（一）染色質(zhì)結(jié)構(gòu)對基因表達的調(diào)控作用

真核生物的DNA與組蛋白和一些非組蛋白構(gòu)成染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，染色質(zhì)又分為常染色體和異染色質(zhì)。DNA呈現(xiàn)不同凝聚狀態(tài)的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，表現(xiàn)出不同的基因表達活性狀態(tài)。常染色質(zhì)結(jié)構(gòu)比較松散，DNA局部序列暴露，基因表達處于活性狀態(tài)。異染色質(zhì)結(jié)構(gòu)高度致密，DNA被組蛋白結(jié)合，染色質(zhì)的基因表達活性處于阻遏狀態(tài)。

（二）組蛋白對基因表達的抑制作用

組蛋白與DNA結(jié)合與解離是基因表達調(diào)控的重要機制之一。組蛋白與DNA結(jié)合，可保護DNA免受損傷，維持基因組穩(wěn)定性，抑制基因的表達；去除組蛋白基因轉(zhuǎn)錄活性增高。組蛋白的共價修飾能使組蛋白與DNA雙鏈的親和力改變，染色質(zhì)的局部結(jié)構(gòu)改變。組蛋白的共價修飾包括：乙?；?、甲基化、磷酸化、泛素化等，其中乙?；瘜θ旧|(zhì)結(jié)構(gòu)的影響最大。

組蛋白乙?；怯山M蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶（histone acetyltransferase，HAT）催化的。許多反式作用因子具有HAT活性，如CBP／p300和TAFⅡ250（TAFⅡ的一種）都具有HAT活性。這些因子結(jié)合于轉(zhuǎn)錄起始位點附近，使鄰近核小體的核心組蛋白中氨基末端的絲氨酸和精氨酸殘基乙?；菇M蛋白所帶正電荷減少，與DNA結(jié)合能力降低，使染色質(zhì)去凝集形成松弛的活性狀態(tài)。

催化組蛋白去乙?；氖墙M蛋白去乙?；福╤istone deacetylases，HDAC），該酶可除去鄰近核小體中組蛋白上的乙?；鶊F，使組蛋白所帶的正電荷增高，組蛋白與DNA結(jié)合牢固，穩(wěn)定核小體并抑制轉(zhuǎn)錄。

（三）DNA的甲基化

DNA甲基化是一種復(fù)制后加工反應(yīng)。真核生物DNA的甲基化位點主要是CpG二核苷酸（少數(shù)是CpNpGp三核苷酸序列）中的C，甲基供體是SAM，由甲基化酶催化，C被甲基化成為5-甲基胞嘧啶。CpG序列通常成簇存在，形成CpG島（CpG islamd），通常位于基因的啟動子附近或內(nèi)部，并有可能延伸到基因的第一個外顯子。

在真核生物基因表達調(diào)控中，甲基化起著重要作用。一般認(rèn)為，DNA甲基化與基因的表達呈反比關(guān)系。甲基化程度高，基因表達降低。去甲基化，又可使基因的表達增加。在各種組織都表達的基因，如管家基因的調(diào)控區(qū)多呈低甲基化；在組織中不表達的基因多呈高甲基化。不表達的基因可因激素的變化、致癌物的作用等使基因調(diào)控區(qū)低甲基化而重新開放。

目前認(rèn)為，甲基化影響基因表達的機制有下列幾種：①直接作用：基因的甲基化直接改變了基因的構(gòu)型，影響DNA特異順序與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合，使基因不能轉(zhuǎn)錄；②間接作用：核內(nèi)甲基化CG序列結(jié)合蛋白（methyl CpG-binding protein）與基因5′端調(diào)控序列甲基化位點結(jié)合，致使轉(zhuǎn)錄無法進行；③DNA去甲基化為基因的表達創(chuàng)造了一個良好的染色質(zhì)環(huán)境。因為DNA去甲基化常與DNaseI高敏感區(qū)同時出現(xiàn)，后者為基因活化的標(biāo)志。

（四）基因重排

基因重排（gene rearrangement）是指某些基因片段改變原來存在順序，通過調(diào)整有關(guān)基因片段的銜接順序，再重排成為一個完整的轉(zhuǎn)錄單位。例如，免疫球蛋白基因在B淋巴細胞分化和漿細胞生成過程中的重排。編碼免疫球蛋白分子的許多基因片段進行重排和原始轉(zhuǎn)錄物的拼接加工，奠定了免疫球蛋白分子的多樣性的基礎(chǔ)?；蛑嘏攀荄NA水平調(diào)控的重要方式之一。

（五）基因擴增

細胞在發(fā)育分化或環(huán)境改變時，對某種基因產(chǎn)物的需要量劇增，而單純靠調(diào)節(jié)其表達活性不足以滿足需要，只有增加這種基因的拷貝數(shù)（即基因的擴增或基因放大）來滿足需要，這是調(diào)控基因表達活性的一種有效方式。

需要指出，基因擴增（gene amplification）并不總是一件好事，某些基因的不適當(dāng)擴增可導(dǎo)致機體的病變，已發(fā)現(xiàn)一些癌癥就是某些癌基因（如c-myc）不正常的擴增引起的。