秘書不僅從橫向上可分為不同的類別，而且從縱向上可劃分為不同的層次。系統(tǒng)論認為，一切有機體都是按照嚴格的等級和層次組織起來的，秘書作為一種職業(yè)種類，也不例外。秘書的層次，指兩方面內(nèi)容；一方面，秘書人員所在的機關(guān)、單位，其級別有高有低，可分為中央、省市和基層三個層次（也有人分為中央、省市、縣、基層四個層次），因而相應(yīng)地有三個層次的秘書。若把中央機關(guān)級別較高的秘書視為高級秘書，省市機關(guān)和基層機關(guān)的可視為中級和初級秘書。但須明確，高級、中級、初級之分只是相對的，在中央機關(guān)里也有從事一般事務(wù)工作的初級秘書；相反，基層機關(guān)有的秘書，雖從全國范圍看，算不上高級或中級秘書。但他們的工作對基層領(lǐng)導起舉足輕重的作用，地位相當重要，也可視為小機關(guān)或小單位內(nèi)的高級或中級秘書。另一方面，即使在同一機關(guān)、單位，秘書人員的職位也有高低之分，顯現(xiàn)出不同的層次。以一個省市級政府機關(guān)為例，高級秘書指秘書長、辦公廳（室）主任。他們參政議政，深入到?jīng)Q策全過程，是領(lǐng)導的重要助手，有的人本身就是領(lǐng)導成員。如省、自治區(qū)、直轄市人民政府的秘書長，同時也是省、自治區(qū)、直轄市人民政府的領(lǐng)導成員之一。中級秘書一般指文字秘書。他們負責起草文稿、辦理公文、調(diào)查研究、整理信息等工作，其工作成效，對領(lǐng)導決策起重要作用。初級秘書指從事一般日常工作的秘書，如接待、聯(lián)絡(luò)、會務(wù)、印校、收發(fā)及財務(wù)等。他們與人民群眾的聯(lián)系最密切，其工作態(tài)度和作風，往往影響整個機關(guān)的形象。對秘書層次的劃分，還有其他觀點，如認為“主要應(yīng)以秘書所承擔的工作對領(lǐng)導工作影響的深淺、作用的大小為依據(jù)，并結(jié)合機關(guān)的地位，秘書個人的條件來確定”；“按秘書人員擔任的職務(wù)來劃分，可分為秘書長、辦公廳（室）主任、秘書處長、科長、股長、科員、辦事員等七個層次”。