DNA的突變完全不影響表型的，已知有4種；即密碼子的同義置換，偽基因的變異，內(nèi)含子的變異和沒有基因功能的DNA區(qū)域內(nèi)的變異。偽基因有著和正常基因高度類似的堿基序列，由于發(fā)生了某種缺陷，失去基因的功能，成為偽基因。因為偽基因不表達，與生物性狀無關(guān)，所以不受自然選擇的約束，故其置換完全是隨機的，速度最快。有報告指出，偽基因的堿基置換是正常基因同義置換的1.9倍。偽基因的產(chǎn)生一般認為起初是由于正常基因的重復(fù)（duplication）所致。其后，兩個基因的一方，由于變異失去基因的功能而成為偽基因。另一個基因則照舊行使功能維持生物的生命。附帶說一下，偽基因的出現(xiàn)對于生物進化來說是非常重要的事件，它可能是進化的遺痕，或也可能是等待變化的機會，說不定當(dāng)生存環(huán)境發(fā)生改變時偽基因或可成為對生存有利的變異，發(fā)揮積極的作用，為進化提供新的可能性。內(nèi)含子的置換率也是高的，有研究報告認為，內(nèi)含子的置換率與同義置換相當(dāng)。如果認為偽基因的變異是最為中立的，而內(nèi)含子的變異和同義變異則并非是完全中立的，它們的變異對于mRNA剪接（splicing）時的立體結(jié)構(gòu)和與tRNA的結(jié)合時起著某種作用，因而或許在一定程度上是受自然選擇的制約的。

基因之外的沒有表達蛋白質(zhì)功能的DNA區(qū)域，其堿基變化不影響表型，不受自然選擇的制約，故其置換速度是很高的。如小衛(wèi)星DNA（minisatellite DNA）等，在其高度反復(fù)序列中的置換率比偽基因的置換率還要高。