技術(shù)在醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)學(xué)中的應(yīng)用
聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)是1985年由美國(guó)Kary Bank Mulis發(fā)明的一種可在體外快速擴(kuò)增特定DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù)。PCR技術(shù)具有特異、敏感和快速3個(gè)顯著特點(diǎn),可在數(shù)小時(shí)內(nèi)獲得純度極高的目的DNA片段,被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、農(nóng)學(xué)等各個(gè)領(lǐng)域的基因研究和分析,對(duì)分子生物學(xué)的發(fā)展產(chǎn)生了巨大影響。
(一)基本原理
PCR是一種在引物介導(dǎo)和耐熱DNA聚合酶作用下體外模擬天然DNA復(fù)制過(guò)程的酶促反應(yīng),包括高溫變性、低溫退火、適溫延伸三個(gè)階段,具有高度的特異性和敏感性。PCR采用一對(duì)寡聚核苷酸作為引物,通過(guò)加溫變性-退火-DNA合成周期性多次循環(huán),使目的DNA片段得到擴(kuò)增。經(jīng)25~30個(gè)循環(huán)后,擴(kuò)增倍數(shù)可達(dá)106,理論上可檢出樣品中單一拷貝的DNA片段。
PCR問(wèn)世后,為適應(yīng)不同需求,新的PCR技術(shù)不斷涌現(xiàn),進(jìn)一步提高了其特異性和敏感性。如反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)是以mRNA為模板,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,再做PCR擴(kuò)增,故可檢測(cè)特異的mRNA或其cDNA克隆。若僅有很少的資料,可通過(guò)錨式PCR(anchored PCR)對(duì)mRNA進(jìn)行分析。對(duì)于只知一側(cè)序列信息片段的擴(kuò)增,通??刹捎梅聪騊CR(inverse PCR)。差異顯示PCR(differential display PCR)可以鑒定和分離在不同條件下(如機(jī)體或細(xì)胞受某種刺激或患有某種疾?。┠撤N基因的表達(dá)產(chǎn)物,無(wú)需確切的序列資料。隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性分析(random amplified polymorphismic DNA,RAPD)是用隨機(jī)序列引物(通常為10bp)從基因組DNA中擴(kuò)增出一組大小不等的片段,此種方法獲得的擴(kuò)增產(chǎn)物類型具有種群和個(gè)體特異性,可用于昆蟲(chóng)進(jìn)化研究、種型鑒定和多態(tài)性分析。聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)是指應(yīng)用PCR將目的基因片段擴(kuò)增后,用限制性內(nèi)切酶消化不同個(gè)體的同源DNA分子,經(jīng)電泳分離后表現(xiàn)的限制性片段長(zhǎng)度差異。這種差異主要來(lái)源于基因突變和DNA分子結(jié)構(gòu)重排所引起的限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)的改變。PCR-RFLP主要用于昆蟲(chóng)遺傳連鎖圖的構(gòu)建、遺傳系譜分析和數(shù)量遺傳研究等方面。聚合酶鏈反應(yīng)-單鏈構(gòu)象多態(tài)性(single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products,PCR-SSCP)是采用PCR技術(shù)擴(kuò)增出某一特定的DNA片段,在高溫下使雙鏈DNA變性為單鏈DNA(single strand DNA,ssDNA),然后進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,ssDNA帶在凝膠中位置的差異反映了DNA序列的差異,用于點(diǎn)突變和多態(tài)性位點(diǎn)的檢測(cè)。雙鏈構(gòu)象多態(tài)性(Double-strand conformational polymorphism,DSCP)是在SSCP的基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的,二者原理相同,均使用保守引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,故結(jié)果穩(wěn)定。但DSCP不需DNA分子變性,可直接進(jìn)行電泳檢測(cè),是昆蟲(chóng)種群生物學(xué)研究中一種很有效的方法。
(二)基本PCR技術(shù)
與常規(guī)的DNA合成反應(yīng)一樣,PCR體系中的基本要素是:①模板DNA,可以是單鏈或雙鏈,可以是提取的基因組DNA或cDNA,也可以是克隆的質(zhì)粒DNA或環(huán)狀DNA。②一對(duì)寡聚DNA引物,分別與模板DNA鏈兩側(cè)的3′端序列互補(bǔ),可使二者間的DNA序列得以擴(kuò)增。引物長(zhǎng)度一般以15~30個(gè)核苷酸為宜,以確保較高的PCR擴(kuò)增效率和特異性。③耐熱DNA聚合酶,通常是Taq DNA聚合酶或其類似物,可在高溫下(72℃)催化DNA合成,并能在加熱95℃時(shí)不變性。④緩沖液,提供DNA合成反應(yīng)所需pH、離子強(qiáng)度等環(huán)境。⑤4種單核苷酸(dATP、dGTP、dCTP、dTTP),提供DNA合成的原料。
合理的引物設(shè)計(jì)是PCR反應(yīng)成功的關(guān)鍵,影響PCR結(jié)果的主要因素是熱循環(huán)中變性與退火溫度及緩沖液中Mg2+離子濃度,此外提高退火步驟的嚴(yán)格性、增加聚合酶穩(wěn)定性、減少引物與模板的非特異性反應(yīng),均可極大提高PCR的敏感性、特異性和產(chǎn)量。
(三)在醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)學(xué)中的應(yīng)用
目前,有關(guān)昆蟲(chóng)分子生物學(xué)研究已有較多報(bào)道。因PCR技術(shù)能將極微量目的DNA進(jìn)行大量擴(kuò)增,可大大提高對(duì)DNA分子的分析和檢測(cè)能力,故很多種分子生物學(xué)技術(shù)均以PCR技術(shù)為基礎(chǔ),其在醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)學(xué)中的應(yīng)用也相當(dāng)廣泛。
宋社吾等(2002)通過(guò)分組織的PCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn),在我國(guó)尖音庫(kù)蚊復(fù)合組和白紋伊蚊體內(nèi)感染的Wolbachia株不僅局限于生殖組織內(nèi),在淡色庫(kù)蚊(Cx.pipiens pallens)和騷擾庫(kù)蚊(Cx.pipiens molestus)雌蚊卵巢、中腸和胸部肌肉組織中也檢測(cè)到Wolbachia株,此研究結(jié)果的可靠性也得到透射電鏡從形態(tài)學(xué)角度的證實(shí)。
李朝飛等(2003)經(jīng)RT-PCR分析發(fā)現(xiàn),泛素基因在所檢測(cè)的斜紋夜蛾幼蟲(chóng)多種組織,尤其是脂肪體中均有表達(dá)。采用構(gòu)建的原核表達(dá)載體pQEUB,在大腸桿菌M15中高效表達(dá),為進(jìn)一步研究S.1itura泛素在SpltMNPV感染中的作用打下了基礎(chǔ)。
RAPD-PCR主要適用于種群遺傳多樣性的研究,Kambhampti等(1992)采用RAPD技術(shù)對(duì)伊蚊的種和種群進(jìn)行鑒定和區(qū)分,并對(duì)RAPD的實(shí)驗(yàn)技術(shù)、統(tǒng)計(jì)分析及應(yīng)用等進(jìn)行了探討。其后RAPD在按蚊的種群研究及舞毒蛾(Garnei,1996)、果蠅(陳燕茹,1997)和煙粉虱(邱寶利,2003)等昆蟲(chóng)中均有應(yīng)用。
嗜人錐蠅(初生)Cochliomyia hominivorax和次生錐蠅C.macellaria幼蟲(chóng)形態(tài)相似,只是發(fā)育階段不同,能引起相同的蠅蛆病,從形態(tài)學(xué)上很難進(jìn)行鑒別,Litjens P等(2001)根據(jù)其線粒體基因片段的PCR-RFLP分析,成功鑒定了這兩種幼蟲(chóng)。
Hiss等(1994)首次將PCR-SSCP用于昆蟲(chóng)研究,對(duì)5種蚊子線粒體中核糖體RNA(rRNA)進(jìn)行SSCP分析,銀染后檢測(cè)結(jié)果顯示:在所有的種群中均可觀察到種的特異性電泳類型,而且種內(nèi)單個(gè)核苷酸替代也可檢測(cè)到,表明PCR-SSCP是一種很好的遺傳分析手段。李石柱等(2003)也采用PCR-SSCP技術(shù),對(duì)我國(guó)多斑按蚊復(fù)合體5個(gè)成員種的28S-D3擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行分析,結(jié)果顯示電泳條帶具種特異性,可用于鑒別蚊種。
Atkinson等(1997)在白蟻種群研究中,采用DSCP技術(shù)對(duì)mtDNA控制區(qū)的DNA片段進(jìn)行分析,證明DSCP是一種昆蟲(chóng)種群生物學(xué)研究的有效方法,同時(shí)還用雙翅目果蠅及膜翅目螞蟻進(jìn)行了驗(yàn)證。
PCR是分子生物學(xué)技術(shù)的典型代表,隨著分子生物學(xué)新技術(shù)的不斷涌現(xiàn)和現(xiàn)有技術(shù)的不斷完善,越來(lái)越多的學(xué)者將PCR應(yīng)用于昆蟲(chóng)學(xué)研究,這將極大推動(dòng)昆蟲(chóng)的遺傳背景、致病機(jī)制、生物利用等方面的實(shí)驗(yàn)研究。
免責(zé)聲明:以上內(nèi)容源自網(wǎng)絡(luò),版權(quán)歸原作者所有,如有侵犯您的原創(chuàng)版權(quán)請(qǐng)告知,我們將盡快刪除相關(guān)內(nèi)容。