社會研究的方法論是研究方法體系中最高一個層次的，它是研究的哲學(xué)基礎(chǔ)并將決定整個研究過程，包括研究的選題、分析的邏輯、框架的建立、資料的收集和理論的建構(gòu)等所有方面。而在社會學(xué)領(lǐng)域，一直存在著兩種基本的，同時也是相互對立的方法論傾向：整體主義方法論和個人主義方法論。

整體論認為，社會本身就是一種實在，社會現(xiàn)象只能由抽象的、普遍的本質(zhì)加以說明而不能歸結(jié)為個人因素，因為社會中存在著集體意識、集體特征，具有外在性和強制性，必須把它當作一種客觀事物。個體論則認為，社會由個人組成的，必須由個人的動機和行為來說明和解釋，不能由自身的整體性質(zhì)來解釋。兩者的分歧在于：“個體論主張采用分析或分解的方法，并在基礎(chǔ)層次上對事物作出解釋，而整體論主張通過揭示整體的本質(zhì)屬性來解釋各個具體的事物?！?span id="fxnt7vn" class="super" id="ref36">[1]很多學(xué)者也都認為整體論和個體論都有其優(yōu)勢和不足，試圖在兩者的綜合上作出努力。吉登斯的結(jié)構(gòu)化理論和格蘭諾維特的嵌入性問題都是整體和個體方法論結(jié)合的產(chǎn)物。

本書也試圖在兩者之間尋求一種平衡，但更傾向于個體論，同時也認為若僅停留在個體層面上，會忽視很多制度、結(jié)構(gòu)和文化等宏觀因素對個體的影響，所以采用了從個體角度出發(fā)，結(jié)合中間層如組織等層次，采用中微觀相結(jié)合的角度，個體和結(jié)構(gòu)相結(jié)合的方法來分析本書的研究問題：政府與社會組織的互動關(guān)系建構(gòu)及其因素、特征和結(jié)果，并在此分析的基礎(chǔ)上回應(yīng)宏觀的國家社會結(jié)構(gòu)理論。這一方法論在文獻述評、分析框架的建立以及后文將展開的分析中都得以體現(xiàn)。特別是在“制度邏輯——行動策略”這一分析框架中，行動策略的關(guān)注是重點，這是個人主義和理性原則的體現(xiàn)[2]，但也認為要想讓行動策略成為可以理解的，就必須要進一步分析到制度層面上。而這就要我們把個體論發(fā)展到中間層次，也就是說除了關(guān)注研究個體、個體行動外還要關(guān)注行動者置身其中的情境，這樣個體和整體之間就搭建了一座橋梁?！爸贫冗壿嫛袆硬呗浴狈治隹蚣苤袑€體行動策略和整體制度結(jié)構(gòu)的共同重視就是這一方法論的重要體現(xiàn)。