這個時期不僅建立了中世紀大學，還有兩個修道院社團——1209年的圣方濟會和1215年的多米尼加修會，并且都對科學的進步產(chǎn)生了各自的影響。起初，這些事件僅僅具有宗教意義。圣弗朗西斯是阿西西一個富裕商人的兒子，后來經(jīng)歷了突然的轉(zhuǎn)變，拋棄了從前的歡愉、無拘束和狂野的生活，將自己投入苦行信仰，并為懺悔而祈禱。他的行為充滿熱情，我們讀到，他在路上跳下馬來，親吻遇到的麻風病人，并將福音的快樂訊息祈禱給鳥和魚。他建立了一個天主教修會，其成員最初追隨他的行為，用簡單的語言對簡單的人祈禱。但他們很快發(fā)現(xiàn)整個地區(qū)充滿了異端言說，于是開始將精力用來獲得知識，以便可以駁斥這些異論。

多米尼加修會的情況與此不同，他們的建立者圣道明（1170—1221）是一位專業(yè)的神學家，在建立該修會時已經(jīng)達到了總教堂地位。他個人生活嚴格樸素，卻極具熱情地根除任何一種異端邪說，尤其是亞爾比派，他們認為時間有兩個神，一個善一個惡，分別是耶穌和撒旦之父。在親自與此異端邪說進行布道斗爭20年后，他建立了自己的布道修士會，過著極為清貧和禁欲的生活，希望將他們認為的真實學說傳遍世界。他們也發(fā)現(xiàn)，實現(xiàn)使命需要大量的知識，他們做出了特殊的努力在大學中站穩(wěn)腳跟，并獲得其中大部分的主席級席位。他們對于正統(tǒng)教的與眾不同的狂熱導致了法西斯主義和不寬容，并在宗教法庭上得到了體現(xiàn)：其主審官在大多數(shù)國家中都是都多米尼加修會會員。

上述兩個修會的會員構(gòu)成了未來兩個世紀中科學家和教師的很大一部分，科學家主要來自圣方濟會，而多米尼加修會則產(chǎn)生了思想史上的很多重要人物。

圣托馬斯·阿奎那　關于后者，最重要的是圣托馬斯·阿奎那，中世紀神學家中最偉大者。在他的《反異教大全》（1259—1264）中，他討論說，知識可以通過兩個不同的渠道獲得，即信仰和自然推理。信仰來自于圣經(jīng)的知識，自然推理來自推理過程所揭示和傳達的感官資料，其中柏拉圖和亞里士多德樹立了最高榜樣。由于兩類知識都來自于上帝，不可能自相矛盾，因而必然互相吻合。所以柏拉圖和亞里士多德的著作一定與基督教的教法吻合，在他的《神學大全》中，托馬斯認為他已經(jīng)確立了這就是事實，在此基礎上，他建立了現(xiàn)在稱為經(jīng)院主義的流派。這個名字取自查理大帝在8世紀所建立的學校系統(tǒng)，直至13世紀的托馬斯才將其發(fā)展成為系統(tǒng)的學術機構(gòu)。這個世紀是其快速發(fā)展的時期，但下面的兩個世紀則出現(xiàn)了同樣快速的衰落和滅亡。由于出現(xiàn)了詭辯論、抽象細微化和繁瑣浮泛的情況，它迅速失去了對思考族群的控制，最終到16世紀時消亡，沉落在文藝復興所帶來的清新微風中。隨著它的浮與沉，亞里士多德的正確無誤也走到了盡頭。

更加人性和溫和的圣弗朗西斯派對于自己的觀點的準確性不很關注，他們通過對上帝的著作的直接比較來檢驗知識的準確性。他們的科學家中的杰出者很多在教會中也占據(jù)高位，羅伯特·格羅塞特斯特（1175—1253），牛津大學校長和林肯主教，以及佩卡姆的約翰（1220—1292）就是兩位代表，他們都就阿爾哈曾所討論過的光學問題寫過著述，而格羅塞特斯特哈親自用鏡子進行了實驗。

羅吉爾·培根（1214—1294）　最重要的圣方濟會科學家，是一位簡單的修士，沒有在教會內(nèi)或外部獲得高職。他生于薩默塞特郡的伊爾切斯特，在牛津讀書后轉(zhuǎn)至巴黎。其后的經(jīng)歷沒有確切的史料，大概在1250年左右回到牛津，在那里講學并獲得很大成功。盡管他獲有相當?shù)呢敻?，但很快開銷殆盡，他宣誓加入圣方濟會，卻發(fā)現(xiàn)純粹的宗教生活并不適合他，而試圖返回科學活動讓他在修道院的上司感到不快。大約10年中，他受到限制并被禁止寫作。1266年，他有了一個難以言表的驚喜，他的老熟人傅愷任教皇，為克萊門四世，邀請他重新進行科學工作，并據(jù)說將他的案件以私人的身份向圣方濟會當局上訴，最終準許得以發(fā)出。在兩年內(nèi)，培根向教皇送出了《大著作》，一部當時科學知識及思想的匯總。但是克萊門四世于1268年去世，培根很快又陷入了與圣方濟會上級的麻煩中。1278年，他在巴黎受審，被指控持有非正統(tǒng)觀點，并在監(jiān)獄中度過了余生的大部分時光。

有傳言說，培根不僅對正統(tǒng)科學感興趣，還對黑巫術感興趣，的確，正是可怕的巫師身份才使得他為世界所知。科學方面他的興趣主要在于光學，他了解光的反射和折射原理，并解釋了透鏡該如何安排才可以作為鏡片（該發(fā)明通常歸于他）和望遠鏡使用，但沒有記錄證明他曾親自做出實物。但這絕不是他的唯一興趣，我們發(fā)現(xiàn)他的思想跨越了科學的大多數(shù)領域，充滿想象和不可思議，盡管也不太現(xiàn)實。他描述了機械驅(qū)動的四輪馬車、船和飛行器該如何構(gòu)建——當代機動車、蒸汽機和飛機的虛擬始祖，討論了火藥和燃燒玻璃的可能的用法、環(huán)球航行，以及一些其他事情，盡管在當時看起來奇怪，在當代卻稀松平常。他討論反對環(huán)形運動的“自然屬性”，譴責托勒密的天文系統(tǒng)為非科學，并認為幾乎不是真實的。

但是他的一般原則方面的貢獻比具體成就更重要，因為后者看起來明顯不足。在《大著作》中，他討論說，數(shù)學應該在所有通才教育中處于基礎地位，因為它單獨“可以凈化智力并使學生適于獲得所有知識”。他還堅持說，科學知識只有通過實驗才能得到，只有這樣才能獲得確切性，而其他都屬猜測。

今天這一切都看起來很明顯，但在培根時代不是這樣。人們還很少向自然獲取證據(jù)，如實驗結(jié)果，并用之作為真相的仲裁。人們不善于向自然提問，也不善于解讀它的答案。他們可能會問一個被宣稱的事實是否與實驗一致，但也會首先問（似乎是一個簡單的問題）是否與亞里士多德相符或與《圣經(jīng)》吻合。那些將亞里士多德和圣經(jīng)奉為至上的人，將其作為理性和揭示的代表，認為二者一致并與事實相符，大概不會走得太遠去探尋實驗的結(jié)果。

培根反對上述最后一種思維模式，但沒有走得更遠。他不是革命者，而是時代的孩子，而且與其同時代人一樣堅信，科學最終會與基督教一致，并確定真相。他出現(xiàn)在一個時代的終點，但他的去世——不是他的出生或生命過程，標志著這個時代的終結(jié)。一個嶄新的時代即將升出地平線，人們不再需要通過閱讀古人的著作來獲得真相，而是通過對上帝作品的第一手實驗獲得真相。