洪湖的管理體制歷史上多次變更，1958年，荊州行署批準(zhǔn)成立洪湖水產(chǎn)管理處，對洪湖及沿湖漁民實行統(tǒng)一管理;1960年，改為洪湖公社由洪湖縣領(lǐng)導(dǎo);1963年，恢復(fù)洪湖水產(chǎn)管理處，下設(shè)3個湖管站，但行政上不再管理漁民;1980年，省政府批準(zhǔn)成立荊州地區(qū)洪湖漁業(yè)管理局，從業(yè)務(wù)上對兩縣市湖管站進行指導(dǎo);1996年，洪湖漁業(yè)管理局對兩縣市湖管站實行人、財、物一條邊管理。

2004年11月29日，湖北省委、省政府在洪湖召開洪湖生態(tài)建設(shè)現(xiàn)場會。時任中央政治局委員，湖北省委書記俞正聲、省長羅清泉、省委副書記鄧道坤、省政協(xié)副主席蔡述明以及省直24個廳局的領(lǐng)導(dǎo)蒞臨會議。會議決定對洪湖進行搶救性保護，提出了“統(tǒng)籌兼顧、突出保護，統(tǒng)一規(guī)劃、綜合治理，重在還湖、妥善拆圍，屬地管理、部門支持，落實責(zé)任、加強監(jiān)管”的原則，擬定了11項具體工作任務(wù)。2005年1月7日，省委辦公廳、省政府辦公廳印發(fā)《省委、省政府關(guān)于加強洪湖生態(tài)建設(shè)現(xiàn)場辦公會議紀(jì)要》的通知(鄂辦文[2005]1號)。

2005年4月，省編委批準(zhǔn)成立荊州市洪湖濕地自然保護區(qū)管理局，全面負責(zé)洪湖濕地的生態(tài)保護與科學(xué)利用工作，承擔(dān)管理范圍內(nèi)的濕地保護、漁業(yè)開發(fā)、旅游航運等方面管理職能。管理局行政上隸屬荊州市政府領(lǐng)導(dǎo)，業(yè)務(wù)上接受省林業(yè)局和省水產(chǎn)主管部門指導(dǎo)，同時撤銷荊州市洪湖漁業(yè)管理局和洪湖市、監(jiān)利縣洪湖濕地自然保護區(qū)管理局。同意荊州市增加1名副市長領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)具體負責(zé)濕地自然保護區(qū)的工作。2005年7月1日，荊州市人民政府辦公室出臺《洪湖濕地自然保護區(qū)圍網(wǎng)拆除實施方案》，要求將洪湖2.10×104hm2圍網(wǎng)分年度全部拆除。

2006年11月17日，省人民政府下發(fā)《關(guān)于荊州市洪湖濕地自然保護區(qū)管理局開展相對集中行政處罰權(quán)工作的批復(fù)》(鄂政函[2006]186號)，同意市洪湖濕地局具體行使?jié)竦乇Ｗo，野生動植物保護，漁政、船檢港監(jiān)管理，旅游管理和航運管理等方面法律、法規(guī)、規(guī)章規(guī)定的行政處罰權(quán)。2006年12月6日，荊州市人民政府辦公室出臺《洪湖濕地保護區(qū)拆圍漁民安置方案》，對安置對象、安置方式和安置步驟進行了嚴(yán)格規(guī)定，為實施洪湖搶救性保護奠定了基礎(chǔ)。2008年，洪湖拆除全部2.51×104hm2圍網(wǎng)，洪湖被世界濕地公約局列入《國際重要濕地名錄》。