認(rèn)識(shí)來(lái)源于實(shí)踐，科研始自于觀察。特別是古代科學(xué)家，認(rèn)識(shí)自然規(guī)律，總是從觀察著手的。吳有性生于急性烈性傳染病頻發(fā)的明代末年，在《溫疫論》成書的公元1642年前后，他的家鄉(xiāng)江蘇吳縣連年疫病流行，“一巷百余家，無(wú)一家幸免；一門數(shù)十口，無(wú)一口幸存”（《吳縣縣志》）。當(dāng)時(shí)，全國(guó)也正大規(guī)模流行傳染病，“崇禎辛巳，疫氣流行，山東、浙省、南北兩直（河北與江蘇）感者尤多，至五、六月益甚，或至闔門傳染”（《溫疫論·原序》）。而當(dāng)時(shí)的醫(yī)家卻多以治傷寒病的方法治療瘟疫，導(dǎo)致枉死者不計(jì)其數(shù)。

瘟疫的廣泛傳播和大量失治誤治的病例，給吳有性提供了系統(tǒng)觀察和深入思考的機(jī)會(huì)，身為儒醫(yī)的吳有性，以宋明理學(xué)家倡導(dǎo)的“格物致知”的治學(xué)方法，對(duì)他所感受到的“疫氣”進(jìn)行了全面考察，在對(duì)各種急性傳染病流行的特點(diǎn)、病原體進(jìn)入人體的途徑、潛伏的部位以及發(fā)病的特點(diǎn)等方面取得了許多前人從未有過(guò)的認(rèn)識(shí)。

吳氏觀察到不同的病原體具有不同的特異性，從而導(dǎo)致各種不同類型的傳染??；而感染同一種傳染病的患者，則具有相同的疾病表現(xiàn)?！笆菤庖?，其來(lái)無(wú)時(shí)，其著無(wú)方；或發(fā)于城市，或發(fā)于村落。眾人有觸之者，或時(shí)眾人發(fā)頤，或時(shí)眾人頭面浮腫，俗名為大頭瘟是也；或時(shí)眾人咽痛，或時(shí)咽啞，俗名蝦蟆瘟是也；或時(shí)眾人瘧痢；或?yàn)楸詺?，或?yàn)槎化?，或?yàn)榘哒?，或?yàn)榀徑牮勰[，或時(shí)眾人目赤腫痛；或時(shí)眾人嘔血暴亡，俗名為瓜瓤瘟、探頭瘟是也；或時(shí)眾人癭亥，俗名疙瘩瘟是也。為病種種，難以枚舉。大約病遍一方，延門合戶，眾人相同”。他進(jìn)一步觀察到某些病原體對(duì)臟腑組織的侵犯具有選擇性，“蓋當(dāng)其時(shí)，適有某氣專入某臟腑經(jīng)絡(luò)，專發(fā)為某病，故眾人之病相同，非關(guān)臟腑經(jīng)絡(luò)或?yàn)橹C也”。除了對(duì)溫疫的大流行有深刻的觀察之外，他還細(xì)心地注意到一些散發(fā)性的傳染病，他稱之為“微疫”，“疫氣不行之年，微疫亦有，眾人皆以感冒為名，實(shí)不知其為疫也”；“至于發(fā)頤、咽痛目赤、斑疹之類，其時(shí)村落中偶有一二人，所患者雖不與眾人等，然考其證，甚合某年某處眾人所患之病纖悉相同，治法無(wú)異。此即當(dāng)年之雜氣，但目今所鐘不厚，所患者稀少耳。此又不可以眾人無(wú)有，斷非雜氣也”。他告誡人們不要因?yàn)榘l(fā)病人數(shù)少，未成流行之勢(shì)，就誤認(rèn)為不是傳染病而有所忽視。同時(shí)，他還把觀察的范圍從人類擴(kuò)展到動(dòng)物，發(fā)現(xiàn)傳染病具有種屬感受性和種屬免疫性，“至于無(wú)形之氣偏重于動(dòng)物者，如牛瘟、羊瘟、雞瘟、鴨瘟，豈當(dāng)人疫而已哉？然牛病而羊不病，雞病而鴨不病，人病而牲畜不病，究其所傷不同，因其氣各異也”。此外，他還觀察到許多外科感染性疾病，也是雜氣所為，不應(yīng)該責(zé)之于火，“至又誤認(rèn)為火者，如疔瘡、發(fā)背、癰疽、流注、流火丹毒與夫發(fā)斑、痘瘡之類……實(shí)非火也，亦雜氣之所為耳”。他大膽地突破六淫致病的傳統(tǒng)觀念，將30余種病歸結(jié)為雜氣所感，如：霍亂、痢疾、瘧疾、麻風(fēng)、痘瘡發(fā)頤（急性腮腺炎）、目赤（急性結(jié)膜炎）等。以現(xiàn)代醫(yī)學(xué)知識(shí)來(lái)看，除少數(shù)幾種病不夠準(zhǔn)確之外，大多數(shù)病的確是各種病原微生物感染所致，符合吳氏所謂雜氣致病的觀點(diǎn)。他還觀察到溫疫的傳播途徑是通過(guò)上呼吸道、消化道或接觸傳染所致，“此氣之來(lái)，無(wú)論老少?gòu)?qiáng)弱，觸之者即病，邪從口鼻而入”；“邪之所著，有天受，有傳染，所感雖殊，其病則一”。由于受當(dāng)時(shí)的科學(xué)條件所限制，他無(wú)法用肉眼觀察到致病的微生物是什么，但猜測(cè)到雜氣必然是一些細(xì)微的物質(zhì)，“夫物者氣之化也，氣者物之變也，氣即是物，物即是氣”。

總之，在19世紀(jì)末細(xì)菌學(xué)和近代傳染病學(xué)建立之前的200多年，《溫疫論》在傳染病的病原學(xué)和流行病學(xué)方面能取得如此全面而深刻的認(rèn)識(shí)是十分不易的。在世界醫(yī)學(xué)史上，只有16世紀(jì)中葉巴丟阿大學(xué)教授伏拉卡斯特羅（Fracastro，G．1478－1553年）曾在《傳染物》一書中提到過(guò)流行病是某種“微粒子”自感染者身上移行到被感染者身上所致，與吳又可的疫氣之說(shuō)有殊途同歸之妙，然而《傳染物》論述比《溫疫論》簡(jiǎn)單得多，伏氏的觀點(diǎn)也未被當(dāng)時(shí)的醫(yī)學(xué)界所接受。吳又可能夠取得前人從未有過(guò)的成就，是與作者開闊的視野、敏銳的觀察、準(zhǔn)確的判斷和豐富的臨床經(jīng)驗(yàn)分不開的。