1976年11月22日，北京大學哲學系通知取中共中央第十六號文件（關于“四人幫”集團罪行材料）給馮友蘭看。12月16日，馮友蘭寫了聽關于“四人幫”問題傳達的心得，說以前總是認為他們，尤其江青是代表毛主席、黨中央的，現(xiàn)在才知道毛主席說過“她不代表我，她只代表她自己”，他們是利用毛主席的威望達到篡黨奪權的目的。^[8]1977年4月12日，馮友蘭出席北京大學黨委統(tǒng)戰(zhàn)部召集的座談會，談感想。會上有人問馮友蘭寫武則天詩時的思想狀況，是否真的不知道江青有野心。馮友蘭回答確實不知。5月19日，北京大學哲學系通知馮友蘭到中國哲學史教研室檢查，“說清楚”與“四人幫”的關系。20日，許抗生通知馮友蘭，“說清楚”會改期，“又說馮友蘭原來《詠史》中有“高祖呂后繼秦功”，后來覺得呂后不值得寫，刪去，寫作中有此過程可以理解。

《歷史研究》1977年第2期發(fā)表北京大學哲學系中國哲學史組寫的《歷史唯心主義的標本——評〈儒法斗爭史〉概況》，不指名地提到馮友蘭：“他們運用一個高級顧問過去炮制的‘抽象繼承法’經過精心‘抽象’，于是歸納出所謂‘守舊與革新’、‘愛國與賣國’、‘統(tǒng)一與分裂’，這樣三條始終貫穿‘儒法斗爭’的標志。”^[9]陳石之的《評“四人幫”發(fā)言人梁效》刊登于《歷史研究》第4期，批判馮友蘭準備當“四人幫”新朝的“開國元勛”；^[10]同期雜志還登有王永江、陳啟偉的《評梁效某顧問》，批判馮友蘭：“從蔣介石王朝到‘四人幫’橫行之時，這位顧問都是助紂為虐，用筆殺人的?！?sup>[11]9月2日，《人民日報》介紹《歷史研究》的《評梁效某顧問》的文章。10月，北京大學哲學系中國哲學史教研室貼出大字報《梁效顧問馮友蘭的問題必須查清》，稱馮友蘭為“反動文人”、為梁效及江青出謀劃策，寫詩歌頌武則天，為江青上臺造輿論，上“勸進表”等。1978年1月31日，袁淑娟的《斥風流理論家》發(fā)表于《工人日報》，文章批及馮友蘭。1978年王永江、陳啟偉在《哲學研究》第3期發(fā)表《再評梁效某顧問》，說“四人幫”“是跟在一位腦后拖著長辮的資產階級教授屁股后面跑”，“只是將顧問多年來為地主資產階級妄圖復辟而鼓吹的反革命‘理論’付諸實踐，變成篡黨奪權的反革命行動而已”。7月20日，馮友蘭在哲學系全體教師會上“說清楚與四人幫的關系”。8月上旬，北京大學哲學系召開會議，“背對背”批判馮友蘭。9月16日，馮友蘭與馮鐘璞、馮鐘越、蔡仲德等家人討論《歷史研究》的兩篇文章，一致認為，馮友蘭參加批林批孔是響應毛澤東的號召，改造自己；“四人幫”是中共內部問題，打著紅旗反紅旗，黨外人士怎能知道？應追究紅旗怎么落到“四人幫”手中，不應歸罪黨外老知識分子。兩篇文章缺乏公正，用筆殺人。

1977年7月，北京大學哲學系停發(fā)為馮友蘭抄稿人的工資，后又照過去規(guī)定重發(fā)。馮友蘭與家人商量，暫不領取，等待當局對自己作出結論。1978年2月24日，全國政協(xié)五屆一次會議召開，馮友蘭被取消政協(xié)委員資格。馮友蘭在《自序》中說：“經過‘四人幫’這一段折騰，我從解放以來所得到的政治待遇都取消了，我又回到了解放初那個時期的情況。這也可以說是‘赤條條來去無牽掛’吧?？墒怯植蝗?，還有一件大事牽掛著我，那就是祖國的舊邦新命的命運，中華民族的命運?！?sup>[12]1978年11月8日，楊利川給馮友蘭帶來《梁效罪證材料》，有三條是關于馮友蘭的：江青贈送的書、與江青在防震棚的合影、《詠史》詩中關于武則天的詩句。1979年2月9日，北京大學哲學系中國哲學史教研室主任張岱年、教研室秘書兼黨支部副書記許抗生、支委兼工會組長魏常海找馮友蘭談話，要馮友蘭再寫一份檢查，在群眾中說清楚，事情即可了結，以后仍可出書、見外賓。11日，馮友蘭寫完與“四人幫”關系的檢查。馮友蘭的家人馮鐘璞、蔡仲德夫婦要求有關部門澄清《歷史研究》、《哲學研究》中大批判文章對馮友蘭的誣陷，馮友蘭主張先作檢查，以后有機會再澄清。蔡仲德到張岱年家請張岱年看馮友蘭的檢查，其間張岱年說，胡耀邦曾經問“馮友蘭為什么還不能出來？”但此事未正式傳達。2月12日，馮鐘璞在人民出版社長篇小說座談會上遇見周揚。周揚問及馮友蘭近況，說：“在那種復雜情況下，他怎么弄得清？”2月27日下午，馮友蘭在北京大學哲學系“說清楚”。中國哲學史教研室全體人員、其他教研室10人左右參加。馮友蘭檢查說，1973年謝靜宜代表江青來看望，并要求寫信表示感謝，自己認為江青是代表毛主席來落實知識分子政策的，寫信所感謝的也是毛主席、黨中央。關于《詠史》二十五首中歌頌武則天事，自己覺得過去幾十年自己都是尊儒，現(xiàn)在應該“把顛倒的歷史再顛倒過來，歌頌法家，表揚歷史上的前進革新人物。從反儒這一觀點上看，武則天做皇帝和儒家的每一條都是相違反的，所以要突出這一點”。原來寫的是呂后，因為呂后的反儒意義不突出，后來又改為武則天。自己并不知道江青有野心，也不知她要借武則天為自己造輿論，也沒有想到影射。江青在地震期間來看望，自己認為她是代表毛主席來的，和江青的照片并不是自己的紀念照，而是新聞攝影記者照的。在批林批孔運動中，自己“主觀上確實是要改造自己，清算過去的尊孔思想”。馮友蘭又說，“認為有了一些改造，實際上并沒有改造好。……在階級斗爭復雜形勢下，遇著打著紅旗反紅旗的情況，就分不清楚紅旗和反紅旗”；《詠史》二十五首中有些結論并不是自己研究的結果，而是按照“四人幫”定下的調子寫的?！斑@是一個搞學術的人的大忌。作為一個學術工作者，本應該堅持真理，以實事求是的精神，根據(jù)他從研究工作中得來的結果提出自己的看法，以供眾論紛紜中各方面的參考。如果不能這樣，國家人民又何必需要這種工作者？我得了這一次的教訓，要永遠引以為戒。”與會者對檢查沒有提出意見，4點左右許抗生送馮友蘭回家。

1979年3月18日，張岱年到馮友蘭處，代表《中國哲學》編輯部約馮友蘭寫回憶錄，說明只要事實，不要批判。1979年4月10日，馮友蘭被北京大學聘為學術委員會委員。這可以視為有關單位認為馮友蘭與“四人幫”的問題已經結清，馮友蘭可以復出。1979年10月10日至15日，山西省社會科學院、北京大學哲學系、中國人民大學哲學系、中國社會科學院哲學研究所聯(lián)合在太原召開“中國哲學史討論會”。馮友蘭出席了這次會議，并發(fā)言。這是粉碎“四人幫”后馮友蘭第一次公開露面。1979年10月17日，中國哲學史學會成立，學會第一屆理事會聘請馮友蘭為該會顧問及該會會刊《中國哲學史研究》季刊顧問。1979年馮友蘭的文章《論管仲》刊登于山東人民出版社出版的《哲學研究》叢刊《中國哲學史論文集》第一集。這是馮友蘭在“文革”結束后首次正式發(fā)表文章。

1981年10月15日，中國哲學史學會、浙江省社會科學院聯(lián)合舉辦全國宋明理學研討會。馮友蘭出席會議并提交論文《略論道學的特點、名稱及性質》。20日，馮友蘭作《中國哲學史學會杭州會議贈賀自昭》，序云：“1981年10月，中國哲學史學會在杭州開會，討論宋明理學。在提出的論文中，一篇為《評賀麟先生新心學》，一篇為《評馮友蘭先生新理學》。這兩篇論文，并非來自同一單位，亦非來自同一地區(qū)，可知并非有意安排。”詩云：“心性兩宗舊糾紛，憑我與君各傳薪。相逢今日非年少，共讀會場兩異文?！?982年7月8日，馮友蘭在夏威夷大學哲學系出席由狄百瑞主持的“中國哲學的前途與研究方法”討論會。11日，馮友蘭作《朱熹會議志感》：“白鹿薪傳一代宗，流行直到海之東。何其千載檀山月，也照匡廬洞里風?！?4日，余英時作《敬和芝生先生朱熹會議志感》：“白鹿青田各有宗，千年道脈遍西東。鵝湖十日參同異，變盡猖狂一時風?！?2日，《中國時報》記者翟志成來訪馮友蘭，問如何看待張載的“為天地立心、為生民立命、為往圣繼絕學，為萬世開太平”，又問，如受阻該如何？馮友蘭回答，張載所言為知識分子之理想，受阻亦應堅持。1982年9月10日下午4點半，哥倫比亞大學校長索爾云（MichaelI.Sovern）在該大學紀念館圓形大廳舉行儀式，授予馮友蘭名譽文學博士學位。馮友蘭接受學位并致答謝辭，說明了自己過去在學術界中所有活動及其意義以及將來的希望。答辭云：

我生活在不同的文化矛盾沖突的時代。我所要回答的問題是如何理解這種矛盾沖突的性質；如何適當?shù)靥幚磉@種沖突，解決這種矛盾；又如何在在這種矛盾沖突中使自己與之能適應。^[13]

馮友蘭指出，自己對中西文化的認識有三個階段：開始用地理區(qū)域來解釋文化差別；第二階段用時代來解釋，認為中外文化的差別是古代、近代的差別；第三階段是用社會類型來解釋，認為文化的差別就是社會類型的差別。前兩種解釋不能指出解決的道路，而后一種解釋正好指出了道路，即產業(yè)革命。中國革命勝利了。人們深信，這場革命把中國從半封建半殖民地的地位拯救了出來，使中國重新獲得獨立和自由?！叭藗兿嘈篷R克思主義是真理。”作為建設新中國的一部分，自己的努力是修訂《中國哲學史》。30年過去了，還沒有出版定本，那是因為對于傳統(tǒng)精神遺產的繼承問題沒有解決?！艾F(xiàn)在應當包括過去的一切精華。這是解決不同的文化矛盾沖突的自然方式。這種解決應當是黑格爾稱之為‘奧伏赫變’的過程。這的確是一種很復雜的過程，是與簡單化針鋒相對的。這就是我現(xiàn)在理解的歷史發(fā)展的意義。本著這種理解，再來修訂我的著作《中國哲學史》我就不再躊躇搖擺了。”^[14]馮友蘭接著指出：

通觀中國歷史，每當國家完成統(tǒng)一，建立了強大的中央政府，各族人民和睦相處的時候，隨后就會出現(xiàn)一個新的包括自然、社會、個人生活各方面的廣泛哲學體系，作為社會結構的理論基礎和時代精神的內容，也是國家統(tǒng)一在人的思想中的反映。儒家、新儒家都是這樣的哲學體系。中國今天也需要一個包括新文明各個方面廣泛哲學體系，作為國家的指針?？偟恼f來，我們已經有了馬克思主義和毛澤東思想?！瓰楝F(xiàn)代中國服務的包括各個方面的廣泛哲學體系，會需要中國古典哲學作為它的來源之一嗎？我看，它會需要的。我們應當為這個廣泛的哲學體系準備材料，鋪設道路。我的意思決不是從古典哲學家著作中尋章摘句，編成原始資料匯編。一個哲學體系不是一個拼湊的東西。……在目前的情況下，我感到，我的《中國哲學史新編》有一項新的任務，它應當不僅是過去的歷史的敘述，而且是未來的哲學的營養(yǎng)。這個新的廣泛的哲學體系出現(xiàn)了，不同的文化在中國的矛盾沖突也就解決了。……

我經常想起儒家《詩經》中的兩句話，“周雖舊邦，其命維新”。就現(xiàn)在來說，我的努力就是保持舊邦的統(tǒng)一性和個性，而又同時促進實現(xiàn)新命。^[15]

馮友蘭在后來的回憶中說：

我于1946年至1947年曾經去美國一次，在各地方講中國哲學史。這次再去美國，覺得心情跟上次完全不同。原來西方的漢學家們，把中國文化當作一種死的東西來研究，把中國文化當作博物館中陳列的樣品。我那時在西方講中國哲學史，像是在博物院中作講解員。講來講去覺得自己也成了博物院中的陳列品了，覺得有自卑感，心里很不舒服。這次我到美國，雖然講的也是中國的東西，但是心情完全不同了，自卑感變成了自豪感，不舒服變成了舒服。中華民族的古老文化雖然已經過去了，但它也是中國新文化的一個來源，它不僅是過去的終點，也是將來的起點。將來中國的現(xiàn)代化成功，它將成為世界上最古、又是最新的國家。這就堅強了我的“舊邦新命”的信心，新舊接合，舊的就有了生命力，就不是博物館中的陳列的樣品了；新的也就具有中國的民族的特色。新舊相續(xù)，使古老的中華民族文化放出新的光彩?，F(xiàn)在我更覺得這個展望并不是一種空想、幻想，而是一定要實現(xiàn)、而且一定能實現(xiàn)的。

在振興中華的偉大事業(yè)中，每一個中華民族的成員，都應該盡其力所能及做一點事。我所能做的事，就是把中國古典哲學中的有永久價值的東西，闡發(fā)出來，以作為中國哲學發(fā)展的養(yǎng)料，看它是否可以作為中國哲學發(fā)展的一個來源。我認為中國古典哲學中有些部分，對于人類精神境界的提高。對于人生中的普遍問題的解決，是有所貢獻的。這就是永久的價值。像這一類的闡述，我將在我的《中國哲學史新編》中陸續(xù)提出來。^[16]

12日，《人民日報》報道馮友蘭在美國獲得名譽文學博士學位。1983年6月3日，全國政協(xié)六屆一次會議開幕。馮友蘭被選為主席團成員，17日，馮友蘭當選為全國政協(xié)常務委員。