顏元在哲學史上的最大貢獻是他的具有鮮明的經(jīng)驗論色彩的認識論思想。他的認識論的主要內(nèi)容是重視感覺經(jīng)驗和習行。

他針對程朱的“以主敬致知為宗旨，以靜坐讀書為功夫，以講論性命天人為授受，以釋經(jīng)注傳纂集書史為事業(yè)”和王守仁的“以致良知為宗旨，以為善去惡為格物，無事則閉目靜坐，遇事則知行合一”（《存學編》卷一）的觀點，提出了重習行，重踐履的認識論。

顏元認為，認識的對象是客觀事物及其本身所固有的規(guī)律，這是認識的基礎。人的認識內(nèi)容和認識能力的發(fā)揮都由客觀事物本身所決定。他說：“知無體，以物為體；猶之目無體，以形色為體也。故人目雖明，非視黑視白，明無由用也；人心雖靈，非玩東玩西，靈無由施也?！保ā端臅`》卷一）這就是說，客觀事物是不依賴于人的感官而獨立存在的，人的認識是由客觀事物作用于感官而產(chǎn)生的，離開客觀事物，“目雖明”而不“視黑視白”，也無所見；“心雖靈”而不“玩東玩西”，也無所施。顏元認為，要認識事物，獲得知識，就必須“親下手一番”，所謂“格物”就是動手實做這些實事，不能徒手空講。他說：“譬如欲知禮，任讀幾百遍禮書，講問幾十次，思辨幾十層，總不算知；直須跪拜周旋，捧玉爵，執(zhí)幣帛，親下手一番，方知禮是如此，知禮者所至矣。譬如欲知樂，任讀樂譜幾百遍，講問思辨幾十層，總不能知。直須搏拊擊吹，口歌身舞，親下手一番，方知樂是如此，知樂者所至矣。是謂物格而后知至。故吾斷以為物即‘三物’之物，格即手格猛獸之格，手格殺之之格。”（《四書正誤》卷一）

顏元非常強調(diào)實際活動對認識的重要作用，他認為心中想、口中說，紙上寫皆無用，只有手上做、身上習，才真正有用。他說：“此格字乃手格猛獸之格，格物謂犯手實做其事，即孔門六藝之學是也。且如講究禮樂雖十分透徹，若不身為周旋，手為吹擊，終是不知，故曰：‘致知在格物’?！保ā读朂S言行錄》卷上）又說：“格物之格，王門訓正，朱門訓至，漢儒訓來，似皆未穩(wěn)……元謂當如史書‘手格猛獸’之格，‘手格殺之’之格，乃犯手捶打搓弄之義，即孔門六藝之教是也?！保ā读朂S記余》卷六）顏元認為，人對客觀事物的認識，要發(fā)揮主觀能動作用，對認識對象要經(jīng)過親手格一番，“捶打搓弄”才能真正認識事物，這就是“格物”。他指出，王守仁認為格物就是“正心”，朱熹認為格物就是“即物窮理”，鄭康成認為格物就是知于善深則來善物，這些人都是脫離客觀事物而不務實際的空談，他們歪曲了“格物”即是“犯手捶打搓弄之義”，更背離孔門立教之旨，所以說，“漢儒、朱、陸三家失孔子學宗者”（《習齋記余》卷六），按照他們的理論是不能認識客觀事物的。

顏元認為，行不僅是知的基礎，也是知的目的。知的內(nèi)涵不僅是道德實踐知識，也包括了經(jīng)世致用的道理。他極力痛斥那種“只憑口中所談，紙上所見，心內(nèi)所思之理義以養(yǎng)人”（《存學編》卷四），而不務實際空浮學風，揭露了這種學風所帶來的惡果，不僅欺世惑民，貽誤蒼生，而且禍國殃民，殺人壞政。他說：“仆嘗有言，訓詁，清談、禪宗、鄉(xiāng)愿，有一皆足以惑世誣民，宋人兼之，烏得不晦圣道，誤蒼生至此也……每一念及，輒為太息流涕，甚則痛哭。”（《習齋記余》卷三）他批評朱熹要求人們把讀書當作目的，整天在書里討生活。他說：“朱子則必欲人讀天下許多書，是將道全看在書上，將學全看在讀上”（《存學編》卷二），這種只讀書，不實行的空疏學風，只能培養(yǎng)出無用之人。越讀越糊涂，越無能?！白x書愈多愈惑，審事機愈無識，辦經(jīng)濟愈無力。”（《朱子語類評》）“讀書人便愚，多讀更愚?！保ā端臅`》）只讀書，不做事，甚至把人都讀壞了?！疤煜聼o不弱之書生，無不病之書生……生民之禍，未有甚于此者也?！保ā吨熳诱Z類評》）又說：“千余年來，率天下入故紙堆中，耗盡身心氣力，作弱人、病人、無用人者，皆晦庵為之。”（《朱子語類評》）由此出發(fā)，顏元進而反對著書。他認為著書充其量是“空言相續(xù)，紙上加紙”（《大學辨業(yè)序》）。所以說：“今之著述盡是，不過宋儒為誤解之書生，我為不誤解之書生耳，何與于儒本業(yè)哉？”（《習齋年譜》卷下）顏元指出，程朱理學是害己害人的殺人之學。他痛斥道：“果息王學，而朱學獨行，不殺人耶？果息朱學，而獨行王學，不殺人耶？今天下百里無一士，千里無一賢，朝無政事，野無善俗，生民淪喪，誰執(zhí)其咎耶？吾每一思斯世斯民，輒為淚下！”（《習齋記余》卷六）