基于海洋文明建設(shè)的海洋綜合管理創(chuàng)新必須以完善的制度體系作為基本保障，需要有與之相適應(yīng)的海洋生態(tài)文明制度建設(shè)，最終要建立系統(tǒng)完整的、具有約束力的、符合海洋生態(tài)文明要求的目標(biāo)體系、考核辦法、獎(jiǎng)懲機(jī)制等，以完善和發(fā)展我國(guó)的海洋管理制度，推進(jìn)我國(guó)以海洋生態(tài)文明建設(shè)為核心的海洋綜合管理有效開展和全面實(shí)施。

第一，建立海洋生態(tài)文明的源頭保護(hù)制度。建立系統(tǒng)完整的海洋生態(tài)文明制度體系，必須建立最嚴(yán)格的源頭保護(hù)制度，圍繞海洋生態(tài)系統(tǒng)自身的主要組成部分，從源頭上制定保護(hù)、保障海洋生態(tài)系統(tǒng)的制度體系。主要包括：繼續(xù)落實(shí)并不斷完善海域確權(quán)登記制度，推進(jìn)海島確權(quán)登記制度、海域立體確權(quán)使用制度等，對(duì)無(wú)居民海島、灘涂等各類海洋自然生態(tài)空間都建立完整的自然資源資產(chǎn)調(diào)查、評(píng)價(jià)和核算制度，形成“歸屬清晰、權(quán)責(zé)明確、監(jiān)管有效”的海洋自然資源資產(chǎn)產(chǎn)權(quán)制度；^[2]繼續(xù)實(shí)施和完善海洋功能區(qū)劃制度體系，在集約用海、科學(xué)用海的基礎(chǔ)上，形成以海洋生態(tài)系統(tǒng)健康穩(wěn)定為依據(jù)的生產(chǎn)、生活、生態(tài)空間開發(fā)管理界限，落實(shí)用途管理，合理開發(fā)海洋，并對(duì)規(guī)劃實(shí)施過(guò)程和成果進(jìn)行動(dòng)態(tài)跟蹤評(píng)價(jià)，推動(dòng)海洋經(jīng)濟(jì)與臨海陸地經(jīng)濟(jì)的整體規(guī)劃、統(tǒng)一布局，實(shí)現(xiàn)重點(diǎn)臨海、臨港經(jīng)濟(jì)區(qū)的有序開發(fā)；全面實(shí)施海洋生態(tài)保護(hù)紅線制度，在國(guó)家海洋局《關(guān)于建立渤海海洋生態(tài)紅線制度的若干意見》實(shí)施基礎(chǔ)上，總結(jié)經(jīng)驗(yàn)，不斷完善，在全國(guó)范圍內(nèi)全面推行實(shí)施，在全國(guó)各沿海省份劃定海洋生態(tài)紅線區(qū)以及禁止開發(fā)區(qū)和限制開發(fā)區(qū)，在全國(guó)近岸海區(qū)全面實(shí)行依據(jù)生態(tài)特點(diǎn)和管理需求的分區(qū)分類紅線管控制度。

第二，建立海洋生態(tài)文明的損害賠償制度。損害賠償制度是一項(xiàng)環(huán)境民事責(zé)任制度，即對(duì)自然資源的使用進(jìn)行付費(fèi)，對(duì)生態(tài)系統(tǒng)的損害、破壞進(jìn)行重建及其引起的成本與費(fèi)用得以賠償?shù)闹贫?，主要包括資源有償使用制度和生態(tài)補(bǔ)償制度；根本在于解決對(duì)生態(tài)環(huán)境公共利益損害、生態(tài)環(huán)境健康損害和間接財(cái)產(chǎn)損害的問(wèn)題，告誡主體合法利用生態(tài)資源，減少對(duì)環(huán)境的污染和破壞。^[3]海洋生態(tài)文明的損害賠償制度包括：應(yīng)加快健全和實(shí)行海洋資源有償使用制度，通過(guò)建立能夠切實(shí)反映市場(chǎng)供求關(guān)系、資源稀缺程度和海洋生態(tài)環(huán)境損害成本的價(jià)格機(jī)制，并充分考慮和科學(xué)核算利用海洋資源時(shí)的生態(tài)成本、代際補(bǔ)償?shù)纫蛩兀罱K實(shí)現(xiàn)海洋資源利用效率的最大化，保證海洋資源開發(fā)利用的可持續(xù)性；健全和完善海洋生態(tài)補(bǔ)償制度，制定科學(xué)合理的海洋生態(tài)補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)，形成完善的補(bǔ)償程序以及監(jiān)督管理機(jī)制，并借助環(huán)境稅收制度和生態(tài)補(bǔ)償保證金制度等手段最終形成完善且具有長(zhǎng)效性的海洋生態(tài)環(huán)境補(bǔ)償機(jī)制，同時(shí)應(yīng)對(duì)海洋生態(tài)系統(tǒng)的重點(diǎn)領(lǐng)域?qū)嵭袑ｉT性的生態(tài)補(bǔ)償制度，如海洋自然保護(hù)區(qū)生態(tài)補(bǔ)償機(jī)制、重點(diǎn)河口海灣的生態(tài)補(bǔ)償機(jī)制、濱海濕地的生態(tài)補(bǔ)償機(jī)制等。

第三，建立海洋生態(tài)文明的責(zé)任追究制度。所謂責(zé)任追究制度是指在使用自然資源過(guò)程中對(duì)生態(tài)系統(tǒng)造成損害、破壞或損失的行為，依法追究當(dāng)事人責(zé)任的制度。^[4]海洋生態(tài)文明的責(zé)任追究制度主要包括：實(shí)行嚴(yán)格的賠償制度，通過(guò)發(fā)展海洋生態(tài)環(huán)境損害評(píng)估的第三方機(jī)構(gòu)，及時(shí)準(zhǔn)確地評(píng)估海洋生態(tài)環(huán)境損害狀況，依法依規(guī)明確生態(tài)環(huán)境損害責(zé)任人及其賠償責(zé)任等；落實(shí)領(lǐng)導(dǎo)干部的海洋生態(tài)責(zé)任追究制度，在加強(qiáng)領(lǐng)導(dǎo)干部正確政績(jī)觀教育的基礎(chǔ)上，確立海洋生態(tài)文明建設(shè)在干部考核選拔中的重要地位，明確將海洋生態(tài)文明建設(shè)工作作為領(lǐng)導(dǎo)干部考核審計(jì)的重點(diǎn)，并對(duì)領(lǐng)導(dǎo)干部建立海洋生態(tài)環(huán)境損害責(zé)任的終身追究制。

第四，建立海洋生態(tài)文明的生態(tài)修復(fù)制度。海洋生態(tài)系統(tǒng)的修復(fù)不僅需要從技術(shù)上采取措施，還必須有切實(shí)有效的配套制度加以保障，通過(guò)依靠有力的科學(xué)技術(shù)支撐、完善的法律法規(guī)保障以及嚴(yán)格的監(jiān)管和審批制度，推動(dòng)海洋生態(tài)系統(tǒng)修復(fù)的有效開展。主要包括：加快制定海洋領(lǐng)域生態(tài)修復(fù)法規(guī)、生態(tài)修復(fù)條例等，形成完整的海洋生態(tài)修復(fù)法律體系，保證海洋生態(tài)修復(fù)的持續(xù)和高效；加強(qiáng)對(duì)海洋開發(fā)項(xiàng)目的監(jiān)管和審批，關(guān)鍵是形成統(tǒng)一高效的海洋開發(fā)決策管理體制，并加強(qiáng)對(duì)海洋開發(fā)項(xiàng)目的監(jiān)管，可以通過(guò)對(duì)開發(fā)單位實(shí)施海洋生態(tài)修復(fù)保證金制度，為海洋生態(tài)系統(tǒng)的修復(fù)工作提供較為可靠的保障機(jī)制。

除此之外，還應(yīng)建立與我國(guó)海洋事業(yè)發(fā)展相適應(yīng)、符合海洋生態(tài)文明建設(shè)理念的跨部門、跨行政區(qū)的海洋管理合作協(xié)調(diào)機(jī)制，實(shí)現(xiàn)對(duì)我國(guó)近岸海洋生態(tài)系統(tǒng)重點(diǎn)海域的海洋經(jīng)濟(jì)開發(fā)、海域環(huán)境保護(hù)的海陸統(tǒng)籌管理；還應(yīng)對(duì)現(xiàn)有法律法規(guī)政策等相關(guān)制度進(jìn)行及時(shí)的修訂完善，以適應(yīng)我國(guó)海洋事業(yè)的快速發(fā)展，并在國(guó)家相關(guān)海洋法律法規(guī)規(guī)定制定出臺(tái)的基礎(chǔ)上，加快對(duì)地方層面相關(guān)法律法規(guī)的研究制定或修訂完善，在全國(guó)沿海地區(qū)形成一套完善的、與國(guó)家法律法規(guī)相一致、符合地方海洋發(fā)展特點(diǎn)的地方涉海管理法律法規(guī)體系，以指導(dǎo)各級(jí)地方政府的海洋管理。