歐洲文藝復(fù)興以后，化石是生物起源的見(jiàn)解終于滲透人心，成為學(xué)界的共識(shí)。但是，當(dāng)時(shí)科學(xué)依然被強(qiáng)大的宗教思想所束縛。在17世紀(jì)的博物學(xué)者中，有兩位博物學(xué)者的成就值得注目。一位是出生在丹麥、活躍在意大利的斯泰諾（N.Steno，1638—1686）。斯泰諾通過(guò)對(duì)意大利托斯卡納的地質(zhì)構(gòu)造的考察確立了地層層序律（law of superposition of strata，1669）和結(jié)晶面角一定的法則，在地質(zhì)學(xué)、礦物學(xué)上贏得很高的評(píng)價(jià)。在古生物領(lǐng)域，他認(rèn)可化石的生物起源的理論，并通過(guò)實(shí)際比較，指明舌石是巨大鯊魚(yú)的牙齒。斯泰諾在治學(xué)方法上與文藝復(fù)興時(shí)代的學(xué)者有所不同，他很少依賴古典教義，而是基于自己的調(diào)查、觀察，積極進(jìn)行思考、討論，導(dǎo)出結(jié)論來(lái)。雖說(shuō)斯泰諾有著求是的精神，但最終還是未擺脫宗教觀念的影響。例如，在陸地上能找到海生生物的化石，他認(rèn)為是由于大洪水特別是圣經(jīng)中講到的諾亞大洪水造成的。在17世紀(jì)到18世紀(jì)初，值得提起的另一位學(xué)者是英國(guó)人雷。在分類學(xué)發(fā)展中曾提到過(guò)他的成就。對(duì)待化石，雷持有相當(dāng)慎重的態(tài)度，他認(rèn)為化石既有生物起源的，也有無(wú)生物起源的。如鸚鵡螺化石，由于在現(xiàn)存的生物中看不到有與其類似的類型，于是，雷便認(rèn)為鸚鵡螺化石是屬于無(wú)生物起源的。這是因?yàn)樵诋?dāng)時(shí)，不僅限于雷，學(xué)界普遍沒(méi)有生物滅絕的概念，認(rèn)為生物是由神創(chuàng)造的，因而生物都是不滅的，相信與所有化石生物相同的生物類型一定還生存在地球的某個(gè)地方，不過(guò)未找到它們罷了。

關(guān)于高山上發(fā)現(xiàn)海洋生物化石的問(wèn)題，那時(shí)諾亞洪水的說(shuō)法依然保持著強(qiáng)勢(shì)，可也有人提出是大地震使海底隆起成山的主張。這種主張是頗為進(jìn)步的。另外，當(dāng)時(shí)學(xué)界普遍認(rèn)為地球的歷史不過(guò)只有幾千年，根本想不到會(huì)有多少億年。因而對(duì)化石的古老性也認(rèn)識(shí)不足。