盡管近年我國農(nóng)民專業(yè)合作社快速發(fā)展，但農(nóng)戶加入農(nóng)民專業(yè)合作社的比重仍不到20%。目前，農(nóng)民專業(yè)合作社主要提供生產(chǎn)資料購買、生產(chǎn)技術(shù)培訓(xùn)、產(chǎn)品銷售服務(wù)和提供部分市場信息等服務(wù)，而能夠提供資金、信用、擔(dān)保、高技術(shù)、先進設(shè)備、大型銷售網(wǎng)絡(luò)、全方位信息等高水平服務(wù)的非常少。絕大多數(shù)農(nóng)民專業(yè)合作社處于“空殼”狀態(tài)，帶動能力還比較弱。

內(nèi)部運行機制存在明顯缺陷，是今后合作社能否實現(xiàn)持續(xù)經(jīng)營的關(guān)鍵制約。為加快合作社發(fā)展，政府官員或者政府委托村級組織負責(zé)人在合作社擔(dān)任主要負責(zé)人的現(xiàn)象比較普遍。這樣做確實能加大動員力量，合作社數(shù)量能夠快速增加，但合作社是“民辦、民管、民受益”的組織，政府介入太多太深對合作社的長期發(fā)展產(chǎn)生不利影響，甚至重蹈人民公社體制的覆轍。農(nóng)民專業(yè)合作社發(fā)展相當(dāng)部分依賴龍頭企業(yè)的支持，容易為龍頭企業(yè)所控制。一旦產(chǎn)生利益沖突，農(nóng)民的利益可能受到損害。政府、龍頭企業(yè)和生產(chǎn)經(jīng)營大戶對理事會成員的影響較大，在管理機構(gòu)和人員、吸收會員、成員退出、提供服務(wù)、開發(fā)產(chǎn)品、進行投資、選擇供應(yīng)商、利益分配、集體積累或設(shè)施購置、成績總結(jié)等問題上，普通成員的意愿很難得到體現(xiàn)，容易偏離合作社的本質(zhì)屬性。成員參與機制不完善，交納費用、履行責(zé)任的積極性不高，利益也很難得到應(yīng)有保障。