辛亥革命后，孫中山在他的《孫文學說》中，較系統(tǒng)地宣傳了進化論。他認為，“天地皆由進化而成”（《孫文學說》）。他贊揚達爾文的進化論說：“古今來聰明睿知之士，欲窮天地萬物何由而成者眾矣，而卒莫能知其道也……自達爾文之書出后，則進化之學，一旦豁然開朗，大放光明，而世界思想為之一變。從此各種學術，皆依歸于進化矣。夫進化者，自然之道也；而物競天擇，適者生存，不適者淘汰，此物種進化之原則也。”（《孫文學說》）

孫中山從進化論思想出發(fā)，并依據(jù)他豐富的自然科學知識，提出了關于世界進化三個時期的理論。他說：“其一為物質(zhì)進化之時期，其二為物種進化之時期，其三則為人類進化之時期?！保ā秾O文學說》）他所說的“物質(zhì)進化”，是指宇宙的形成和發(fā)展。關于宇宙的形成，他說：“元始之時，太極（自注：此用以譯西名以太也）動而生電子，電子凝而成元素，元素合而成物質(zhì)，物質(zhì)聚而成地球，此世界進化之第一時期也。今太空諸天體多尚在此期進化之中，而物質(zhì)之進化，以成地球為目的，吾人之地球，其進化幾何年代而始成，不可得而知也。地球成后以至于今，按科學家據(jù)地層之變動而推算，已有二千萬年矣”（《孫文學說》）?！疤珮O”本來是中國古代哲學關于解釋宇宙根源的一個重要范疇。在這里，孫中山把“太極”即以太（后來又解釋為星云）看成是原是物質(zhì)的一種形態(tài)，是世界的始基，是宇宙萬物的根源。由于以太的運動，產(chǎn)生了電子，電子凝聚成各種化學元素，元素化合成各種物質(zhì)，各種物質(zhì)又聚合成地球。地球的起源和形成，是一個進化的歷史過程。

關于世界進化的第二時期，即物種進化問題，他說：“由生元之始生而至于人，則為第二期之進化。物種由微而顯，由簡而繁，本物競天擇之原則，經(jīng)幾許優(yōu)勝劣敗，生存淘汰，新陳代謝，千百萬年乃成人類”（《孫文學說》）。在這里，他肯定了兩點：生命開始于“生元”，“物競天擇”是生物進化的規(guī)律。孫中山所謂“生元”，即指細胞。他說：“據(jù)最近科學家所考得者，則造成人類及動植物者，乃生物之元子為之也。生物之元子，學者多譯之為細胞，而作者今特創(chuàng)名之曰生元，蓋取生物元始之意也?！保ā秾O文學說》）在這里，孫中山借鑒了西方自然科學關于動植物細胞構造學說，認為一切有機體都是由細胞組成的，并把有機體的細胞解釋為一種單位，把細胞看作“生物之始”，簡稱為生元，寓意為一切生命來源于原始生物的單細胞。這是他所說的自然界進化第二時期的根本標志，是自然界長期發(fā)展的結果。

關于生元的性質(zhì)，孫中山解釋說：“生元者，何物也？曰：其為物也，精矣、微矣、神矣、妙矣，不可思議者矣！按今日科學所能窺者，則生元之為物也，乃有知覺靈明者也，乃有動作思為者也，乃有主意計劃者也”（《孫文學說》）。細胞有“知覺靈明”，有“主意計劃”，奇奇怪怪的動植物狀態(tài)、精妙神奇的人身結構，是由細胞構造成的，人的聰明智慧，也是發(fā)源于細胞。所以他說：“門子所謂良知良能者非它，即生元之知、生元之能而已。”（《孫文學說》）他把這種理論稱為“生元有知”論。

孫中山所說的世界進化的第三個時期，是由細胞分化到物種的進化，再由物種的進化到人類的產(chǎn)生。這是遵循“物競天擇”的規(guī)律，“由微而顯，由簡而繁”的千百萬年的進化而來的。關于人類的進化，孫中山說：“人類初生之時，亦與禽獸無異。再經(jīng)幾許萬年之進化，而始長成人性，而人類之進化，于是乎起源”（《孫文學說》）。這是說，人類的進化是逐漸擺脫“獸性”而形成“人性”的過程。他認為，人類和動物不同，人類進化有自己的特殊法則，人類進化的法則是“互助”，不是“競爭”。他說：“物種以競爭為原則，人類則以互助為原則。社會國家者，互助之體也。道德仁義者，互助之用也。人類順此原則則昌，不順此原則則亡?！保ā秾O文學說》）依據(jù)這種進化論，他認為，人類社會進化的目的，就是依據(jù)互助的原則，解除現(xiàn)在世界的各種痛苦，實現(xiàn)“天下為公”的大同世界。他認為，他提倡的三民主義，特別是民生主義，就是為實現(xiàn)大同世界而斗爭。