依據(jù)生物學(xué)的種概念，種的分化關(guān)鍵在于不同群體間形成了生殖隔離。生殖隔離乃是種分化或形成的分水嶺。生殖隔離又是怎樣起源的呢？有幾種經(jīng)典性假說。穆勒（H.J.Muller，1942）主張生息在不同地域即發(fā)生了地理隔離的群體由于自然選擇等因素的作用，使其遺傳發(fā)生分化，生殖隔離乃是遺傳分化的產(chǎn)物。費希爾（R.A.Fisher，1930）與杜布贊斯基（T.Dobzhansky，1940，1970）提出，生殖隔離是由于自然選擇作用所致。他們的解釋是：生息于相同地域的兩個種之間，生殖隔離是自然選擇為了抑制產(chǎn)生出弱勢雜種的浪費而形成出的一種機制?？柹℉.L.Carson，1970，1975）主張，在隔離開的群體內(nèi)（如地理隔離），由于奠基者效應(yīng)（founder effect）的關(guān)系，基因庫的遺傳組成發(fā)生了改革（genetic revolution），于是形成生殖隔離。奠基者效應(yīng)是邁爾1963年提出來的。此外，卡爾森（1975，1986）、金城（K.Y.Kaneshiro，1983）、坦普爾頓（A.R.Templeton et al.，1979）等人則主張生殖隔離起源于性選擇（sexual selection），生殖隔離是性選擇被不斷加強的結(jié)果，生殖隔離是性選擇的產(chǎn)物。以上這幾個假說并非是排他性的，可能適應(yīng)于說明不同情況下生殖隔離的產(chǎn)生。

圖6—2　真寬水蚤在不同地域的系統(tǒng)關(guān)系與生殖隔離
北太平洋群體與歐洲群體在系統(tǒng)學(xué)上是近緣的，可是在兩者之間卻發(fā)生了生殖隔離（×：表示群體間有了生殖隔離），基因不能交流，該視為不同的種。而日本群體與里海群體相距甚遠，地理上發(fā)生隔離，可是兩者沒有發(fā)生生殖隔離，又該屬于同一個種。E.americana與E.affi nis種的新英格蘭系統(tǒng)很早就分歧了，可是卻沒有發(fā)生生殖隔離。這樣，Eurytemora affi nis這個種的不同地域群體之間存在著系統(tǒng)關(guān)系與生殖隔離有無并不一致的情形。就是說，把進化歷史長短不一的系統(tǒng)都包括到一個種里來了（Freeman & Herron，2007）。