對于疫病的認(rèn)識(shí)，《素問·刺法論》云：“五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似”，指出了疫病的傳染性。究其病因，王叔和的《傷寒例》這樣記載：“凡時(shí)行者，春時(shí)應(yīng)暖而復(fù)大寒，夏時(shí)應(yīng)大熱而反大涼，秋時(shí)應(yīng)涼而反大熱，冬時(shí)應(yīng)寒而反大溫，此非其時(shí)而有其氣，是以一歲之中，長幼之病多相似者，此則時(shí)行之氣也?！焙笫泪t(yī)家雖有發(fā)揮，但只是表述不一而已，終未能脫離“非時(shí)之氣”說。換言之，正常氣候下感風(fēng)、寒、暑、濕、燥、火等六氣致病，稱為“六淫”，是患普通疾病，沒有傳染性；異常氣候下感邪致病，稱為“非時(shí)之氣”，可患急性傳染病。吳氏通過長期觀察，否定了這一傳統(tǒng)說法，提出新的病原觀點(diǎn)——雜氣學(xué)說。

吳氏否認(rèn)疫病與氣候變化有關(guān)，指出除了風(fēng)、寒、暑、濕、燥、火六氣為邪致病之外，天地間還存在著另一類致病因素——雜氣。所不同的是，“六氣有限，現(xiàn)在可測，雜氣無窮，茫然不可測也”，有時(shí)“雜氣為病，更多于六氣”，若“專務(wù)六氣，不言雜氣，豈能包括天下之病歟”（《溫疫論·雜氣論》）。因此，吳氏明確指出，大凡傳染性疾病，舉世皆以為六氣為病，而其實(shí)是種種雜氣為患，“大約病遍于一方，延門闔戶，眾人相同，皆時(shí)行之氣，即雜氣為病也”（《溫疫論·雜氣論》）。在種種雜氣之中，有一種特別兇險(xiǎn)厲害，被吳氏稱之為“疫氣”“戾氣”或“癘氣”，“疫氣者亦雜氣之一，但有甚于他氣，故為病頗重，因名之癘氣”。并詳細(xì)分析了雜氣的各種特性。