在實際辦學過程中，盛宣懷的政學辦學方向在公學后期出現(xiàn)了理念與現(xiàn)實的沖突，辦學方向產(chǎn)生突變，重新回歸西藝教育。1902年底，南洋公學發(fā)生“墨水瓶事件”，特班、政治班、中院等學生一度離校，學生總數(shù)有所減少；1903年初，又逢公學供款單位輪船、電報兩局被袁世凱接管，停止向公學供款，致使公學辦學異常緊張。在雙重壓力下，盛宣懷對公學進行重大調(diào)整，改變原先擬開設政治、外交、法律專業(yè)的設想，遵照1902年清廷所頒《欽定京師大學堂章程》設學要旨，將南洋公學辦學宗旨更為“以激發(fā)忠愛，開通智慧，振興實業(yè)為主義”。（注：盛宣懷：《陳明南洋公學士習端正片》（光緒二十九年八月，1903年9月），《愚齋存稿》第9卷，第9頁。）公學后期主要校務主持者、提調(diào)兼代總辦張美翊也說，公學“大要總以保存國粹、講求實業(yè)為宗旨”。（注：張美翊：《呈報公學歷年辦理情形》（光緒三十年十一月二十四日，1905年1月1日），《交通大學校史資料選編》第1卷，第49頁。）因此，將原設政治班，擬設法律、外交科一律停設，僅將籌備中的商務學堂保留下來，作為上院的發(fā)展目標。從此南洋公學辦學方向發(fā)生改變，由政學轉(zhuǎn)向?qū)崒W，由培養(yǎng)政治家改為培養(yǎng)精通商學的實業(yè)人才。

辦學方向的逆轉(zhuǎn)有著多方面的原因。

首先，是盛宣懷對向西方學習法政學的教育目標發(fā)生動搖。在盛宣懷眼里，西方政治、外交、經(jīng)濟、法律等政學，如同機械、礦冶等“藝學”一樣，是具有工具性質(zhì)的有用之學，能給管理效率低下、封閉守舊的封建官僚體系注入生機活力，起到維護現(xiàn)有統(tǒng)治秩序的作用，這是他“中體西用”思想內(nèi)“西用”的擴展，而不是以它們來推動政治體制的根本性變革。他要求學生掌握“西政”，但只是一些政治法律制度的具體條文，對于君主專制思想對立面的西方憲政制度、自由平等思想是深以為戒的，唯恐它們觸動“中體”，對清王朝的統(tǒng)治造成威脅。然而，西方政治、外交、經(jīng)濟、法律制度是以憲政、自由平等為思想基礎的，公學學生在學習外在制度時，潛移默化受到自由平等學說的影響，形成反對專制的思想暗潮，最終導致“墨水瓶事件”發(fā)生，并演變成全國性反壓制的學界風潮，這是盛宣懷始料未及的。事件發(fā)生后，他對西政教育產(chǎn)生了疑慮，在外部環(huán)境壓力下，最終擯棄西政轉(zhuǎn)回西藝教育。他奏告清廷說：“現(xiàn)擬講求商學，屏絕空談，專研實業(yè)，當無流弊?！保ㄗⅲ菏⑿麘眩骸蛾惷髂涎蠊珜W士習端正片》（光緒二十九年八月，1903年9月），《愚齋存稿》第9卷，第10頁。）稍后，又在給管學大臣張百熙的信中，大談講求實業(yè)的好處：“蓋實業(yè)興，必空言自絕，而士氣既靖，民智自開，固相宜而至。”（注：盛宣懷：《致張百熙、榮華卿函》（光緒二十九年八月二十日，1903年10月10日），盛檔：044186。）又說“與諸生言則諄諄勉以科學，不講哲學”，（注：盛宣懷：《致張百熙函》（光緒二十九年，1903），盛檔：044179-2。）希冀以講實學來抵制國內(nèi)日益泛起的民權(quán)意識和平等思想，也借以消除清政府對南洋公學培養(yǎng)人才的疑慮。

其次，是盛宣懷迫于內(nèi)外各種壓力不得已而為之。1903年初，遭逢辦學經(jīng)費危機須縮減辦學規(guī)模，朝野又有不少守舊士紳指責新式學堂在培養(yǎng)反清青年，要求清政府下令停辦新學，一些新式學堂因此被迫停辦。作為學潮的起源地，南洋公學受到外界更大的壓力。為使南洋公學能夠繼續(xù)生存，盛宣懷遂果斷裁撤特班、政治班以及譯書院等附屬機構(gòu)，將原擬另建的商務學堂設為公學上院專科，準備成立南洋高等商務學堂，重新訂立“激發(fā)忠愛，開通智慧，講求實業(yè)”為辦學方針，“專重泰西實業(yè)與留學生”，（注：張美翊：《致盛宣懷函》（光緒三十年十月十九日，1904年11月25日），盛檔：044389。）使公學辦學方向由政學轉(zhuǎn)向藝學。

最后，是盛宣懷對于實業(yè)人才的現(xiàn)實需求。就培養(yǎng)人才的層次來說，盛宣懷所創(chuàng)北洋大學堂、南洋公學旨在培養(yǎng)高級專門人才，北洋偏重礦務、機械、電機等工程技術(shù)人才，南洋主要為法政商務人才，同時各地電報學堂、鐵路學堂等培養(yǎng)中低級技術(shù)人員。如此，盛宣懷所辦所管新式教育能為自身乃至全國提供多方面、多層次的人才。1900年北洋大學堂停辦后，高級工程技術(shù)人才培養(yǎng)無形中斷，而此種人才培養(yǎng)受外界輿論阻力最小，也最為盛宣懷的企業(yè)王國所需要。加之北洋停辦后，常年經(jīng)費已移存南洋公學，由此也促成了盛宣懷將公學調(diào)整為培養(yǎng)高級實業(yè)技術(shù)人才的想法。

當然，決定盛宣懷改變公學辦學方向的根本原因，是他西學觀念的轉(zhuǎn)變，是他與時漸進的西學觀念在教育實踐中伸展、轉(zhuǎn)換的結(jié)果。具體地說，十九世紀七八十年代，盛宣懷對西學的認識局限在軍械、電報、輪船、開礦等軍事技術(shù)層面，甲午戰(zhàn)爭前后，他的西學觀已從器物層面提升到制度層面，直接導致其創(chuàng)辦以政治家為培養(yǎng)目標的南洋公學；1902年“墨水瓶事件”后，盛宣懷“急流勇退”，終止了之前的辦學目標，改辦穩(wěn)妥扎實的高等實業(yè)教育，這是他對西學認識的一次急劇轉(zhuǎn)型與回歸，南洋公學最終轉(zhuǎn)向?qū)崢I(yè)與工程教育，這一逆轉(zhuǎn)也影響了公學之后交通大學的辦學方向與專業(yè)設置。