基因型特異性探針與存在單核苷酸差異的兩條序列分別雜交形成的雙鏈分子的熱穩(wěn)定性是不同的，雜交方法根據(jù)這一差異來判別不同的SNP位點（圖2-3）。基因型檢測芯片是一種利用雜交技術(shù)特異性分析等位基因型的高通量技術(shù)。在高密度芯片上，成千上萬與等位基因目標序列互補的特異性寡核苷酸探針被連接到固相載體表面。對于每一個SNP位點，至少有多個探針，相互之間在SNP位點有所區(qū)別。在實際檢測過程中，包含一個SNP位點每種變異可能的寡核苷酸探針都會被使用。目標序列在擴增中被摻入熒光標記，并與芯片雜交；隨后，掃描芯片檢測每一個雜交信號強度。目標序列與序列完全匹配的探針結(jié)合效率更高，因此釋放更強的熒光信號。其他的錯配探針則可作為交叉雜交的對照。純合子樣本和雜合子樣本之間存在不同的雜交模式。

基因型檢測芯片技術(shù)是一種高通量檢測單核苷酸多態(tài)性的技術(shù)方法。用平板照相和固相DNA合成等技術(shù)可以在1.2cm×1.28cm的陣列中植上26萬條寡核苷酸探針鏈，因此使用芯片技術(shù)可以迅速篩選數(shù)以千計位點的多態(tài)性。例如GeneChip HuSNPTM芯片可檢測整個人類基因組中近1 500個SNP位點的多態(tài)性。但是基因芯片靈活性極低，很難在一張芯片中添加一個新的SNP位點或取代已有的位點；并且使用成本太高。芯片檢測也可能無法區(qū)分純合子和雜合子，以及缺失和插入突變。芯片雜交的敏感性受靶序列影響，包括分子間和分子內(nèi)部結(jié)構(gòu)，以及重復(fù)序列元件的存在等，如何提高敏感性和準確性，降低假陽性率是芯片技術(shù)面臨的一個重大挑戰(zhàn)。盡管存在一些缺點，基因芯片分型技術(shù)未來的應(yīng)用仍將是廣泛的，用戶定制的中等密度芯片將用于常規(guī)診斷篩查或藥理學(xué)研究。

圖2-3　基因芯片分型示意圖