二、微生物DNA的提取
(一)實驗原理
為了研究微生物中遺傳物質DNA的生物、化學和物理特性,必須分離得到具有高度聚合態(tài)的天然DNA。
由于細菌具有堅韌的細胞壁,有的細菌對十二烷基磺酸鈉(SDS)有抗性,因此可先用溶菌酶溶解細胞壁,然后再用SDS處理,使菌體進一步溶解而釋放出核酸與蛋白質。另外SDS具有抑制脫氧核糖核酸酶的作用并使部分蛋白質變性。溶菌后所得的高黏度懸液在pH值為8.2的水飽和酚的作用下,可以使DNA活性不喪失而蛋白質變性,離心去除變性蛋白質。但必須注意細菌細胞中含有大量的RNA,如要得到較純的DNA可用核糖核酸酶處理,使RNA降解而除去,也可用異丙醇選擇性的沉淀DNA,而RNA留在溶液中,最后用95%乙醇作沉淀劑而得白色纖維狀的DNA。
(二)實驗藥品
1.0.15mol/L NaCl-0.1mol/L EDTA溶液,pH值為8.0。稱取8.76g氯化鈉,37.2g乙二胺四乙酸二鈉,溶于800mL蒸餾水中,并以NaOH調至pH8.0,定容到1000mL;
2.Tris-SDS緩沖液:pH值為9.0,0.1mol/L Tris(三羥甲基氨基甲烷)緩沖液中含有1%SDS和1mol/L氯化鈉;
3.水飽和酚:新鮮重蒸酚用水飽和后,用5mol/L NaOH調至pH值為8.2;
4.SSC溶液:含0.15mol/L氯化鈉和0.015mol/L檸檬酸三鈉的溶液,pH值為7.0;
5.0.1×SSC溶液:取SSC溶液用蒸餾水稀釋10倍即成;
6.10 SSC溶液:含1.5mol/L氯化鈉和0.15mol/L檸檬酸三鈉的溶液;
7.結晶溶菌酶:(生化試劑,活力10,000~20,000單位),以氯化鈉-乙二胺四乙酸二鈉(pH值為8.0)溶液配成2mg/mL的酶液;
8.結晶牛胰核糖核酸酶(RNase,生化試劑),以0.1mol/L氯化鈉-0.01mol/L pH值為5.4醋酸鹽緩沖液配成2mg/mL的酶液,使用前此酶先在80℃水浴中加熱10min進行預處理,使污染的脫氧核糖核酸酶失去活性;
9.干冰;
10.NaCl(C.P.);
11.70%乙醇,95%乙醇。
(三)實驗方法
1.枯草桿菌(B.Subtilis)的培養(yǎng):在20個250mL三角燒瓶內分別加30mL肉湯培養(yǎng)基,在1.05kg/cm2(溫度為121℃)滅菌15min,冷卻后接種,在37℃搖床上動態(tài)培養(yǎng)12~15h。
2.菌體收集及洗滌:將枯草桿菌培養(yǎng)液合并在冰水浴中預冷,經3000r/min離心20min,棄去上清液,以預冷的25mL氯化鈉-乙二胺四乙酸二鈉(pH值為8.0)溶液洗滌菌體,經3000r/min離心20min,棄去上清液。
以少量氯化鈉-乙二胺四乙酸二鈉(pH值為8.0)溶液將菌體完全轉移到已稱重的刻度離心管中(重量記為W1),經3000r/min離心20min,小心吸去上清液后稱重(重量記為W2),計算出濕菌體重量W。
3.溶菌:加入與濕菌體同體積的2mg/mL溶菌酶溶液,攪勻后在37℃水浴中保溫10~20min,當菌液開始發(fā)黏時取出,倒于50mL燒杯中,立即將燒杯放入干冰浴中冷凍。按1g濕菌體加8mLTris-SDS緩沖液的比例把緩沖液加入到已冷凍的菌體中,用玻棒搗碎,使成懸浮液。在60℃水浴中使此懸浮液溫熱到完全融化。溶菌完成后得到黏稠狀溶液。
4.酚去蛋白質:已溶菌的懸浮液置于帶磨口塞的細口瓶中,加入等體積的水飽和酚,在4℃下手搖20min,得到乳濁液于3000r/min離心15min,離心后分三層,上層液相含有DNA,中間為變性蛋白質,下層為酚層。小心吸出上層液相,量其體積,再加等體積的水飽和酚抽提去蛋白質。如此反復3~4次直至中間蛋白質層極少或消失為止。小心吸出上層水相,并量其體積。
5.核糖核酸酶去RNA:在含DNA的上層水相中,加經預處理過的2mg/mL核糖核酸酶溶液使此酶的最終濃度為50μg/mL,混合液在37℃下保溫30min,冷卻后再加等體積的水飽和酚,4℃下?lián)u動10min,離心后,收集含有DNA的上層水相,量其體積。
6.DNA的沉淀:加2倍于DNA溶液體積的預冷95%乙醇,即有白色纖維狀的DNA沉淀析出,以玻棒緩慢轉動,白色纖維狀的DNA即纏繞于玻棒上。
DNA沉淀分別在70%、95%乙醇中洗滌后,壓干,將此DNA放入試管內,加4mL0.1SSC溶液,待DNA溶解后補加0.4mL 10 SSC溶液,使DNA成1 SSC溶液。
7.含量測定:改良二苯胺法測定DNA含量(見實驗八中二),F(xiàn)olin-酚試劑法測蛋白質含量(見實驗五中第二點)。計算出每克濕菌體中DNA的含量及DNA制品中蛋白質的含量。
(四)實驗記錄
1.DNA含量測定(見實驗八中第二點)。
2.Folin-酚試劑法測定蛋白質含量(見實驗五中第二點)。
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