融合是指將兩親本原生質(zhì)體通過生物、化學(xué)或物理的方法融為一體的過程。最初的原生質(zhì)體融合是以仙臺(tái)病毒為介導(dǎo)來融合的，但操作復(fù)雜，融合率低，現(xiàn)已很少采用。后來發(fā)展出了以PEG（聚乙二醇）為介導(dǎo)的化學(xué)融合，在Ca2＋或Mg2＋等陽性離子存在下，PEG能使原生質(zhì)體緊密粘連在一起，最終達(dá)到融合。據(jù)報(bào)道，天藍(lán)鏈霉菌（Streptomyces coelicolor）和小小鏈霉菌（S.parvullus）使用該法的融合頻率可高達(dá)20％ 。但由于PEG對(duì)細(xì)胞有一定毒性，接觸時(shí)間一般不應(yīng)超過1min。近年來，高壓電脈沖作為一種物理手段在原生質(zhì)體融合中的作用越來越受到重視。原生質(zhì)體在低電場(chǎng)中極化成偶極子，并沿電力線方向排列成串，加高壓直流脈沖后，相鄰兩個(gè)原生質(zhì)體的膜被瞬時(shí)擊穿，從而導(dǎo)致融合的發(fā)生。此法對(duì)細(xì)胞無任何傷害作用，而且融合過程可在顯微鏡監(jiān)視下進(jìn)行，只要配備一套顯微操作儀，即使不對(duì)親株進(jìn)行標(biāo)記，也可方便地挑取融合子。

原生質(zhì)體因?yàn)槭チ思?xì)胞壁，雖然具有生物學(xué)活性，但不能繁殖。為了大量得到融合子，必須在再生培養(yǎng)基上恢復(fù)細(xì)胞壁。再生就是使原生質(zhì)體重新長(zhǎng)出細(xì)胞壁回復(fù)到完整細(xì)胞形態(tài)的過程。再生也應(yīng)在高滲培養(yǎng)基上進(jìn)行，再生率隨不同菌株而異，一般為3％ ～20％ 。