千百年來，人類對生物的認知僅限于動物與植物兩大生物類群。但英國皇家學(xué)會于1683年9月17日出版的一封著名的信件打破了人類對生物認知的動植物二維空間。這封信出自列文霍克（Antonie van Leeuwenhoek，1632—1723），他是有記載的第一個打開微生物世界奧秘的人。在信中，他描述了自己在自制顯微鏡下觀察到有生命的原核生物的過程，并率先發(fā)現(xiàn)了微生物的共生現(xiàn)象。從此，人類對生物領(lǐng)域的研究進入了動物、植物與微生物的三維互聯(lián)時代，而這距今已有300多年歷史。

300多年來，尤其是分子測序技術(shù)的發(fā)展使人們對微生物世界的認知信息急劇增加，尤其體現(xiàn)在動物、植物與微生物間的共生觀念上。比如哺乳動物腸道中存在著大量的微生物群，它們被稱作“共生伙伴”（commensals），甚至被形象地比喻為“與人類一起進餐者”（eating at the same table），它們對宿主會產(chǎn)生巨大的影響。最近對腸道菌群的研究證明，極度復(fù)雜的微生物群落對于所有哺乳動物的消化生理而言，可能具有遠遠超乎想象的作用。

自從德貝里于1879年首次把“共生”作為廣義生物概念以來，生物共生作為描述生物物種關(guān)系的方法論逐漸被廣泛接受。進入20世紀(jì)70年代后，建立在嚴(yán)密的科學(xué)實證基礎(chǔ)上的共生起源思想在生物學(xué)界引起了開拓性的發(fā)展。托夫勒（Alvin Toffler）在1970年曾經(jīng)說過，“生物學(xué)在太短的時間發(fā)生了太多的變化”（too much change in too short a time）。在生物學(xué)飛速發(fā)展的今天，革命性的劇變可能出現(xiàn)在該學(xué)科的每一角落，生物學(xué)家或許不難發(fā)現(xiàn)自己正不斷經(jīng)受由此引發(fā)的沖擊。