由于目前尚未出臺(tái)協(xié)商民主與基層治理方面的規(guī)范性文件，農(nóng)村開(kāi)展協(xié)商民主和基層治理工作，缺乏政策支持和措施，沒(méi)有統(tǒng)一規(guī)范的工作流程。在積極滿(mǎn)足公民參與權(quán)的過(guò)程中，行政協(xié)商也極有可能走向法治的反面。有一部分行政協(xié)商的目的是實(shí)現(xiàn)分工與合作治理，而另一部分協(xié)商是在自由裁量權(quán)的基礎(chǔ)上產(chǎn)生的，由于立法尚不能滿(mǎn)足多元利益的需求，其需要行政機(jī)關(guān)在行政過(guò)程中與行政相對(duì)方協(xié)商的基礎(chǔ)上適度地彈性執(zhí)法，這就使得行政機(jī)關(guān)有可能出現(xiàn)極力訴求其自身權(quán)益的情況。并且，在產(chǎn)生行政壓力和社會(huì)壓力的情況下，過(guò)度行使行政自由裁量權(quán)，進(jìn)而使得法律不能得到很好地執(zhí)行，也會(huì)使行政行為偏離法治的軌道。

《國(guó)務(wù)院關(guān)于加強(qiáng)市縣政府依法行政的決定》中要求市縣政府重大行政決策需開(kāi)展聽(tīng)證會(huì)，而在鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級(jí)政府，可稱(chēng)之為“重大”的行政決策少之又少。集體決策意味著民眾的參與，參與的過(guò)程又必然包含雙方的商談與妥協(xié)，但某些基層政府的領(lǐng)導(dǎo)者卻機(jī)械地認(rèn)為協(xié)商僅是政協(xié)的責(zé)任，與鄉(xiāng)政府無(wú)關(guān)。

目前，我國(guó)的政協(xié)機(jī)構(gòu)只設(shè)到縣級(jí)，縣級(jí)以下沒(méi)有政協(xié)機(jī)構(gòu)。這樣一來(lái)，由于缺少第三方搭建協(xié)商平臺(tái)，鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級(jí)政府極少主動(dòng)與民眾協(xié)商。村民自治制度雖已全面推行，但由于強(qiáng)勢(shì)家族和鄉(xiāng)一級(jí)政府的干預(yù)、青壯年大多外出打工等原因，村委會(huì)選舉的民主性受到村民的質(zhì)疑。并且，上級(jí)指示對(duì)村級(jí)領(lǐng)導(dǎo)班子仍然起著決定性的作用，鄉(xiāng)鎮(zhèn)仍然是村級(jí)行政的指導(dǎo)者和領(lǐng)導(dǎo)者。另外，傾向于選擇既不得罪村民也不得罪上級(jí)的地方干部也不乏其人。

上述決策機(jī)制對(duì)公眾意見(jiàn)的采納極其有限，而所做出的決策又直接關(guān)系到民眾的基本利益，這樣的決策產(chǎn)生的治理方式顯然不夠公允和理性。這樣的方式一則暴露了基層政府或?qū)γ癖娎娴年P(guān)注不夠，或急功近利，做表面文章，使決策缺乏可行性和科學(xué)依據(jù)；二則表明部分政府對(duì)于民眾參與公共事務(wù)的管理仍存有戒心，不愿對(duì)公共事務(wù)進(jìn)行重新分工?！?/p>

此外，地方政府目前的行政協(xié)商存在固有的地域局限。行政協(xié)商的效能一般局限在地（市）級(jí)以下的政府轄區(qū)內(nèi)，超過(guò)特定地域范圍，行政協(xié)商尚無(wú)明確的經(jīng)驗(yàn)與探索，也無(wú)相關(guān)的法律規(guī)定。這說(shuō)明，地方政府的行政協(xié)商存在兩個(gè)方面的問(wèn)題:一方面，地方政府的行政協(xié)商只能停留在“熟人社會(huì)”與“半熟人社會(huì)”。在鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）級(jí)等基層政府中，由于社會(huì)活動(dòng)范圍小，社會(huì)結(jié)構(gòu)基本上屬于“熟人社會(huì)”與“半熟人社會(huì)”，干部、民眾、社會(huì)團(tuán)體等社會(huì)主體之間的互動(dòng)也較為頻繁，從而使行政協(xié)商的推進(jìn)成為可能。在“非熟人社會(huì)”，行政協(xié)商難度則大大提升，“復(fù)雜社會(huì)”中的公民甚至無(wú)法進(jìn)行有效的協(xié)商。這個(gè)問(wèn)題在西方協(xié)商民主理論中曾以規(guī)模困境的方式出現(xiàn)，古丁就曾提出，“當(dāng)參與者超出一定的數(shù)量（在20人以下可行），協(xié)商就會(huì)崩潰”。另一方面，行政協(xié)商制度所能處理的事項(xiàng)也存在地域局限與層級(jí)局限。行政協(xié)商的內(nèi)容只能是本級(jí)政府行政機(jī)構(gòu)能力范圍內(nèi)的問(wèn)題，對(duì)于“跨地域”“跨層級(jí)”的復(fù)雜問(wèn)題，行政協(xié)商便難以支撐，而社會(huì)民眾公共服務(wù)訴求往往突破了層級(jí)限制與地域限制，如生態(tài)保護(hù)、公共醫(yī)療、公共衛(wèi)生等涉及基層政府之間的合作或者市（地）級(jí)以上政府的支持。這些議題自然被排除在地方政府的行政協(xié)商范圍之外，無(wú)形中局限了行政協(xié)商制度所能發(fā)揮的效用。^[5]