雖然二程的思想體系已確立了“天理”作為最高范疇的地位，但對“天理”的內(nèi)涵及功能所作的論述卻仍然顯得單薄。在朱熹的思想體系中，“天理”作為最高的哲學(xué)范疇得到了充分的論證。

朱熹認(rèn)為，世界有兩種狀態(tài)的存在，一是形形色色、光怪陸離的自然萬物;另一是無形無象、無所名狀的“道”，他借用《周易·系辭》“形而上者謂之道，形而下者謂之器”一句闡述了這一觀點:“形而上為道，形而下為器，說這形而下之器之中，便有那形而上之道，若便將形而下之器，作形而上之道，則不可”(《朱子語類》卷六十二)。朱熹與張載不同之處在于，他不僅把形而上與形而下的區(qū)分作為有形與無形的區(qū)別，更重要的是作為抽象與具體的區(qū)別。但是，他所說的形而上并不是從蕓蕓萬物中抽象、歸納、概括出的具有一般性的法則、性質(zhì)，而是紛紜事物存在的依據(jù)。朱熹正是沿著這條思路探索宇宙最一般的存在物。在他看來，每一具體事物都有之所以成為該物的道理，這就是形而上的“理”，它與形而下的具體事物不同，沒有形體，但卻決定該物的本質(zhì)特征。所有事物的“理”，便是世界上唯一的形而上的“理”。他說:

且如這個扇子，此物也，便有個扇子底道理。扇子是如此做，合當(dāng)如此用，此便是形而上之理。天地中間，上是天，下是地，中間有許多日月星辰、山川草木、人物禽獸，此皆形而下之器也。然這形而下之器之中，便各自有個道理，此便是形而上之道。(《朱子語類》卷六十二)

在扇子這樣的具體物出現(xiàn)之前，先有了扇子的道理;根據(jù)這個道理，才制作出扇子。推而廣之，在宇宙萬物產(chǎn)生之前，它們各自的“理”也都先存在了，這就是宇宙唯一的、絕對的天理:“未有天地之先，畢竟也只是理。有此理，便有此天地;若無此理，便亦無天地，無人無物，都無該載了”(《朱子語類》卷一)。本來事物的特性是不能脫離事物本身而獨立存在的，朱熹卻恰恰把它與事物分離開來，并放置在事物產(chǎn)生之前，這樣，“理”也就失去它作為事物法則及特性的意義，而成了事物的制造者。一個超越世間一切事物的絕對本體就這樣產(chǎn)生了。

朱熹形容這個本體具有許多特征，它無形無體，無法觸摸:“形而上者，無形無影是此理;形而下者，有情有狀是此器”(《朱子語類》卷九十五)。它不依賴于任何事物而獨立存在，無始無終，永恒不滅，“若理只是個凈潔空闊底世界”(《朱子語類》卷一)。它又彌漫宇宙，無所不在。

“理”不僅是宇宙的本原、萬物的主宰，也是社會道德規(guī)范的源泉。一切封建道德的原則、規(guī)定及儀節(jié)，都是“理”在人間社會的展現(xiàn)?！胺蛱煜轮履挥欣恚瑸榫颊哂芯贾?，為父子者有父子之理，為夫婦、為兄弟、為朋友，以至于出入起居、應(yīng)事接物之際，亦莫不各有理焉?！?《朱子大全》卷十四)不僅人類社會有這樣的道德原則，禽獸之間也受這些道德原則的制約。作為道德規(guī)范與原則的“理”也是先于各種社會道德關(guān)系而存在的，“未有君臣，已先有君臣之理;未有父子，已先有父子之理”(《朱子語類》卷九十五)。在朱熹的思想體系中，“理”作為道德總原則的意義是最為重要的，朱熹對天理至上性與絕對性的論證，正是為了給人間的道德秩序?qū)ふ倚味系母础?/p>

在朱熹的思想體系中，“理”與“道”在大多數(shù)場合意義是相同的，“理”與“太極”也屬于同等意義的范疇，“太極只是一個理字”(《朱子語類》卷一)。朱熹運(yùn)用“太極”這一范疇，旨在論述“理”生萬物的過程，太極即“理”的最初的、最終極的狀態(tài)。朱熹關(guān)于“理”生萬物的學(xué)說，吸取并發(fā)展了周敦頤《太極圖說》的理論，他說:“太極只是一個氣，迤邐分做兩個氣，里面動底是陽，靜底是陰，又分做五氣，又散為萬物”(《朱子語類》卷三)。朱熹承認(rèn)周敦頤所提出的宇宙生化的基本秩序:太極(理)→氣(陰陽)→五行(水火木金土)→萬物。朱熹論證的重點放在“理”生“氣”及二者的相互關(guān)系上。

他在《答黃道夫》中認(rèn)為:“天地之間，有理有氣。理也者，形而上之道也，生物之本也。氣也者，形而下之器也，生物之具也?！?《朱子大全》卷五十八)“氣”屬于形而下之物，但又不是具體的萬物，只是從“理”到萬物的中間狀態(tài)?！袄怼迸c“氣”的關(guān)系是密不可分的，“天下未有無理之氣，亦未有無氣之理”(《朱子語類》卷一)。當(dāng)有人問二者孰為先，孰為后時，朱熹甚至否認(rèn)二者有先后之別，認(rèn)為“理”與“氣”本無先后可言，因為“理”不是單獨一物，它以“氣”為存在的條件，“無是氣，則是理亦無掛搭處”(《朱子語類》卷一)。但這只是從橫向來看的，即在“氣”產(chǎn)生之后看二者的關(guān)系。如果從縱向看，仍然是“理”先“氣”后，因為“理”在萬物之先就已存在了，所以他說:“然必欲推其所從來，則須說先有是理”(同上)?！皻狻奔搓庩柖?，他接受了周敦頤的說法:“太極動而生陽，動極而靜，靜而生陰”(同上)。陰陽二氣只是太極動、靜之性的外化，沒有具體的質(zhì)態(tài)，到五行這一階段，事物才有了質(zhì)態(tài)。

朱熹關(guān)于“氣”的理論也是很有特色的。他繼承并改造了張載的氣本論，將張載有關(guān)“氣”的學(xué)說納入其天理論的體系之中。朱熹認(rèn)為，“氣”充滿于天地、宇宙之間，“天地之間，一氣而已”(《易學(xué)啟蒙》卷一)?！叭缫粴庵芎跆斓刂g，萬物散殊，雖或不同，而未始離乎氣之一。”(《朱子語類》卷二十七)這是說，萬物均由“氣”所產(chǎn)生?！皻狻庇小澳Y(jié)造作”的功能，“是人物之始，以氣化而生者也。氣聚成形，則形交氣感，遂以形化，而人物生生，變化無窮矣”(《朱子大全》卷五十二)。“氣”亦處于周流不息、運(yùn)動不止的狀態(tài)之中，“一元之氣，運(yùn)轉(zhuǎn)流通，略無停間，只是生出許多萬物而已”(《朱子語類》卷一)。其運(yùn)動變化的形態(tài)往往表現(xiàn)為升降、屈伸、聚散、流化、循環(huán)往復(fù)、游蕩飄動等?！皻狻狈株庩枺帤饽叵鲁?，陽氣輕散上升，陰陽交錯感應(yīng)，產(chǎn)生風(fēng)雨雷電等自然現(xiàn)象。這些思想與張載是一致的，所不同的是，在朱熹看來，“理”不再是“氣”的屬性，而是“氣”的本原。值得注意的是朱熹關(guān)于“動靜無端”的思想。他認(rèn)為太極“一動一靜，循環(huán)無端”，動極復(fù)靜，靜極復(fù)動，動而生陽氣，靜而生陰氣，但很難說太極最早的狀態(tài)是動還是靜，如果從動說起，那么動之先又是靜，靜之先又是動，沒有個開頭。動與靜都不是太極的最初狀態(tài)，太極既沒有開始，也沒有結(jié)束。這個思想否認(rèn)了宇宙運(yùn)動變化的最初推動力，也否定了宇宙有一個開端，并猜到了宇宙時空的無限性問題。

朱熹天理論中有一個重要的內(nèi)容，即關(guān)于“理一分殊”的學(xué)說。他指出，根據(jù)從太極到萬物的宇宙生成模式，每一事物都是經(jīng)過太極分化二氣，二氣演化五行，五行聚合萬物的過程而產(chǎn)生的，從上向下推，事事物物都從一個本原上來，從下向上推，事事物物又都?xì)w源于一。所以世界上有一個太極，萬物中又各有一個太極，但“太極非是別為一物，即陰陽而在陰陽，即五行而在五行，即萬物而在萬物，只是一個理而已”(《朱子語類》卷九十四)。他用“月印萬川”的道理通俗地解說“理一分殊”的原理:月亮只有天空中的一個，但江河湖海中，每一處又都有一個個的月亮，這諸多的月亮只是天上那唯一月亮的投影。“理一分殊”也就是唯一、絕對的天理體現(xiàn)于萬事萬物中，它并非被打散，被分割。天理與萬物之理只是一般與個別的關(guān)系?！袄硪环质?，合天地萬物而言，只是一個理。及在人，則又各自有一個理?！?《朱子語類》卷一)由“理一分殊”說，引出了朱熹的道德起源論，它集中反映在關(guān)于心、性、情的論述中。