慕尼黑大學(xué)從建立起至今，經(jīng)歷了500多年的風(fēng)風(fēng)雨雨才取得今天巨大的輝煌。

15世紀(jì)70年代迎來了德國歷史上創(chuàng)辦大學(xué)的第二個(gè)高峰，各自為政的諸侯在自己領(lǐng)地上紛紛成立“大學(xué)”以實(shí)現(xiàn)教育自給自足的同時(shí)炫耀自身的無上權(quán)力。1472年，巴伐利亞-蘭茨胡特公爵路德維希大公在教皇的應(yīng)允下在英格爾施塔特建立了巴伐利亞的第一所大學(xué)，校名為“大學(xué)”，這一舉動(dòng)填補(bǔ)了當(dāng)時(shí)巴伐利亞高校教育的空缺。建校之初，學(xué)校就吸引了800名學(xué)生。

早期的慕尼黑大學(xué)受到天主教耶穌會(huì)的嚴(yán)重影響，這種影響源自1510年在這里任教的神學(xué)家約翰·埃克，他是天主教的忠實(shí)信徒，他的思想得到了學(xué)生們的極大擁護(hù)。即便是在人文主義鼎盛時(shí)期和馬丁·路德宗教改革時(shí)期，這種潮流也沒有任何改變。在接受新思想的人們看來，大學(xué)借用教堂和修道院宣傳哥白尼日心說和布魯諾的天文館哲學(xué)觀很不合適，但“大學(xué)”仍然是反對宗教改革的堅(jiān)決力量而不是擁護(hù)宗教改革?？梢?，這一時(shí)期，天主教對大學(xué)的影響至深。

1799年，拿破侖的軍隊(duì)以不可阻擋之勢攻擊了當(dāng)時(shí)的重鎮(zhèn)英格爾施塔特，大學(xué)受到嚴(yán)重的挑戰(zhàn)。一些教授從當(dāng)時(shí)大學(xué)的處境出發(fā)建議遷址，這一建議直到1802年馬克西米利安·約瑟夫當(dāng)選為帝侯以法令形式最終決定，大學(xué)遷往蘭茨胡特。這次搬遷成功地把大學(xué)從拿破侖的陣地中解救了出來，同時(shí)也使大學(xué)擺脫了天主教的束縛。從此結(jié)束了喋喋不休的爭論，學(xué)校發(fā)展迎來了一片新天地。經(jīng)過短短的20年，學(xué)校的在校人數(shù)達(dá)到了1000名左右，是當(dāng)時(shí)萊比錫大學(xué)、哈勒大學(xué)、哥廷根大學(xué)以及柏林大學(xué)中最大的大學(xué)，可見當(dāng)時(shí)的決定是多么的明智。

為了紀(jì)念學(xué)校的創(chuàng)辦者和奠基者，路德維希大公以及學(xué)校改革的推動(dòng)者和資助者馬克西米利安一世，19世紀(jì)初“大學(xué)”改名為路德維希-馬克西米利安大學(xué)。由于蘭茨胡特地理位置的偏僻，許多教授紛紛離開大學(xué)尋求更為宏偉的前途，學(xué)生們的不滿情緒也逐漸高漲。當(dāng)時(shí)馬克西米一世年事已高，根本無法掌控這種局面，直到路德維希一世即位才得到改觀。他任命自己的好友申克為文化部長并籌措、起草將大學(xué)遷往慕尼黑的事宜。1826年遷校申請得到國王路德維希一世批準(zhǔn)。11月學(xué)校正式遷往慕尼黑，從此改名為路德維?！ゑR克西米利安·慕尼黑大學(xué)。

19世紀(jì)三四十年代，慕尼黑大學(xué)經(jīng)歷了法國大革命和歐洲大革命的洗禮，教育自由的氛圍日益濃厚，人文科學(xué)等一大批科學(xué)得到發(fā)展。19世紀(jì)七八十年代德國經(jīng)濟(jì)空前繁榮，慕尼黑大學(xué)也發(fā)生了翻天覆地的變化，教學(xué)科研人數(shù)增多，學(xué)生人數(shù)上升。到20世紀(jì)20年代，醫(yī)學(xué)、自然科學(xué)、人文科學(xué)已經(jīng)形成了較為完善的學(xué)科體系，學(xué)校開始對婦女開放，阿黛拉·哈特曼是德國歷史上第一位編制外女講師，后來相繼有法學(xué)女博士、獸醫(yī)學(xué)女博士誕生。

隨著第二次世界大戰(zhàn)的爆發(fā)，慕尼黑大學(xué)也遭受了前所未有的劫難，學(xué)校正常秩序被中斷，自由的學(xué)術(shù)氛圍完全被泯滅。1945年慕尼黑大學(xué)的領(lǐng)導(dǎo)者在一片廢墟中重建了大學(xué)，學(xué)生人數(shù)以史無前例的速度增長，1990年已經(jīng)達(dá)到了65000名。20世紀(jì)90年代后，在歐洲聯(lián)盟成立的大背景下，慕尼黑大學(xué)進(jìn)行了大膽的改革和嘗試，取得了驕人的成績。