1842年，英國古生物學家R.Owen認為之前研究發(fā)表的3件標本—巨齒龍（Megalosaurus）（Buckland，1824）、禽龍（Iguanodon）（Mantell，1825）和叢林龍（Hylaeosaurus）（Mantell，1833）都屬爬行動物，但又與已知的其他爬行動物不同，它們都是陸棲的大型動物，而且可以直立行走。因此，R.Owen將它們命名為“Dinosauria”，并解釋為“fearfully great reptiles”，有人認為相當于當代英語的“awesome reptiles”，中文意思是“非常巨大的蜥蜴或爬行動物”，更多的是“驚嘆其大”而非“恐怖”之意。中文“恐龍”一詞最早于20世紀初依據(jù)日文翻譯而來，究竟是誰翻譯的卻不得而知。

R.Owen不相信進化，他的所謂“恐龍”代表著一個具有某些特征組合的遠古生物類群。R.Owen承襲了林奈（Linnaeus)對生物界的看法，將地球上的生物歸屬為界門綱目科屬種，而這并不需要承認它們具有共同祖先且彼此都有親緣關(guān)系。他們眼中的地球生命在本質(zhì)上是不變的、靜止的。而達爾文提出的進化論和越來越多恐龍化石的發(fā)現(xiàn)，使人們開始探討恐龍在生命之樹（tree of life）中的位置及其起源、演化和分類等問題。H.Seeley在1887年將恐龍分為鳥臀類和蜥臀類兩大類，但他認為鳥臀類和蜥臀類以及翼龍類、鳥類和鱷類都是獨立起源于原始的主龍類（Archosauria）；而在這五個類群中，鳥臀類和蜥臀類的關(guān)系并非最近。這一觀點主導了隨后近一個世紀對恐龍起源的認識，因此，這一時期對什么是恐龍并沒有一個嚴格的定義。

系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學（phylogenetic systematics）（也稱分支系統(tǒng)學或支序系統(tǒng)學）在20世紀后半葉的興起及迅猛發(fā)展不但對如何重建生命之樹有了全新的理論和方法，而且為如何命名生命之樹提供了嶄新的觀點和方法，促成了系統(tǒng)發(fā)育分類學（phylogenetic taxonomy）和《國際系統(tǒng)發(fā)育命名法規(guī)》（International Code of Phylogenetic Nomenclature，PhyloCode）的誕生。其核心是要求任何一個分類對象必須是單系的支系（monophyletic clade），這些單系的支系是定義的基礎。以恐龍為例，它可被定義為“包含蜥臀類（Megalosaurus bucklandii）（Mantell，1827）和鳥臀類［貝尼薩爾禽龍（Iguanodon bernissartensis）（Boulenger，1881）］的最小包容支系”，或者是“包含蜥臀類（Megalosaurus bucklandii）（Mantell，1827）和鳥臀類（Iguanodon bernissartensis）（Boulenger，1881）的最近共同祖先及其所有后裔的一個支系”。這種定義的最大好處是明確、穩(wěn)定。

但是，系統(tǒng)發(fā)育分類學的定義與人們熟悉的“達爾文式分類學”對恐龍的定義有兩處明顯不同。首先，因為現(xiàn)在普遍認同鳥是由獸腳類恐龍中的一支演變而來，那么根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分類學的要求，鳥必然歸屬于恐龍這一單系。而傳統(tǒng)觀點認為鳥就是鳥，恐龍就是恐龍，兩者有很大不同，都是“綱”或“目”一級的分類群。這也就涉及第二個不同，系統(tǒng)發(fā)育分類學希望徹底放棄分類系統(tǒng)中“界門綱目科屬種”的約束，不采用這些代表分類級別的后綴，而只是稱一個支系為“某某類”，比如恐龍不再是“恐龍亞綱”或“恐龍目”，而是“恐龍類”，發(fā)展到現(xiàn)在，雖然越來越少的文章再對恐龍冠以“亞綱”或“目”，但對恐龍一詞的使用還是模棱兩可的。系統(tǒng)發(fā)育分類學的擁護者經(jīng)常要在相關(guān)文章中首先交代清楚文中“恐龍”的含義，諸如“此文中恐龍?zhí)刂阜区B恐龍（non-avian dinosaurs）”，以表明對系統(tǒng)發(fā)育分類學的認同，但又同時兼顧傳統(tǒng)的用法。

系統(tǒng)發(fā)育分類學與達爾文式分類學的一個重要區(qū)別在于，前者非常重視對地球生命之樹的“縱向或樹形的觀察（tree thinking）”，他們更看重這棵樹的一次次分叉。而后者在承認這棵樹的同時，更欣賞不同分支間的相似性（similarity）；若將這種相似性置于其所生活的特定時代和環(huán)境中，就有了演化的“等級（grade）”概念。然而，系統(tǒng)發(fā)育分類學一開始就強調(diào)它只是一個分類和命名系統(tǒng)，并不涉及其他，這種系統(tǒng)更貼近自然，并為其他研究提供了一個最好的框架。