至今，國內(nèi)外尚沒有出臺統(tǒng)一的生態(tài)恢復(fù)程序。在實踐中，針對不同的恢復(fù)類型，所遵循的恢復(fù)程序不同；對于同一恢復(fù)類型，不同學(xué)者所實施的程序也不同。

章家恩等（1999）提出退化生態(tài)系統(tǒng)的恢復(fù)一般分為以下幾個步驟：①明確被恢復(fù)的對象，確定系統(tǒng)邊界；②退化生態(tài)系統(tǒng)的診斷分析，包括生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)與能量流動及轉(zhuǎn)化分析、退化主導(dǎo)因子、退化過程、退化類型、退化階段與強度的診斷與辨識；③生態(tài)退化的綜合評判、確定恢復(fù)目標(biāo)；④ 退化生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)的自然—經(jīng)濟—社會—技術(shù)可行性分估；⑤ 恢復(fù)的生態(tài)規(guī)劃與風(fēng)險評估，建立優(yōu)化模型，提出對策與具體的實施方案；⑥ 進行實地恢復(fù)的優(yōu)化模型試驗與模型研究，通過長期定位觀測試驗，獲取在理論和實踐中具有可操作性的恢復(fù)模式；⑦ 對一些成功的恢復(fù)模式進行示范與推廣，同時要加強后續(xù)的動態(tài)監(jiān)測與評估。

毋瑾超等（2013）提出的海島生態(tài)恢復(fù)工作技術(shù)路線如圖9-1。他們將工作流程分為六個階段，分別為資料收集階段、外業(yè)調(diào)查階段、方案編制階段、組織實施階段、項目驗收階段、評估及維護階段。

圖9-1　海島整治恢復(fù)總體流程（引自毋瑾超等，2013）

對海島等對象的恢復(fù)流程，必須將工程系統(tǒng)與生態(tài)系統(tǒng)二者結(jié)合，既要考慮傳統(tǒng)的工程作業(yè)流程，又要同時滿足生物棲息環(huán)境的需要。為此，有學(xué)者提出了生態(tài)工程操作流程（圖9-2）。

結(jié)合技術(shù)程序與管理程序，在我國海洋生態(tài)恢復(fù)程序大致可分為四個階段，即立項（準備）、計劃（編制實施方案）、實施（方案的實施）和成效評估（成果總結(jié)評估和后續(xù)工作）。

圖9-2　生態(tài)工程操作流程（引自郭一羽，2006）