主要通過(guò)病理切片來(lái)診斷。現(xiàn)在可利用免疫組化和原位分子雜交組化技術(shù)來(lái)完成。免疫組化和原位分子雜交組化技術(shù)是近年發(fā)展起來(lái)的一門(mén)新興邊緣學(xué)科，它將免疫學(xué)技術(shù)、分子生物學(xué)技術(shù)與組織病理學(xué)制片方法巧妙結(jié)合在一起，在組織細(xì)胞原位顯示某些化學(xué)成分和特定基因片段。在常規(guī)標(biāo)本中有5%～15%疑難病例需采用免疫組化進(jìn)行鑒別診斷和預(yù)后分析，可彌補(bǔ)血清學(xué)檢測(cè)的不足。

免疫組化技術(shù)是20世紀(jì)70年代初Sterb Berger在酶標(biāo)法的基礎(chǔ)上發(fā)明的，90年代初在我國(guó)逐漸開(kāi)始應(yīng)用于疑難病例的診斷和鑒別診斷。隨著新技術(shù)的不斷發(fā)展，單克隆抗體種類(lèi)已發(fā)展到數(shù)百種，我國(guó)在臨床病理診斷上可用單抗有293種。由于抗體較昂貴，所以各醫(yī)院根據(jù)活檢量和病種不同選擇不同的抗體。一般情況下，國(guó)外醫(yī)院病理科有200種左右的常用單抗，國(guó)內(nèi)大醫(yī)院病理科有120余種，這些抗體對(duì)大部分疑難病例的診斷起到重要的輔助作用，對(duì)病人的預(yù)后及指導(dǎo)治療具有重要的意義。目前常用的單抗可分為4大類(lèi)：①用于上皮性標(biāo)志物的單抗：如CK high（AE3），CK low，CK-pan，CK19，CK7，CK20，EMA，CEA，CA15-3，SCLC，E-Caldeherin，CA125，Tg（甲狀球蛋白），TTF-1，AFP。這些檢測(cè)陽(yáng)性，表明腫瘤組織起源于上皮組織，如果是惡性腫瘤，就是癌；②用于間葉組織標(biāo)志物的單抗：如SMA，Desmin，Vimentin，Lysozyme，AACT，CD68，MyoD1，CD117。這些檢測(cè)陽(yáng)性，表明腫瘤組織起源于間葉組織，如果是惡性腫瘤，就是肉瘤；③神經(jīng)及神經(jīng)內(nèi)分泌標(biāo)志物的單抗：如CgA，Synaptophysin，NSE，S-100，NF（神經(jīng)纖維絲蛋白），GFAP，CD99，CD56；④用于淋巴組織標(biāo)志物的單抗：T cell標(biāo)志物如CD3，CD45RO，CD43，CD5，CD8，CD4，ALK，GranmB，CD56。B cell標(biāo)志物如CD20，CD79a，CD23，CD10，Kappa，Lambda，CD21，CD38，CyclinD1，Bcl-2；⑤其他：如LCA，CD15，CD30，MPO，CD34，TdT，這些單抗用于淋巴瘤的33個(gè)亞型的診斷和鑒別診斷。

Porter D利用mRNA原位雜交檢測(cè)細(xì)胞水平基因表達(dá)，在組織芯片上，免疫組織化學(xué)檢測(cè)乳腺導(dǎo)管原位癌和浸潤(rùn)癌病理學(xué)特征，具有重大的臨床意義。

圖像分析技術(shù)可以定量測(cè)定組織切片上腫瘤細(xì)胞DNA含量和形態(tài)學(xué)分析，對(duì)判斷腫瘤惡性度及預(yù)后具有重要臨床價(jià)值。