教育、科研、推廣是農(nóng)業(yè)科技發(fā)展中各有分工、相對獨立但又緊密聯(lián)系、相互交融的基本組成部分。在計劃經(jīng)濟體制下，參照前蘇聯(lián)模式，我國建立了教育、科研、推廣機構(gòu)三套各自獨立的體系，并通過行政力量連接。但改革以后，隨著市場化水平的提高和體制的轉(zhuǎn)軌，三大體系之間的鴻溝明顯擴大，實際上已經(jīng)很難統(tǒng)一協(xié)調(diào)起來。盡管高等農(nóng)業(yè)教育改革打破了行業(yè)部門辦學(xué)的格局，但脫離產(chǎn)業(yè)部門管轄后，行業(yè)對高等農(nóng)業(yè)教育的支持也明顯減少?？蒲袡C構(gòu)體系條塊分割，農(nóng)業(yè)科研力量分散的問題也十分明顯，很難形成整體力量進行集中攻關(guān)。體系分割，使得科研選題與產(chǎn)業(yè)需求不相適應(yīng)，教育機構(gòu)培養(yǎng)的人才適應(yīng)不了科研和技術(shù)推廣的需要，推廣機構(gòu)難以獲得合格人才和科技成果，三大體系的機構(gòu)能力都得不到應(yīng)有加強?？蒲袡C構(gòu)學(xué)科設(shè)置簡單追求“大而全”，地域特色不明顯，很難開展深入細致的研究。在資源開發(fā)利用、生產(chǎn)資料供應(yīng)、育種、栽培、病蟲害防治、機械設(shè)備、收割、加工等各環(huán)節(jié)也缺乏專業(yè)化分工，各環(huán)節(jié)的科技支撐很不平衡，直接制約了產(chǎn)業(yè)鏈的成長和發(fā)展。

適應(yīng)計劃經(jīng)濟體制安排，我國農(nóng)業(yè)科技機構(gòu)采取了分層設(shè)立的方式。農(nóng)業(yè)科研機構(gòu)分為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、省農(nóng)業(yè)科學(xué)院、地市級農(nóng)科所三個基本層次，科技推廣機構(gòu)設(shè)立中央、省、地市、縣、鄉(xiāng)鎮(zhèn)五個基本層次，教育機構(gòu)設(shè)立國家級、大區(qū)級、省級、地市級四個基本層次。每個層面的機構(gòu)有相應(yīng)層級政府統(tǒng)一管理，統(tǒng)一協(xié)調(diào)。盡管經(jīng)過體制改革以后，這一機構(gòu)設(shè)置方式有了明顯變化，但從實際運行來看，科技教育機構(gòu)仍然具有非常明顯的等級色彩，并隸屬于同級政府。這一機構(gòu)設(shè)置方式固然利于同級政府的管理協(xié)調(diào)，但容易成為行政化機構(gòu)，這不僅與科技教育事業(yè)本身的屬性格格不入，而且不同層級的機構(gòu)縱向難以貫通，較低層級機構(gòu)難以接受較高層級機構(gòu)的輻射，較高層級機構(gòu)在較低層級缺乏依托，處于懸空狀態(tài)。