根據(jù)多元動態(tài)博弈分析的結(jié)論，從海洋生態(tài)系統(tǒng)中獲得的生態(tài)價值是影響行為主體在海洋管理活動中決策的重要因素，因此，科學(xué)地對海洋生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)價值進行評估，準(zhǔn)確核算海洋開發(fā)中的生態(tài)成本，就成為開展基于海洋生態(tài)系統(tǒng)海洋綜合管理的重要基礎(chǔ)。

但是在現(xiàn)實的海洋管理實踐中，受海洋科技水平的制約，目前人類對于海洋生態(tài)系統(tǒng)的認(rèn)識還十分有限。在海洋生態(tài)系統(tǒng)中，各種生物在復(fù)雜多變的海洋環(huán)境中相互影響、彼此作用，共同形成了海洋生態(tài)系統(tǒng)，同時多樣化的人類活動相互影響，也共同作用于海洋生態(tài)系統(tǒng)，使得海洋生態(tài)系統(tǒng)進一步演化發(fā)展，形成了錯綜復(fù)雜的海洋生態(tài)系統(tǒng)演化過程。然而，以目前人類的海洋科技水平，對海洋生態(tài)系統(tǒng)的形成、演化機理認(rèn)識還不全面，對海洋物種的數(shù)量、分布、習(xí)性還不明確，各海洋物種間的復(fù)雜關(guān)系有待研究，對海洋環(huán)境的形成、變化規(guī)律也沒有完全掌握，對人類活動、海洋物種和海洋環(huán)境之間相互依存、相互制約的關(guān)系尚不明確。

而基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的核心理念就是改變傳統(tǒng)的部門管理模式，是以海洋生態(tài)系統(tǒng)本身為管理重點，以維持海洋生態(tài)系統(tǒng)平衡為管理活動的核心，針對影響海洋生態(tài)系統(tǒng)的各類人類行為，通過統(tǒng)籌協(xié)調(diào)各行為主體的活動，開展相應(yīng)的海洋管理活動。由此可見，海洋生態(tài)系統(tǒng)管理的實施前提是對海洋生態(tài)系統(tǒng)進行客觀、科學(xué)、全面的評價，掌握各物種之間的相互關(guān)系以及物種和海洋環(huán)境之間的相互作用。當(dāng)這些條件無法實現(xiàn)時，必然會造成基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理在計劃制訂、措施實施、效果評估等方面與實際產(chǎn)生偏差，最終影響到管理的實際效果。

因此，在現(xiàn)有的海洋科技水平下，還無法實現(xiàn)對海洋生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)價值進行十分準(zhǔn)確的計算，從而造成了基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理尚缺乏扎實的科學(xué)基礎(chǔ)，影響了基于海洋生態(tài)系統(tǒng)的海洋綜合管理的實施。

2015年9月中央政治局通過的《生態(tài)文明體制改革總體方案》中，明確提出了要樹立自然價值和自然資本的理念，要建立體現(xiàn)自然價值和代際補償?shù)馁Y源有償使用和生態(tài)補償制度，以及生態(tài)文明績效評價考核和責(zé)任追究制度等。因此，對價值的計算、補償?shù)脑u估，必須進行深入研究，任重而道遠(yuǎn)。