ALL細(xì)胞遺傳學(xué)改變有預(yù)后意義。B－ALL預(yù)后較好的有超二倍體（51～65個(gè)）和t（12；21）（p13；q22）；預(yù)后不良有亞二倍體、t（9；22）（q34；q11．2）、t（4；11）（q21；q23）、t（1；19）（q23；p13．3）等；預(yù)后居中的有6q－、9p－、12p－、超二倍體（＜51個(gè)）、近三倍體、近四倍體。兒童ALL，3%～5%成人ALL20%～40%有Ph染色體，BCR－ABL融合。兒童Ph＋ALL多編碼P190蛋白，成人Ph＋ALL約50%編碼與CML一樣的P210蛋白，其余編碼P190蛋白。前體B－ALL在分化早期可有t（4；11）（q21；q23）形成4號染色體上AF4與11號染色體上MLL基因融合成AF4－MLL。兒童B－ALL表達(dá)胞質(zhì)IgM者25%有t（1；19）（q23；p13．3）為1號染色體上PBX基因與19號染色體上E2A融合成PBX－E2A。有的染色體異常與細(xì)胞免疫表型相關(guān)，如MLL重排者，表型特點(diǎn)為CD10－、CD24－、CD15＋；t（1；19）常CD10＋、CD34－、CD20－、胞質(zhì)IgM＋。而有t（12；21）者CD10和HLA－DR強(qiáng)表達(dá)而CD9和CD20陰性。

約1／3的T－ALL涉及14q11．2上TCRαδ．7q35上TCRβ和7p14－15上TCRγ的重排，其配對基因有8q24．1上的MYC、1p32上的TAL1、11p15上的RBTN1．11p13上的RBTN2、10q24上的HOX11和1p34．3－35上的LCK。30%T－ALL可有抑癌基因CDKN2A（周期素依賴性激酶CDK4抑制素）。