋生態(tài)依賴型產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速。在過去的40余年中，我國依賴于海洋生態(tài)系統(tǒng)的相關產(chǎn)業(yè)得到迅速發(fā)展。海洋經(jīng)濟生產(chǎn)總值從1980年的80億元上升到2014年的59936億元，已占全國GDP的9.4%，提供了全國沿海地區(qū)超過10%的就業(yè)機會，海洋經(jīng)濟已成為沿海地區(qū)新的經(jīng)濟增長點和跨世紀的地區(qū)發(fā)展戰(zhàn)略，海洋漁業(yè)、濱海旅游業(yè)以及海洋藥業(yè)和生物工程等高技術產(chǎn)業(yè)成為新時期海洋產(chǎn)業(yè)的主體。