除在吳越戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)曾是水戰(zhàn)的前沿陣地，歷史上的東西山，一直甚少戰(zhàn)亂。明代以前東西山?jīng)]有設(shè)置管理民事的機(jī)構(gòu)。

明代因東西山村落的富庶，湖中多湖匪登岸搶掠，匪患嚴(yán)重?cái)_亂村落安全，東西山各村開始修筑防御措施，這些設(shè)施至今仍存。與此同時(shí)，國家也開始加強(qiáng)對(duì)東西山的管理與防御，在東山設(shè)巡檢司。至清康熙年間，設(shè)太湖營，控扼全湖。初設(shè)浙江游擊，駐扎在西山頭，雍正二年分為江南太湖營和浙江太湖營，江南太湖營設(shè)參將一員，駐扎于東山，浙江太湖營，游擊仍駐扎西山頭。乾隆十二年改江南太湖營參將為副將，兼轄浙江太湖營，仍駐東山。

清雍正十三年，以“洞庭兩山為太湖扼要之地，山水交會(huì)，支港既廣，漁舟叢集，易為宵匪潛藏”等原因，將原設(shè)置在吳江同里的太湖同知移駐東山，⁽²⁹⁾職務(wù)也由原先的“專司水利”，改為“就理民事”。廳署選址在前山，由席氏故宅改建而成，占地約五畝三分五厘八毫，房屋六十六楹。⁽³⁰⁾東西山歸太湖廳管轄，隸屬蘇州府。咸豐十年東山隨太湖廳改隸浙江，劃屬湖州。太平天國后，又重新劃歸蘇州。光緒三十二年，西山設(shè)靖湖廳，廳治設(shè)在后堡。

民國年間廢除太湖廳與靖湖廳，東西山皆歸屬吳縣。1953年，于東山設(shè)震澤縣，東西山屬之。1959年撤震澤縣建制，并入?yún)强h。2001年，撤吳縣市，改吳中區(qū)，東西山屬吳中區(qū)。