孟德爾1865年提出了兩條遺傳學基本定律，摩爾根的生命也是在這一年孕育的。這是一個很有意思的巧合（這個俏皮話是摩爾根自己講的。他說他雖是1866年出生的，但他的生命是在1865年開始孕育的，正是孟德爾定律提出的時候，所以他注定要從事遺傳學研究）。摩爾根出生在美國肯塔基州列克星敦，他的家族在當?shù)睾蘸沼忻?。他的大伯父是美國南北?zhàn)爭時期南軍的一位著名將軍，他的父親曾任美國駐意大利外交官。后來摩爾根成為世界著名的遺傳學家、諾貝爾獎獲得者，他的家族在當?shù)鼐透忻恕?/p>

摩爾根1886年從肯塔基大學畢業(yè)后進入霍普金斯大學生物學系攻讀研究生。按他自己的說法，這個選擇似乎是稀里糊涂作出的，他當時是因為不知道該去干什么好才去讀研究生的。至于選擇霍普金斯大學，那是因為有同學推薦，而且那里是外祖父家所在地，家里人很支持他去那里讀書。1888年，他獲得理學碩士學位。這時的摩爾根，已經(jīng)迷戀上生物學研究，也迷戀上了霍普金斯大學。當時肯塔基大學聘他為博物學教授，但他選擇了留在霍普金斯大學繼續(xù)讀博士。這個決定可不是稀里糊涂作出的，對他一生影響深遠，從此他走上了通往生物學家之路。

1890年，摩爾根獲得霍普金斯大學哲學博士學位。1892年，他開始在布林馬爾學院任教。這時，他的研究領域是實驗胚胎學。在1894—1895年間，他曾經(jīng)到意大利那不勒斯動物研究所工作10個月，與實驗胚胎學奠基人之一德里施（Hans Driesch，1867—1941）共事。當時，在胚胎學上有預成論和漸成論兩種基本觀點。德里施是漸成論的代表人物。他用海膽卵為材料做的胚胎發(fā)育實驗表明，由卵分裂而來各個細胞具有相同的發(fā)育潛力，都可以發(fā)育為一個完整海膽。因此，胚胎中的每個細胞究竟發(fā)育成胚胎的哪個部分，并不是預先就確定好了的，而是決定于它在胚胎中的相對位置。也許是受了德里施的影響，摩爾根同樣支持漸成論觀點。他曾說過，如果胚胎發(fā)育過程的一切都是預先決定好了的，那么生物學家所能做的就只是觀察和描述而已，而漸成論可以提供廣闊的研究空間。漸成論的觀點曾經(jīng)影響到摩爾根對孟德爾定律的態(tài)度，因為在他看來，孟德爾定律顯然是有預成論傾向的，有人稱它是預成論的新的表現(xiàn)形式。

孟德爾及孟德爾定律的重新發(fā)現(xiàn)者都是以植物為材料進行雜交研究，摩爾根欲在動物中檢驗其真實性，他以小鼠為實驗材料，用腹部顏色不同的小鼠雜交。可是實驗結(jié)果并不符合孟德爾定律，其后代的特征常常是雙親特征的混合。他因此對孟德爾定律的普遍性產(chǎn)生了懷疑，認為有些人把孟德爾定律抬得太高了，甚至把一切雜交試驗結(jié)果都用孟德爾的方式解釋。在1909年的美國育種家協(xié)會會議上，他公開講了這種觀點，說有的人是根據(jù)解釋的需要去假定某種因子存在，然后又從這種假定出發(fā)去解釋實驗結(jié)果，就像在玩魔術一樣，實驗結(jié)果當然解釋得很好，但這是根本靠不住的。把基因的顯隱性關系說成是先天確定了的，摩爾根也不同意，他認為這也明顯是預成論的觀點。摩爾根認為顯隱性關系是可以由于后天發(fā)育條件的影響而發(fā)生轉(zhuǎn)換的。關于基因存在于細胞核內(nèi)，存在于染色體上，摩爾根這時也有懷疑，他認為原生質(zhì)在遺傳上可能也起作用。

20世紀的頭10年中，遺傳學在迅速發(fā)展，摩爾根也一直在關注著遺傳學。在他看來，遺傳問題是發(fā)育和進化問題的關鍵。摩爾根稱自己為實驗生物學家，他不喜歡思辨式的討論，而主張一切結(jié)論皆應以實驗結(jié)果為依據(jù)。對于孟德爾定律，因為它有實驗基礎，摩爾根是比較欣賞的。