《金匱要略》組方，配伍嚴(yán)謹(jǐn)，又靈活變通，體現(xiàn)了張仲景組方的原則性和靈活性，并能夠啟發(fā)我們的臨床思維。首先，《金匱要略》非常重視《內(nèi)經(jīng)》君臣佐使配伍原則。如對于小柴胡湯，金人成無己在《傷寒明理論》云：“小柴胡為和解表里之劑也。柴胡味苦平微寒，黃芩味苦寒，《內(nèi)經(jīng)》曰：熱淫于內(nèi)，以苦發(fā)之。邪在半表半里，則半成熱矣。熱氣內(nèi)傳，攻之不可，則迎而奪之，必先散熱，是以苦寒為主，故以柴胡為君，黃芩為臣，以成徹?zé)岚l(fā)表之劑。人參味甘溫，甘草味甘平，邪氣傳里，則里氣不治，甘以緩之，是以甘物為之助，故用人參、甘草為佐，以扶正氣而復(fù)之也。半夏味辛微溫，邪初入里則里氣逆，辛以散之，是以辛物為之助，故用半夏為佐，以順逆氣而散邪也。里氣平正，則邪氣不得深入，是以三味佐柴胡以和里。生姜味辛溫，大棗味甘溫。其在外者，必以辛甘之物發(fā)散，故生姜、大棗為使，輔柴胡以和表，七物相合，兩解之劑當(dāng)矣?！蓖瑫r，《金匱要略》重視多向調(diào)節(jié)組合。如營衛(wèi)兩和的桂枝湯；表里雙解的大青龍湯；寒熱并用的附子瀉心湯。即使是滋陰助陽的腎氣丸，方中更含六味地黃丸之三補(bǔ)三瀉配伍。另外，《金匱要略》還有所謂對藥配伍組合。枳實(shí)、厚樸，相須而用，具下氣通閉之功，小承氣湯、大承氣湯、厚樸三物湯、厚樸大黃湯等方中有之；桂枝、茯苓，配合而用，有化氣利水之功，在茯苓桂枝白術(shù)甘草湯、茯苓桂枝甘草大棗湯、茯苓甘草湯等方中有之；白術(shù)、茯苓，配合而使，有健脾利水之功，在五苓散、桂枝去桂加茯苓白術(shù)湯、真武湯、附子湯等方中有之；黃連、黃芩，相須而用，有清熱瀉火之功，在瀉心湯、葛根黃芩黃連湯、干姜黃芩黃連人參湯等方中有之；半夏、生姜，配合而用，有和胃化痰之功，在小半夏湯、越婢加半夏湯、射干麻黃湯、黃芩加半夏生姜湯、生姜半夏湯等方中有之。此藥對配伍的應(yīng)用，雖然未必是張仲景本意，但確實(shí)是客觀存在的，可以說是開后世醫(yī)家臨床應(yīng)用藥對配伍先河之作。

實(shí)際上，《金匱要略》在藥物運(yùn)用方面，也很重視單味藥的應(yīng)用。認(rèn)為某藥即是某病某證之主藥。常用專藥以治專病。如百合治療百合病，茵陳治療黃疸等即是其例。另外，遇病情單純者，《金匱要略》也常常以單味藥或一藥為主治之。如《金匱要略·腹?jié)M寒疝宿食病脈證并治》篇云：“寒疝繞臍痛，若發(fā)則白汗出，手足厥冷，其脈沉緊?！敝赋龊皟?nèi)結(jié)，腹痛劇烈，陰氣逼陽外脫之勢，治療當(dāng)用烏頭五枚溫里散寒，直搗病所。它如瓜蒂散中用瓜蒂催吐，訶黎勒散單用訶黎勒收斂止瀉，苦參湯中單用苦參熏洗等，都是應(yīng)用單味藥治病之實(shí)例。當(dāng)然，一藥多用的情況就更為普遍，如《金匱要略》常用藥桂枝可見于36方，芍藥可見于24方，茯苓可見于24方，大黃可見于16方。應(yīng)用頻率極高。

《金匱要略》組方精當(dāng)，用藥簡約是其組方特點(diǎn)。原書組方取二三味或四五味藥物相合為方，是《金匱要略》組方之常。所以徐靈胎說：“古圣人之立方，不過四五味而已，其審藥性，至精至當(dāng)，其察病情，至真至確，方中所用之藥，必準(zhǔn)對其病，而無毫發(fā)之差，無一味泛用之藥，且能以一藥兼治數(shù)證，故其味少而無證不該?！比缥遘呱⒂绍蜍?、豬苓、白術(shù)、澤瀉、桂枝組成，為治水總劑；若將豬苓換成生姜，則為茯苓澤瀉湯，以治嘔渴反復(fù)的水飲證；僅用方中的白術(shù)、澤瀉，量皆加大，澤瀉尤重，則為治水飲上逆眩冒的澤瀉湯；若僅用豬苓、茯苓、白術(shù)3味，則為治飲病方劑，飲水復(fù)作的豬苓散；若僅用五苓散中的茯苓、白術(shù)、桂枝3味，加入甘草，則為治飲停中焦的代表方苓桂術(shù)甘湯；若用白術(shù)換成大棗，則為治飲蓄下焦欲作奔豚的茯苓桂枝甘草大棗湯；若由茯苓、豬苓、澤瀉再加阿膠、滑石，則成為治水濕化熱兼陰虛的豬苓湯。凡此7方，主用藥僅茯苓、豬苓、澤瀉、白術(shù)、桂枝五味，通過此五味的出入變化，再合以生姜、大棗、甘草、滑石、阿膠等味，即組成了各有專攻的有效良方。而對于病情復(fù)雜，非眾藥共濟(jì)不能為功者，仲景常常治以大方，以求切中該病證復(fù)雜的病機(jī)。如治療瘧母的鱉甲煎丸用藥多達(dá)23味。乃是基于其病瘧邪久羈，正氣已虛，假血依痰，結(jié)積于脅下；既要祛邪，又要扶正，既要行氣化痰，又要利水化瘀消癥，故主以鱉甲軟堅(jiān)散結(jié)；因瘧邪犯在三陽經(jīng)，故組合成三陽同治的代表方——小柴胡湯、桂枝湯、大承氣湯；因痞結(jié)而去壅緩之甘草，因下虛而去破氣直下之枳實(shí)，又加入化瘀之鼠婦、蟲、蜣螂、蜂窩、桃仁，消痰之赤硝、半夏，行氣之烏扇、葶藶，利水之瞿麥、石韋，去瘀積之熱之牡丹皮、紫葳，扶正之人參、白術(shù)、阿膠等，如此則正合病證之治。雖用藥頗多，仍不失其規(guī)范，即多而不亂，繁而不雜。正如景岳所謂，“觀仲景之方，精簡不雜，至多不過數(shù)味，圣人之心，自可概見。若必不得已，而行中之補(bǔ)，補(bǔ)中之行，是也勢所必然。他如薯蕷丸、大黃蟲丸等方，皆體現(xiàn)著這種組方精神。