摩爾根及其助手的出色工作，使得遺傳學界多數(shù)人接受了基因論，摩爾根學派成為經典遺傳學的主流學派。但是，也有一些人懷疑或不同意基因論，影響較大的主要是當時蘇聯(lián)和社會主義國家中的米丘林學派，或稱米丘林李森科學派。

米丘林學派的基本觀點是：遺傳性是生物與其生存條件的矛盾統(tǒng)一，一方面表現(xiàn)為生物對外界環(huán)境條件有一定的要求，滿足它的要求它才能正常地生長發(fā)育；另一方面表現(xiàn)為生物對外界環(huán)境條件能作出一定的反應，也就是說，如果它所要求的條件不能得到，它會發(fā)生相應的反應。各種生物的遺傳性的這兩個方面，都是它在長期的發(fā)展歷史中逐漸形成的。這樣認識的遺傳性，是與整個生物體都有關系的，是生物體表現(xiàn)出來的屬性。因此米丘林學派否認生物體內有特殊的、專門決定遺傳的物質存在，即否定基因的存在。

從理論淵源上說，米丘林學派承認拉馬克的后天獲得性遺傳理論，而摩爾根學派從基因論出發(fā)，認為只有基因發(fā)生了變化才能夠遺傳。米丘林學派還認為，遺傳學的根本任務是為生產實踐服務，當掌握了生物的遺傳特性以后，一方面要盡力滿足它對生活條件的要求以提高產量，另一方面可以有意識地改變它的生活條件，定向地改變它的遺傳性，使它產生符合人的要求的新特性和新特征，培育出新的動植物品種。他們反對摩爾根式的研究，認為那樣的研究只是關注生物子代與親代相似與否，關注各種特性在后代中如何分布，卻脫離了生產實踐。米丘林學派在實踐上的主要成就是培育出來一些農作物新品種，在理論上主要是提出了馴化理論、植物階段發(fā)育理論等。

學術上有不同觀點是正?，F(xiàn)象，不同學派之間的爭論對科學發(fā)展是有利的，但是這場爭論卻被政治化了。20世紀30至50年代，以李森科為代表的米丘林學派，把摩爾根學派說成是唯心主義的，理由是基因是假設出來的東西。他們還認為摩爾根學派以果蠅為研究對象，不是結合生產需要進行研究，不是為發(fā)展生產服務；不是為勞動人民服務，而是為帝國主義服務；不是無產階級的科學，而是資產階級的科學。李森科依靠斯大林政治上的支持成為學閥學霸，使蘇聯(lián)當時的摩爾根學派科學家受到了殘酷的打擊和迫害，甚至被當做犯人關押起來。蘇聯(lián)的做法也影響到中國，摩爾根學派在中國也曾受到批判和壓制，所幸的是不像蘇聯(lián)打擊迫害得那樣厲害，也比蘇聯(lián)糾正得早。

蘇聯(lián)領導人這樣做，有其深刻的思想和政治原因。在當時，他們看一切問題，包括科學問題，都是從階級斗爭的觀點出發(fā)，從社會主義和資本主義的斗爭出發(fā)，從美蘇兩國的斗爭出發(fā)。米丘林學派與摩爾根學派之間的爭論，被他們說成是無產階級與資產階級、社會主義與資本主義之間的斗爭，是美國科學與蘇聯(lián)科學之間的斗爭。他們要用社會主義的、無產階級的、蘇維埃的科學壓倒帝國主義的、資產階級的、美國的科學，以證明社會主義的優(yōu)越性。蘇聯(lián)當時急于發(fā)展農業(yè)生產，增強國力，把希望寄托在米丘林學派身上，因為該學派直接致力于培育農作物新品種，而摩爾根學派以果蠅為主要研究材料，與農業(yè)似乎關系遙遠?？墒?，歷史發(fā)展卻與他們的愿望相反。摩爾根學派通過研究果蠅發(fā)現(xiàn)了遺傳規(guī)律，指導雜交育種取得了重要成果，基礎科學的進步轉化成了巨大的生產力，而被他們寄予很大希望的李森科卻沒有什么建樹，成了學術界恥笑的對象。看起來似乎沒有實際意義的研究在實踐中卻發(fā)揮了重要作用，與實際需要似乎關系很直接的研究卻難以有所成就，這樣的教訓是發(fā)人深省的。雖然摩爾根學派與米丘林學派的爭論已經成為歷史，以政治干涉學術問題的做法如今已經很少見，但是，對于發(fā)生這一事件的深刻原因，還值得我們進一步思考。

摩爾根