基于生態(tài)系統管理的含義，海洋生態(tài)系統管理應是建立在現有的海洋生態(tài)系統及其海洋學知識基礎上，對人類海洋活動的全面綜合的管理。其目的是為了確定影響海洋生態(tài)系統健康的關鍵因素并對其采取行動，從而實現海洋生態(tài)系統產品和服務的可持續(xù)利用，以及維持海洋生態(tài)系統的完整性。

海洋生態(tài)系統管理是海洋自然資源管理中一種新的綜合途徑。其目的是維持海洋自然資源與社會經濟系統之間的平衡，確保海洋生態(tài)服務和生物資源不會因為人類活動而不可逆轉地逐漸被消耗，從而實現海洋生態(tài)系統所在區(qū)域的長期可持續(xù)性。海洋生態(tài)系統管理的核心內涵是以一種社會、經濟、環(huán)境價值平衡的方式來管理海洋自然資源，包括生態(tài)學的相互關系、復雜的社會經濟和政策結構、價值方面的知識。其本質是保持系統的健康和恢復力，使系統既能夠調節(jié)短期的壓力，也能夠適應長期的變化。海洋生態(tài)系統管理的對象是一個彈性空間單元。根據管理目標、擾動類型或者系統內的限制性資源不同，生態(tài)系統管理單元可以在不同尺度上確定。

基于生態(tài)系統的管理方法不同于現有的管理方法?，F有的方法通常集中在單一物種、單一方面、單項活動或關注點上；而基于生態(tài)系統的管理方法考慮不同方面的累積效應，特別是強調對生態(tài)系統結構、功能和主要生態(tài)過程的保護，關注特定的生態(tài)系統及對其產生影響的各種活動?；谏鷳B(tài)系統的管理方法是一種基于科學的方法，關注生活在特定區(qū)域的所有生物之間以及與其所生存的物理環(huán)境之間的相互作用，并承諾理解生態(tài)系統過程以及生態(tài)系統如何對環(huán)境擾動做出反應。在管理過程中，要明確考慮系統內的相互聯系，認識到很多目標物種或關鍵物種及其他非目標物種之間的交互作用，充分了解系統間的各種聯系，并綜合考慮生態(tài)、社會、經濟和制度因素，明確其相互依賴性，并將生態(tài)、社會和經濟目標結合起來，將人類視為生態(tài)系統的一個主要組成部分來進行管理，該方法關注生態(tài)完整性與人類生態(tài)耦合系統的可持續(xù)性。所以，海洋生態(tài)系統管理的方法就是將人類社會和經濟的需要納入海洋生態(tài)系統中，協調生態(tài)、社會和經濟目標，將人類的活動和自然的保護綜合起來，維持生態(tài)系統健康的結構和功能，在此基礎上使社會和經濟目標得以持續(xù)，既實現海洋生態(tài)系統的持續(xù)發(fā)展，又實現經濟和社會的持續(xù)發(fā)展。從這個意義上說，海洋生態(tài)系統管理的對象包括人類社會和經濟以及海洋緊密聯系的三個組成部分，也是人類社會—經濟—海洋復合生態(tài)系統。

基于以上認識，海洋生態(tài)系統管理的方法應包括以下幾個步驟：① 調查確定系統的主要問題；② 引導公眾的參與；③ 確認系統管理的目標和對象；④ 進行政策、法律和經濟分析；⑤ 確定生態(tài)系統管理邊界，尤其是確定等級系統結構，以核心層次為主，適當考慮相鄰層次內容；⑥ 制訂管理計劃；⑦ 組織實施和調控；⑧ 及時反饋、評價管理方案；⑨ 制定矯正方案缺陷的措施，加強適應性管理，促進目標實現。