第五節(jié)　 細菌的分類與命名

細菌種類繁多，性質各異。為了便于認識細菌，對細菌進行了分類和命名，并形成了既定的體系和公認的準則。

一、細菌的分類

《伯吉氏細菌鑒定手冊》最初由美國細菌學教授D.Bergey編寫，1923年出版，后幾經(jīng)修訂，1994年面世第九版，描寫了細菌各個屬的性狀及屬內各種的簡明比較。其姊妹篇《伯吉氏系統(tǒng)細菌學手冊》是目前公認的細菌分類體系參考書籍。該書由美國細菌學家Holt主編，1984～1989年陸續(xù)出版4卷，2004年第二版面世。第1卷記錄了醫(yī)學及工業(yè)上有重要性的G^－菌，第2卷記錄了醫(yī)學與工業(yè)上有重要性的G^＋菌，第3卷收載了古細菌和藍細菌，第4卷描寫了放線菌?！恫舷到y(tǒng)細菌學手冊》及《伯吉氏細菌鑒定手冊》建立了細菌分類的公認體系。根據(jù)表型特征建立了一套動物致病菌檢測程序，商品化的快速鑒定系統(tǒng)已應用于常規(guī)細菌學鑒定。

（一）細菌的分類單元

細菌的分類單元與動植物一樣，也有綱、目、科、屬、種的劃分，有時在種下再分變種或型。其中最重要、最基本的分類單元是種，其次是屬。科及科以上的劃分在細菌學不太完善，而且隨著研究的深入，科、屬的劃分會發(fā)生變動。例如，里氏桿菌原屬巴氏桿菌屬，現(xiàn)已獨立建屬；彎曲菌原屬弧菌科，現(xiàn)已劃出原來的科。

屬是具有共性的若干種的組合，應與其他屬有明顯差異。不同屬之間的16S rRNA序列有較大的差異，一般認為屬間差異應大于7％。

種是生物在一定演化階段，具有相對穩(wěn)定性狀特征的菌株群。凡屬于同種的生物，均具有共同的基本性狀特征。根據(jù)16SrRNA序列的異同，可作為定種的依據(jù)。凡是16S rRNA序列同源性在97％以上的菌株，即可確定為同一種。種是細菌分類的基本單位。

菌株表示不同來源的某一種細菌的純培養(yǎng)物。具有典型特征的菌株為代表株，可供鑒定對比、研究和生產(chǎn)等使用。菌株是實際應用的基本單位。

參考菌株是首先被研究的菌株，其特征比其他菌株知道的多，一般具有代表性。參考菌株均由適當?shù)木N保存機構保存。

（二）細菌的分類方法

細菌的分類方法主要有4種。

1.傳統(tǒng)分類法：選擇較為穩(wěn)定的生物學性狀，如細菌的形態(tài)結構、染色特性、培養(yǎng)特性、生化反應、抗原性等，對細菌進行分類。

2.數(shù)值分類法：采用多項分類依據(jù)，如形態(tài)、染色特性、有無鞭毛及芽胞、生化反應、營養(yǎng)要求、致病性等數(shù)十個特性，依據(jù)等重要原則，將各實驗結果轉化成數(shù)字，通過電子計算機進行復雜計算，比較每一株與其他類同株，測定其相似度。根據(jù)相似度，區(qū)分細菌的種群，并確定各種細菌的親緣關系。

3.化學分類法：應用電泳、色譜質譜等方法，對菌體組分、代謝產(chǎn)物組成與圖譜等特征進行分析，從而對細菌進行分類和鑒定。

4.遺傳學分類法：以細菌的核酸、蛋白質等組成的同源程度不同進行細菌的分類。目前較為穩(wěn)定的遺傳學分類方法有DNA的G^＋Cmol％測定、核酸同源性測定及核糖體RNA堿基序列測定。通過比較分子序列的同源性分類構建進化樹是目前比較常用的方法。進化樹是由相互關聯(lián)的分支線條做成的圖形，分支線條代表著屬或種等分類單位。樹還有時間尺度，其分枝長度代表著已經(jīng)發(fā)生在兩條線間的分子進化時間距離。

二、細菌的命名

依據(jù)《國際細菌命名法規(guī)》的規(guī)定采用雙名法進行細菌的命名。每一種細菌的名稱由屬名和種名兩部分構成，屬名由拉丁文或拉丁化的名詞構成，放在前面，且第一字母大寫；種名用拉丁文或拉丁化的形容詞或名詞所有格表示，放在屬名之后，所有字母均小寫。整個屬名及種名在出版物中應排成斜體。將細菌的拉丁文名稱譯成中文時，中文譯名順序與拉丁名正好相反，種名在前，屬名在后。

當屬名首次出現(xiàn)時，需用全稱；之后只用第一個或前兩個字母代表即可，如用M.tuberculosis表示結核分枝桿菌，S.typhi表示豬霍亂沙門菌等。

細菌的拉丁文學名在翻譯為中文時，由于譯者不同，往往同物異名，造成不必要的混亂。為此，應盡可能采用公認的譯名，一般教科書的名稱均比較規(guī)范，此外可查閱《原核生物系統(tǒng)學》（陶天申等主編，化學工業(yè)出版社，2007）。

按照《國際細菌命名法規(guī)》，屬以下（包括屬）無統(tǒng)一詞尾，屬以上等級的名稱，則往往采用不同的拉丁字尾來表示其分類級別。科的字尾為“-aceae”，目為“-ales”，綱為“-tes”，門為“-phyta”。