（一）確立靶標(biāo)

確定治療的疾病目標(biāo)和作用的環(huán)節(jié)和靶標(biāo)，是創(chuàng)制新藥的出發(fā)點(diǎn)，也是以后施行的各種操作的依據(jù)。藥物的靶標(biāo)包括酶、受體、離子通道等。作用于不同的靶標(biāo)的藥物在全部藥物中所占的比重是不同的。以2009年為例，在全世界藥物的銷售總額中，酶抑制藥占32．4%，轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白抑制藥占16．0%，受體激動(dòng)藥占9．1%，受體拮抗藥占10．7%，作用于離子通道的藥物占9．1%等。目前，較為新興的確認(rèn)靶標(biāo)的技術(shù)主要有兩個(gè)：一是利用基因重組技術(shù)建立轉(zhuǎn)基因動(dòng)物模型或進(jìn)行基因敲除以驗(yàn)證與特定代謝途徑相關(guān)或表型的靶標(biāo)。這種技術(shù)的缺陷在于，不能完全消除由敲除所帶來(lái)的其他效應(yīng)（例如因代償機(jī)制的啟動(dòng)而導(dǎo)致的表型的改變等）。二是利用反義寡核苷酸技術(shù)通過(guò)抑制特定的信使RNA對(duì)蛋白質(zhì)的翻譯來(lái)確認(rèn)新的靶標(biāo)。例如嵌入小核核糖核酸（snRNA）控制基因的表達(dá)，對(duì)確證靶標(biāo)有重要作用。

（二）確立模型

靶標(biāo)選定以后，要建立生物學(xué)模型，以篩選和評(píng)價(jià)化合物的活性。通常要制訂出篩選標(biāo)準(zhǔn)，如果化合物符合這些標(biāo)準(zhǔn)，則研究項(xiàng)目繼續(xù)進(jìn)行；若未能滿足標(biāo)準(zhǔn)，則應(yīng)盡早結(jié)束研究。一般試驗(yàn)?zāi)Ｐ蜆?biāo)準(zhǔn)大致上有：化合物體外實(shí)驗(yàn)的活性強(qiáng)度；動(dòng)物模型是否能反映人體相應(yīng)的疾病狀態(tài)；藥物的劑量（濃度）-效應(yīng)關(guān)系，等?？啥恐貜?fù)的體外模型是評(píng)價(jià)化合物活性的前提。近幾年來(lái)，為了規(guī)避藥物開(kāi)發(fā)的后期風(fēng)險(xiǎn)，一般同時(shí)進(jìn)行藥物的藥代動(dòng)力學(xué)模型評(píng)價(jià)（ADME評(píng)價(jià)）、藥物穩(wěn)定性試驗(yàn)等。