在擺脫了殖民統(tǒng)治后的一段時期中，曾領(lǐng)導(dǎo)過本國獨立解放的領(lǐng)袖都陷入了國內(nèi)階級、種族和不同政治勢力相互斗爭的困境之中。20世紀60年代中期到80年代初期，東南亞國家的歷史發(fā)展在以美國和蘇聯(lián)為首的兩大力量之間進行的世界性“冷戰(zhàn)”對抗的大背景下展開。冷戰(zhàn)是美蘇的對抗，以后發(fā)展成兩大陣營之間的對抗。這一對抗在戰(zhàn)后初期東南亞的集中表現(xiàn)就是印度支那和東盟兩個集團的對峙，以及長達30年的印度支那戰(zhàn)爭。主要依靠蘇聯(lián)和中國援助的印支三國，與得到美國和其他國家支持的東盟互相對峙，并保持著大致的均勢。

在這一時期，東南亞各國出現(xiàn)了明顯的政治分化，走上了不同的發(fā)展道路。獨立后各國采取的一套簡單效仿西方式議會民主政治模式而推行的民主選舉、政黨政治的程式不僅無法解決國內(nèi)社會、政治、宗教和民族矛盾，而且導(dǎo)致政府的穩(wěn)定性、合法性和權(quán)威性受到極大的威脅。20世紀60年代中后期前后，大多數(shù)東南亞國家都出現(xiàn)了政權(quán)更迭、領(lǐng)袖易人的情況。諸如：印度尼西亞1965年“9·30”事件和蘇哈托上臺，同年菲律賓獨裁者馬科斯登上總統(tǒng)寶座；新馬分治使李光耀成為島國當然的政治首腦；1958年的曼谷政變使軍隊強人沙立·他吶叻登上泰國的政治舞臺；1962年的政變使奈溫領(lǐng)導(dǎo)的軍人集團奪取了緬甸的政權(quán)；等等。所有這些領(lǐng)導(dǎo)人都在穩(wěn)定社會秩序、保障經(jīng)濟發(fā)展的前提下，不同程度地運用了傳統(tǒng)的集權(quán)統(tǒng)治方式，建立了不同形式的政權(quán)，從而使東南亞各國走上了各具特色的政治發(fā)展道路。

由于東南亞各國的民族主義是各自為政的，戰(zhàn)后初期廣泛的反殖民情緒并沒有形成地區(qū)凝聚力。早在19世紀70年代，菲律賓就鼓吹民族主義運動，并且是第一個獲得獨立的殖民地國家，但它繼續(xù)與美國保持密切聯(lián)系，這使得它成為美國的代言人和盟國，而不是成為公認的地區(qū)民族主義的標兵。西班牙和美國殖民統(tǒng)治時期對菲律賓產(chǎn)生了強烈的社會和文化影響，使基督徒在菲律賓社會占多數(shù)，菲律賓也成為東南亞地區(qū)受西式教育影響最大的社會。

隨著冷戰(zhàn)的進一步加劇，西方與社會主義陣營之間尋求東南亞國家支持的競爭也日趨激烈。直接介入使東南亞國家的獨立進程和建國任務(wù)變得更加復(fù)雜。東南亞國家面臨著尋求法治進步、經(jīng)濟發(fā)展和改善生活與應(yīng)付軍事叛亂的相互矛盾的問題。許多民族主義領(lǐng)導(dǎo)人聲稱自己是共產(chǎn)主義者，但他們對社會主義的解釋各不相同，從正統(tǒng)的馬克思列寧主義到自由混合經(jīng)濟都有。越南民主共和國把社會主義視為其發(fā)展的模式，而馬來亞、新加坡、菲律賓和泰國則相繼走上了作為資本主義世界體系一部分的市場經(jīng)濟道路。