依據(jù)達(dá)爾文的進(jìn)化思想，?？藸栒J(rèn)為地球上現(xiàn)存的和過(guò)去存在過(guò)的所有生物最早都應(yīng)該是從“共同祖先”那里不斷發(fā)生分歧、進(jìn)化而來(lái)。?？藸柛鶕?jù)當(dāng)時(shí)的分類學(xué)、形態(tài)學(xué)和古生物學(xué)等知識(shí)，繪制出“生物進(jìn)化系統(tǒng)樹”（phylogenetic tree，genealogical tree），發(fā)布在其《普通形態(tài)學(xué)》一書（1866）中（圖2—1）。?？藸枌⒌厍蛏系目偪偠?、林林而群由進(jìn)化分歧產(chǎn)生的全部生物類型收羅歸納到一個(gè)有“根”、“樹干”、“粗大枝條”、“細(xì)小枝條”和“葉子”的樹狀結(jié)構(gòu)中，即謂之生物進(jìn)化系統(tǒng)樹。海克爾用此系統(tǒng)樹方式非常完美地表現(xiàn)生物進(jìn)化與親緣關(guān)系，在生物學(xué)史上可謂之是第一人。他開辟了系統(tǒng)樹理念與方法論的先河，非?？茖W(xué)，后人加以沿襲，并隨著科學(xué)的進(jìn)步，系統(tǒng)樹的理念與方法也不斷更新、改善。

?？藸柪L制生物進(jìn)化系統(tǒng)樹的想法并非是無(wú)根由地產(chǎn)生出來(lái)的。在歷史上，法國(guó)偉大學(xué)者拉馬克是第一個(gè)排除上帝干擾，試圖完全用自然的因素，諸如環(huán)境條件的作用、器官的用與不用和他臆想的獲得性遺傳來(lái)充作生物進(jìn)化的機(jī)制。拉馬克認(rèn)為生命是自然發(fā)生的，并且生命能不斷地自然發(fā)生，發(fā)生后向上發(fā)展。這樣，屬于同一個(gè)生物系統(tǒng)中的類群是具有親緣關(guān)系的，而隸屬于并行的不同生物系統(tǒng)中的類群則就沒(méi)有親緣關(guān)系了。而達(dá)爾文的見(jiàn)解則不同于拉馬克，達(dá)爾文認(rèn)為地球上的生命只能自然發(fā)生過(guò)一次，所有物種都具有親緣關(guān)系，不過(guò)或親或疏罷了。達(dá)爾文在其進(jìn)化筆記（transmutation note）中，繪過(guò)一張表示物種分歧進(jìn)化的略圖，圖中的A，B，C，D分別代表不同的物種（圖2—2）。

圖2—1　?？藸柕纳镞M(jìn)化系統(tǒng)樹
a.海克爾最初繪制的生物系統(tǒng)樹圖；b.譯成日文的?？藸柕纳锵到y(tǒng)樹。?？藸柍幸u了林耐關(guān)于生物世界只有植物、動(dòng)物兩界的觀點(diǎn)。他的生物系統(tǒng)樹圖中原生生物是由植物、動(dòng)物混編而成，并非別于植物、動(dòng)物的獨(dú)立的界。

達(dá)爾文在《物種起源》（1859）這本巨著中只放上一張插圖，就是表現(xiàn)物種分歧的圖（圖2—3）。在達(dá)爾文筆記中的略圖或其《物種起源》書中的插圖，盡管均系表示生命之網(wǎng)中的一小局部，但對(duì)于海克爾而言，肯定具有重大的啟蒙意義。?？藸柕纳镞M(jìn)化系統(tǒng)樹可以說(shuō)是達(dá)爾文的種分歧圖的延伸、擴(kuò)充、完善和具體化，也是其一元論思想的體現(xiàn)。

?？藸栐谄渌L制的“生物進(jìn)化系統(tǒng)樹”中用于標(biāo)明動(dòng)植物類群的名稱，當(dāng)然用的是德文。筆者尚未見(jiàn)過(guò)該圖被譯成中文的。在系統(tǒng)樹的最上部表示地球上現(xiàn)存的生物，有植物、原生生物和動(dòng)物三大類。但是海克爾在其“生物界系譜”中，卻沿襲林耐的見(jiàn)解，把生物界分為動(dòng)物、植物兩大界。進(jìn)化系統(tǒng)樹的下部有三個(gè)很粗的主干，分別是：植物、原生生物和動(dòng)物。就是說(shuō)，在生命起源之后，它們從生物的共同祖先那里分化出來(lái)，獨(dú)立發(fā)展，歷經(jīng)滄桑，進(jìn)化途中不少類型衰敗、滅絕，而被自然選擇保存下來(lái)的類型則生生不息，不斷繁衍，綿延至今。樹枝分叉處表示祖先型的生命類型發(fā)生分歧，形成兩個(gè)新的生命類型（分類群）。分類群之間的距離越近，表示親緣關(guān)系越近；反之，表示親緣關(guān)系越遠(yuǎn)。

圖2—2　達(dá)爾文筆記中的物種分歧圖

圖2—3　《物種起源》一書中的性狀分歧圖

系統(tǒng)樹的縱軸表示生物進(jìn)化經(jīng)歷的時(shí)間跨度。當(dāng)時(shí)地質(zhì)學(xué)水平很低，誤認(rèn)為地球的歷史只有幾百萬(wàn)年，生物界的歷史當(dāng)然則更短。