多糖不像蛋白質和核酸，其少數(shù)的分子即可由于連接位點的不同，而形成復雜多變的結構，因而難以用傳統(tǒng)的化學方法研究。生物質譜能夠對多糖結構進行鑒定，具有操作簡便、省時、結果直觀等特點。人體內(nèi)的蛋白質至少有1/3為糖蛋白，執(zhí)行著不同的功能。目前采用MALDI-TOF-MS已經(jīng)能夠對糖蛋白中的寡糖側鏈進行分析。

1.糖蛋白相對分子質量的測定　與普通蛋白不同，糖蛋白分子結構具有不均一性，在進行質譜分析時，糖蛋白分子質譜峰變寬，靈敏度下降。因此采用分辨性能高、靈敏度好的MALDI-TOFMS或ESI-MS才可以直接測定相對分子量不大、結構不十分復雜的糖蛋白，如核糖核酸酶α1，酸性糖蛋白等，而對于相對分子質量大(>50000)及糖鏈復雜的糖蛋白，如胎球蛋白，質譜就很難測定其相對分子質量。

2.糖基化位點的確定　生物質譜法測定糖基化位點，一般是通過蛋白酶酶切與糖內(nèi)切酶酶切相結合的方法，尋找質譜圖上的峰位移，從位移峰的肽段序列中，尋找可能連接糖鏈的氨基酸，從而確定其糖基化位點。這種方法不同于傳統(tǒng)的先分解糖蛋白中糖鏈及蛋白，然后分別測定的方法，在pmol數(shù)量級上對糖蛋白進行分析，應用ESI-MS或MALDI-TOF-MS，結合HPLC或CE分離技術以及數(shù)據(jù)庫檢索，可以快速、準確地確定自然界中或重組糖蛋白的糖基化位點。Yang Yi及Qrdand等應用胰蛋白酶結合N-糖苷內(nèi)切酶、O-糖苷內(nèi)切酶酶切，在MALDI-TOF-MS上確定了胎球蛋白的4個N-連接糖基化位點。另外，因ESI-MS能與HPLC及CE連接直接測定肽混糖鏈和肽鏈中的氨基酸、通過共價鍵連接化合物而大大拓寬了其應用范圍。

3.糖鏈結構的分析　糖蛋白中的糖鏈形式各異、連接方式多樣。應用生物質譜的方法可以對蛋白酶切、HPLC分離得到含糖肽段直接用ESI串聯(lián)質譜以及MALDI-TOF-MS的源后衰變技術(PSD)進行檢測，得到單糖碎片，從而確定糖鏈結構；也可用糖苷外切酶從糖鏈外端對糖鏈進行逐一切除并做質譜測定，這樣不僅可以確定其連接方式，而且由于所應用的糖苷外切酶具有高度特異性也可對糖鏈的立體結構進行判斷。Harmo等應用MALDI-TOFMS分析了重組人γ干擾素的糖基化位點及其糖基化的微不均一性。