一個(gè)理想的探針標(biāo)記物應(yīng)具備高靈敏度、標(biāo)記方法簡(jiǎn)單、標(biāo)記不影響標(biāo)記物原有活性、標(biāo)記不影響堿基配對(duì)特異性；標(biāo)記物檢測(cè)方法簡(jiǎn)便、快速、準(zhǔn)確、無(wú)害；標(biāo)記探針具有較高穩(wěn)定性，可保存一定時(shí)間，以便使用。探針的常用標(biāo)記物可分為放射性核素和非放射性標(biāo)記物兩大類。

放射性核素標(biāo)記探針應(yīng)用較早，其原理是在雜交后以感光乳膠涂片，曝光一定時(shí)間后經(jīng)顯影以顯示靶核酸的存在。常用的放射性核素標(biāo)記物包括3　H、35S、32P、14　C、125I等。放射性核素標(biāo)記探針的特點(diǎn)是靈敏度高，檢測(cè)特異性好，但曝光時(shí)間要求較長(zhǎng)，且有半衰期限制及放射性污染的危險(xiǎn)性，對(duì)實(shí)驗(yàn)室的要求較高，一般不適用于普通實(shí)驗(yàn)室和日常檢驗(yàn)工作。由于放射性核素標(biāo)記探針使用過(guò)程中存在著上述諸多缺點(diǎn)，多年來(lái)學(xué)者們一直致力于尋找安全可靠、靈敏度高的標(biāo)記物以替代放射性核素并取得了很大的進(jìn)展。目前在原位雜交技術(shù)中，非放射性標(biāo)記物的應(yīng)用越來(lái)越多。常見(jiàn)的有熒光素、生物素和地高辛等，盡管其靈敏度和特異性不如放射性核素，但因其具有細(xì)胞定位較好、性能穩(wěn)定、操作簡(jiǎn)便、成本低和耗時(shí)短、對(duì)實(shí)驗(yàn)室也無(wú)特殊要求等長(zhǎng)處，其很快被廣泛應(yīng)用于探針的標(biāo)記。常用的非放射性標(biāo)記物主要有以下三種。

1．熒光素　如FITC、羅丹明等，標(biāo)記探針可用直接法進(jìn)行原位雜交，如熒光原位雜交（FISH）。該標(biāo)記物特點(diǎn)為：操作需時(shí)短、方法簡(jiǎn)便、干擾因素少，多用于新鮮或冷凍組織、細(xì)胞和染色體的原位雜交檢測(cè)。缺點(diǎn)是：該標(biāo)記探針敏感性較低；無(wú)論是自己用熒光素標(biāo)記探針或直接購(gòu)買成品熒光素標(biāo)記探針，探針成本均較高；雜交結(jié)果必須及時(shí)觀察、照相或計(jì)算機(jī)采集圖像，對(duì)相關(guān)設(shè)備條件的要求也高。由于FITC是半抗原，也可連接酶標(biāo)的抗FITC抗體，經(jīng)酶－底物作用，在光學(xué)顯微鏡下觀察結(jié)果。

2．生物素　應(yīng)用較早，標(biāo)記方法簡(jiǎn)單，有現(xiàn)成的藥盒供應(yīng)，雜交后可用酶標(biāo)的抗生物素抗體或卵白素－生物素－酶來(lái)顯示靶核酸。生物素作為探針標(biāo)記物所遇到的最大問(wèn)題是在人類的某些組織中存在內(nèi)源性生物素，尤其是肝組織，其次是腎組織，在這些組織中使用生物素標(biāo)記探針，會(huì)產(chǎn)生較強(qiáng)的背景著色，影響雜交信號(hào)的觀察，因此一般不主張使用，這在很大程度上限制了生物素的應(yīng)用。

3．地高辛　靈敏度和放射性核素標(biāo)記的探針相仿，雜交后的切片背景好，細(xì)胞定位準(zhǔn)確，而且在人類和多種動(dòng)物的組織中不存在類似的物質(zhì)，可以說(shuō)是當(dāng)前最佳的非放射性探針標(biāo)記物。由于它也是半抗原，故與FITC標(biāo)記探針的使用相似，可連接酶標(biāo)的抗地高辛抗體，經(jīng)酶－底物作用，在光學(xué)顯微鏡下觀察結(jié)果。