微生物的命名和其他生物一樣，都按國(guó)際命名法命名，即采用林奈氏（Linnaeus）所創(chuàng)立的“雙名法”。每一種微生物的學(xué)名都依屬與種而命名，由兩個(gè)拉丁字或希臘字或者拉丁化了的其他文字組成。屬名在前，規(guī)定用拉丁字名詞表示，詞首字母要大寫，由微生物的構(gòu)造、形狀，或由著名的科學(xué)家名字而來，用以描述微生物的主要特征。種名在后，用拉丁形容詞表示，詞首字母小寫，為微生物的色素、形狀、來源、病名或著名的科學(xué)家姓名等，用以描述微生物的次要特征。此外，由于自然界的生物種類太多了，大家都在命名，為了更明確，避免誤解，故在正式的拉丁名稱后面附著命名者的姓。例如。金黃色葡萄球菌的學(xué)名為：

Staphylococcus aureus Rosenbach 1884

屬名：葡萄球菌 種名：金黃色 命名人的姓 命名年份

又如：

Peptostreptococcus foetidus （Veillon） Smith

屬名：消化鏈球菌 種名：惡臭 原命名者 改名者

惡臭消化鏈球菌是由Veillon首先發(fā)現(xiàn)和定名的，后Smith重新定為現(xiàn)名。由此可以看出，種名后括弧內(nèi)的姓，是表示這個(gè)種首先由Veillon定的名，在括弧后再附加改定此菌學(xué)名人的姓。如果發(fā)表新種，則在學(xué)名之后加n.sp（即novo species的縮寫，意為新種）。有時(shí)只泛指某一屬的微生物，而不是指定某一個(gè)具體的種，或沒有種名，只有屬名時(shí)，可在屬名后加sp.或spp.（species的縮寫，sp.表示單數(shù)，spp.表示復(fù)數(shù)），如Micrococcus sp.，表示微球菌屬的一個(gè)種，Micrococcus spp.表示微球菌屬的一些種。變種的學(xué)名，是在種名后加變種名稱，并在變種名稱之前加var。如枯草芽孢桿菌黑色變種應(yīng)寫成Bacillus subtilis var.niger。屬以上的名稱必須是陰性復(fù)數(shù)形容詞，與prokaryotae（原核生物界）相一致。